More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3964 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4107  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  47.11 
 
 		 1067 aa  858    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666055  normal  0.120279 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2354  acriflavin resistance protein  51.91 
 
 		 1027 aa  1006    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4034  acriflavin resistance protein  47.49 
 
 		 1037 aa  879    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  57.05 
 
 		 1405 aa  1110    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03086  transporter transmembrane protein  55.41 
 
 		 1034 aa  1053    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.43508  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3922  acriflavin resistance protein  47.51 
 
 		 1046 aa  863    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.081539 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1280  acriflavin resistance protein  47.97 
 
 		 1037 aa  850    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0345102 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  43.89 
 
 		 1042 aa  827    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2622  acriflavin resistance protein  54.01 
 
 		 1014 aa  1008    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2083  RND superfamily multidrug efflux system protein  52.22 
 
 		 1036 aa  1016    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.334854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0459  acriflavin resistance protein  70.03 
 
 		 1027 aa  1443    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4395  acriflavin resistance protein  46.79 
 
 		 1047 aa  858    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.882422 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0907  acriflavin resistance protein  44.46 
 
 		 1043 aa  805    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.582716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0557  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  43.95 
 
 		 1046 aa  803    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.644093  normal  0.291985 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1505  acriflavin resistance protein  44.62 
 
 		 1088 aa  838    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0176509 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7283  Acr family transporter  50.84 
 
 		 1018 aa  940    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3031  acriflavin resistance protein  45.13 
 
 		 1042 aa  853    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.050113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2855  cation efflux transporter  44.21 
 
 		 1088 aa  820    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3300  acriflavin resistance protein  44.17 
 
 		 1108 aa  778    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.992116  normal  0.412729 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3471  acriflavin resistance protein  57.99 
 
 		 1033 aa  1139    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0282385  normal  0.0800862 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2927  acriflavin resistance protein  44.41 
 
 		 1009 aa  807    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1338  acriflavin resistance protein  43.96 
 
 		 1044 aa  799    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0894  acriflavin resistance protein  45.36 
 
 		 1060 aa  850    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3825  acriflavin resistance protein  48.49 
 
 		 1036 aa  884    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0039  acriflavin resistance protein  39.27 
 
 		 1060 aa  697    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4104  acriflavin resistance protein  68.69 
 
 		 1031 aa  1411    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0885  acriflavin resistance protein  44.48 
 
 		 1053 aa  825    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4543  acriflavin resistance protein  57.99 
 
 		 1033 aa  1139    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.266065 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3023  acriflavin resistance protein  46.34 
 
 		 1027 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.904124 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3464  Acr family transporter  43.94 
 
 		 1101 aa  817    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5161  acriflavin resistance protein  44.96 
 
 		 1050 aa  849    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.938326  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1006  acriflavin resistance protein  45.16 
 
 		 1058 aa  851    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00411218  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3045  acriflavin resistance protein  43.44 
 
 		 1108 aa  764    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.256053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3373  acriflavin resistance protein  68.07 
 
 		 1031 aa  1373    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.306386  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3610  acriflavin resistance protein  45.07 
 
 		 1040 aa  843    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35819  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2399  acriflavin resistance protein  52.37 
 
 		 1032 aa  1023    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.774253  normal  0.772443 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4744  acriflavin resistance protein  43.29 
 
 		 1028 aa  793    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277916 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0466  acriflavin resistance protein  45.7 
 
 		 1031 aa  827    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0468485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5103  acriflavin resistance protein  47.8 
 
 		 1044 aa  875    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.869946 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1892  acriflavin resistance protein  45.85 
 
 		 1031 aa  827    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2378  acriflavin resistance protein  40.66 
 
 		 1044 aa  760    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.856569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1148  acriflavin resistance protein  47.55 
 
 		 1048 aa  894    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.356784  normal  0.75467 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0430  acriflavin resistance protein  46.38 
 
 		 1031 aa  824    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.31117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1667  acriflavin resistance protein  47.39 
 
 		 1037 aa  902    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29656  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2375  acriflavin resistance protein  46.09 
 
