More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4373 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4373  ammonium transporter  100 
 
 		 439 aa  844    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2526  ammonium transporter  60.93 
 
 		 438 aa  489  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2911  ammonium transporter  60.93 
 
 		 438 aa  489  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2828  ammonium transporter  60.64 
 
 		 466 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3217  ammonium transporter  60.64 
 
 		 444 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0488  ammonium transporter  60.64 
 
 		 500 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0653  ammonium transporter  60.64 
 
 		 478 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0408  ammonium transporter  60.64 
 
 		 469 aa  485  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.737141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1401  ammonium transporter  60.64 
 
 		 466 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0469  ammonium transporter  60.64 
 
 		 500 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.929058  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0192  ammonium transporter  60.64 
 
 		 466 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2251  ammonium transporter  59.66 
 
 		 500 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112232  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2876  ammonium transporter  59.66 
 
 		 500 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0601179  normal  0.287688 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2865  ammonium transporter  59.66 
 
 		 500 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00160968  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0438  ammonium transporter  59.66 
 
 		 500 aa  477  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.481032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6194  ammonium transporter  59.41 
 
 		 504 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0257  ammonium transporter  59.17 
 
 		 501 aa  474  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0178  ammonium transporter  59.86 
 
 		 482 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0526  ammonium transporter  59.66 
 
 		 502 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2331  ammonium transporter  60.87 
 
 		 446 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4189  ammonium transporter  59.17 
 
 		 499 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.793194 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0598  ammonium transporter  56.9 
 
 		 463 aa  460  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1129  ammonium transporter  58.65 
 
 		 431 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2782  ammonium transporter  59.9 
 
 		 503 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0900246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2920  ammonium transporter  59.9 
 
 		 497 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617737  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1303  ammonium transporter  57.14 
 
 		 459 aa  446  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1305  ammonium transporter  52.42 
 
 		 444 aa  438  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2356  ammonium transporter  54.44 
 
 		 435 aa  436  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1101  ammonium transporter  50.5 
 
 		 432 aa  415  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.991152  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3855  ammonium transporter  53.38 
 
 		 466 aa  413  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0800844 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0084  ammonium transporter  60.24 
 
 		 449 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0377  ammonium transporter  52.88 
 
 		 433 aa  410  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182782  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0276  ammonium transporter  52.35 
 
 		 443 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0994  ammonium transporter  52.3 
 
 		 436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.540241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0294  ammonium transporter  54.48 
 
 		 436 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.509038 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0434  ammonium transporter  50.12 
 
 		 434 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0771346  normal  0.5124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5505  ammonium transporter  54.98 
 
 		 445 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.698175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47780  Ammonium transporter  56.06 
 
 		 438 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261032  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2878  ammonium transporter  54.88 
 
 		 439 aa  393  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0959  ammonium transporter  52.33 
 
 		 433 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2514  ammonium transporter  49.53 
 
 		 461 aa  388  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0323636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0549  ammonium transporter  51.37 
 
 		 427 aa  389  1e-107  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69795  ammonium transporter AmtB  55.71 
 
 		 442 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.155925  normal  0.25807 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6029  ammonium transporter  55.42 
 
 		 442 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1956  ammonium transporter  48.15 
 
 		 494 aa  382  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3626  ammonium transporter  47.14 
 
 		 499 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1817  ammonium transporter  47.03 
 
 		 500 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.664398  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0292  ammonium transporter  46.39 
 
 		 500 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0343  ammonium transporter  48.61 
 
 		 436 aa  375  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0218  ammonium transporter  54.86 
 
 		 445 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0189  ammonium transporter  55.85 
 
 		 445 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0054  ammonium transporter  48.49 
 
 		 499 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265828  normal  0.286755 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0292  ammonium transporter  48.62 
 
 		 513 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0239  ammonium transporter  54.74 
 
 		 444 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.050651  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0448  ammonium transporter  47.33 
 
 		 480 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.595017  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5498  ammonium transporter  46.59 
 
 		 500 aa  375  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5294  ammonium transporter  55.16 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3605  ammonium transporter  48.46 
 
 		 437 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3537  ammonium transporter  48.23 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.945825  decreased coverage  0.00000925998 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0199  ammonium transporter  47.69 
 
 		 515 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.356507 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0706  ammonium transporter  48.46 
 
 		 437 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0218  ammonium transporter  47.7 
 
 		 524 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000738069 
 
 
-
 
NC_004310  BR1896  ammonium transporter  51.57 
 
 		 433 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.786334  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0241  ammonium transporter  47.22 
 
 		 510 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03566  ammonium transporter  51.11 
 
 		 480 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3160  ammonium transporter  47.87 
 
 		 466 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0807  ammonium transporter  47.87 
 
 		 466 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3728  ammonium transporter  49.02 
 
 		 437 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0778  ammonium transporter  48.09 
 
 		 466 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5233  ammonium transporter  55.4 
 
 		 443 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.265886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5142  ammonium transporter  55.4 
 
 		 443 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0192  ammonium transporter  51.51 
 
 		 467 aa  368  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0270  ammonium transporter  52.53 
 
 		 433 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.3359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0272  ammonium transporter  45.87 
 
 		 480 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3941  ammonium transporter  47.49 
 
 		 504 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0241  ammonium transporter  52.31 
 
 		 468 aa  364  2e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.943388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2375  ammonium transporter  44.68 
 
 		 498 aa  364  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.442944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0303  ammonium transporter  51.12 
 
 		 457 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0184  ammonium transporter  47.49 
 
 		 515 aa  362  8e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3995  ammonium transporter  47.09 
 
 		 445 aa  362  1e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1860  ammonium transporter  43.72 
 
 		 506 aa  362  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.889912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2099  ammonium transporter  45.05 
 
 		 498 aa  361  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315626  normal  0.0101926 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3250  ammonium transporter  49.88 
 
 		 430 aa  360  3e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3769  ammonium transporter  46.96 
 
 		 477 aa  360  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.63779 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0278  ammonium transporter  46 
 
 		 480 aa  358  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379824  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2051  ammonium transporter  45.49 
 
 		 498 aa  358  8e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.608567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4093  ammonium transporter  46.96 
 
 		 476 aa  358  8e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1061  ammonium transporter  49.63 
 
 		 428 aa  358  8e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1182  ammonium transporter  45.5 
 
 		 432 aa  358  8e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000100846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0523  ammonium transporter  48.29 
 
 		 428 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.536777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0507  ammonium transporter  48.29 
 
 		 428 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0565  ammonium transporter  49.27 
 
 		 428 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000907445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0504  ammonium transporter  48.29 
 
 		 428 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0177698  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2065  ammonium transporter  47.22 
 
 		 431 aa  357  1.9999999999999998e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000790161  normal  0.636143 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0177  ammonium transporter  49.55 
 
 		 436 aa  357  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000694522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1490  ammonium transporter  47.98 
 
 		 472 aa  356  3.9999999999999996e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0566  ammonium transporter  48.05 
 
 		 428 aa  356  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.887749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0513  ammonium transporter  48.05 
 
 		 428 aa  356  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0727  ammonium transporter  48.91 
 
 		 449 aa  355  6.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.379173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0111  ammonium transporter  53.83 
 
 		 476 aa  354  2e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0168687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>