299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0037 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5233  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>