More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4164 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  627  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  77.41 
 
 		 304 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  72.85 
 
 		 307 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  70.93 
 
 		 314 aa  456  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  70.23 
 
 		 312 aa  455  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 324 aa  454  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  69.9 
 
 		 312 aa  454  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  68.67 
 
 		 325 aa  450  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  67.51 
 
 		 321 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 301 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 301 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  66.11 
 
 		 327 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  66.11 
 
 		 301 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 327 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 301 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 327 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 301 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 301 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  64.77 
 
 		 300 aa  411  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 307 aa  413  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  65.1 
 
 		 300 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  64.43 
 
 		 300 aa  407  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  65.79 
 
 		 362 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  65.51 
 
 		 304 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  64.43 
 
 		 309 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  64.43 
 
 		 309 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  65.2 
 
 		 309 aa  381  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 300 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 331 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 		 303 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 303 aa  308  6.999999999999999e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  46.82 
 
 		 303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  46.84 
 
 		 303 aa  305  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 303 aa  295  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  46.64 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 303 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 321 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 321 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 303 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 303 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  47.35 
 
 		 304 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 304 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 303 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  44.78 
 
 		 302 aa  289  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 303 aa  288  7e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 303 aa  288  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 303 aa  288  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 303 aa  288  7e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.67 
 
 		 306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 302 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 317 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 308 aa  215  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 313 aa  211  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 311 aa  211  9e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 318 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 324 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.1 
 
 		 290 aa  205  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 314 aa  205  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  202  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  37.81 
 
 		 290 aa  203  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>