More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0001 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_3309  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
452 aa  938  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
452 aa  938  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000132407  decreased coverage  0.000453889 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  60.27 
 
 
449 aa  548  1e-155  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  56.33 
 
 
461 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  56.16 
 
 
462 aa  539  1e-152  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.62887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  56.16 
 
 
462 aa  539  1e-152  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  56.24 
 
 
460 aa  541  1e-152  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  56.24 
 
 
460 aa  540  1e-152  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  55.22 
 
 
461 aa  540  1e-152  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.02323e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  56.16 
 
 
462 aa  539  1e-152  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  55.34 
 
 
462 aa  538  1e-152  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  56.02 
 
 
460 aa  540  1e-152  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  56.02 
 
 
460 aa  539  1e-152  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  55.9 
 
 
461 aa  538  1e-152  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.1e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  58.26 
 
 
451 aa  539  1e-152  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  7.64641e-07  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  56.16 
 
 
462 aa  539  1e-152  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  55.22 
 
 
462 aa  538  1e-152  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  57.3 
 
 
455 aa  535  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  55.68 
 
 
459 aa  536  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  55.51 
 
 
457 aa  531  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.24276e-07  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  57.72 
 
 
451 aa  534  1e-150  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.23931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  55.6 
 
 
472 aa  534  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.51721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  56.57 
 
 
452 aa  531  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  56.57 
 
 
452 aa  531  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.4 
 
 
455 aa  534  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  54.9 
 
 
462 aa  534  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  unclonable  1.36332e-10 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  57.72 
 
 
451 aa  534  1e-150  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  55.91 
 
 
468 aa  528  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  56.13 
 
 
468 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.52796e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.06 
 
 
462 aa  525  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.82 
 
 
442 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.6 
 
 
464 aa  526  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  55.77 
 
 
462 aa  527  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  55.77 
 
 
462 aa  527  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  55.84 
 
 
463 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.17775e-05  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  54.64 
 
 
466 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.44177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  54.64 
 
 
466 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  54.86 
 
 
466 aa  524  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  54.64 
 
 
466 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  54.64 
 
 
466 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  56.22 
 
 
450 aa  522  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  6.34969e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  54.43 
 
 
465 aa  524  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.88 
 
 
483 aa  522  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  55.51 
 
 
465 aa  521  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  54.53 
 
 
467 aa  521  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  54.31 
 
 
467 aa  521  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  54.09 
 
 
467 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  55.03 
 
 
468 aa  520  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  54.09 
 
 
467 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.26813e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  53.67 
 
 
495 aa  521  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  54.09 
 
 
467 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.09 
 
 
467 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.36922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  54.09 
 
 
467 aa  520  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.02031e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  54.09 
 
 
467 aa  520  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.01887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  54.66 
 
 
478 aa  521  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  54.09 
 
 
467 aa  520  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  6.6194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.49 
 
 
474 aa  516  1e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.59 
 
 
461 aa  516  1e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  53.27 
 
 
494 aa  514  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.68 
 
 
511 aa  507  1e-142  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.13 
 
 
469 aa  498  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  53.02 
 
 
449 aa  493  1e-138  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 
524 aa  492  1e-138  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  63.56 
 
 
533 aa  484  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  9.17685e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  62.9 
 
 
516 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  3.522e-07  unclonable  7.22922e-12 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0001  chromosomal replication initiation protein  51.55 
 
 
487 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  1.89853e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  58.69 
 
 
512 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  50.43 
 
 
467 aa  475  1e-133  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.849e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  48.39 
 
 
470 aa  473  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.33107e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  62.18 
 
 
511 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  50.43 
 
 
476 aa  472  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  61.6 
 
 
511 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  61.6 
 
 
507 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  51.79 
 
 
452 aa  469  1e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  5.82235e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  64.31 
 
 
514 aa  471  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  63.72 
 
 
510 aa  469  1e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  64.67 
 
 
506 aa  468  1e-130  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  3.64152e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  64.67 
 
 
505 aa  468  1e-130  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  49.55 
 
 
457 aa  461  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3714  chromosomal replication initiator protein DnaA  47.36 
 
 
458 aa  457  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0883513  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03483  chromosomal replication initiation protein  51.36 
 
 
442 aa  447  1e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0001  chromosomal replication initiation protein  53.38 
 
 
443 aa  442  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  49.57 
 
 
473 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  50.11 
 
 
473 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0001  chromosomal replication initiation protein  46.64 
 
 
483 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  46.67 
 
 
500 aa  430  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  47.84 
 
 
465 aa  430  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.0295e-06  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0001  chromosomal replication initiation protein  52.87 
 
 
443 aa  426  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0296464  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0001  chromosomal replication initiation protein  48.46 
 
 
475 aa  422  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.738182  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  46.85 
 
 
468 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.17 
 
 
475 aa  419  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0001  chromosomal replication initiation protein  49.44 
 
 
459 aa  419  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0001  chromosomal replication initiation protein  52.41 
 
 
443 aa  420  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0269853  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0001  chromosomal replication initiation protein  47.15 
 
 
464 aa  417  1e-115  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.789649 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0001  chromosomal replication initiation protein  47.69 
 
 
467 aa  417  1e-115  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.720821  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0001  chromosomal replication initiation protein  45.16 
 
 
510 aa  418  1e-115  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.51615e-05 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0001  chromosomal replication initiation protein  46.94 
 
 
470 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  8.52444e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4117  chromosomal replication initiation protein  47.51 
 
 
465 aa  413  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  9.31933e-05  normal  0.0270955 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  44.94 
 
 
474 aa  409  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0537995  normal  0.168321 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0001  chromosomal replication initiation protein  54.14 
 
 
529 aa  400  1e-110  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>