 		 1103 aa  838    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2410  acriflavin resistance protein  68.88 
 
 		 1036 aa  1407    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.904497  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0397  acriflavin resistance protein  46.09 
 
 		 1031 aa  820    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.675147 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3889  acriflavin resistance protein  44.86 
 
 		 1018 aa  815    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0552128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3964  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1035 aa  2047    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000156628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4290  acriflavin resistance protein  47.51 
 
 		 1046 aa  863    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0982359  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4664  acriflavin resistance protein  67.9 
 
 		 1025 aa  1334    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5613  acriflavin resistance protein  53.23 
 
 		 1050 aa  1057    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2967  acriflavin resistance protein  56.05 
 
 		 1032 aa  1073    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.510734  normal  0.0225941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3902  acriflavin resistance protein  69.05 
 
 		 1044 aa  1439    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.263563  normal  0.110043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4023  acriflavin resistance protein  67.97 
 
 		 1031 aa  1371    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4834  acriflavin resistance protein  64.33 
 
 		 1083 aa  1321    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5659  acriflavin resistance protein  52.81 
 
 		 1022 aa  1034    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.891494  normal  0.720908 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7483  Acr family transporter  52.7 
 
 		 1027 aa  1035    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.10196  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1374  acriflavin resistance protein  47.57 
 
 		 1028 aa  837    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.244767  decreased coverage  0.0000403817 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2137  putative transporter lipoprotein transmembrane  70.81 
 
 		 1028 aa  1456    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1438  acriflavin resistance protein  44.21 
 
 		 1088 aa  820    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.539754  normal  0.0180094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0427  acriflavin resistance protein  48.25 
 
 		 1039 aa  907    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513566  normal  0.0142489 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  36.6 
 
 		 1496 aa  610  1e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  35.65 
 
 		 1032 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0763  acriflavin resistance protein  37.19 
 
 		 1039 aa  600  1e-170  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  34.9 
 
 		 1038 aa  587  1e-166  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0815  acriflavin resistance protein  36.09 
 
 		 1036 aa  585  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  36.83 
 
 		 1041 aa  578  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0248  acriflavin resistance protein  37.15 
 
 		 1054 aa  570  1e-161  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0238  acriflavin resistance protein  37.08 
 
 		 1067 aa  570  1e-161  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0237  acriflavin resistance protein  37.06 
 
 		 1054 aa  567  1e-160  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  34.41 
 
 		 1470 aa  569  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0226  acriflavin resistance protein  37.15 
 
 		 1054 aa  565  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.38584  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1043  nodulation protein precursor  34.56 
 
 		 1069 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6179  acriflavin resistance protein  34.79 
 
 		 1065 aa  560  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  34.59 
 
 		 1070 aa  560  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  33.88 
 
 		 1095 aa  547  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  36.63 
 
 		 1055 aa  541  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  33.94 
 
 		 1071 aa  539  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3955  acriflavin resistance protein  34.41 
 
 		 1075 aa  533  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.542775  normal  0.203686 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  36.42 
 
 		 1028 aa  531  1e-149  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  32.34 
 
 		 1050 aa  527  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0160  acriflavin resistance protein  35.43 
 
 		 1033 aa  526  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2392  acriflavin resistance protein  35.93 
 
 		 1028 aa  517  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430925  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2601  acriflavin resistance protein  33.55 
 
 		 1066 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  35.23 
 
 		 1028 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  34.77 
 
 		 1043 aa  495  9.999999999999999e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  32.49 
 
 		 1058 aa  490  1e-137  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2664  acriflavin resistance protein  30.82 
 
 		 1039 aa  483  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  30.36 
 
 		 1044 aa  485  1e-135  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2809  cation efflux protein  29.8 
 
 		 1050 aa  483  1e-135  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.354726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1268  acriflavin resistance protein  30.04 
 
 		 1058 aa  480  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1183  acriflavin resistance protein  35.03 
 
 		 1038 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.317348  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3708  acriflavin resistance protein  29.63 
 
 		 1063 aa  477  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  29.79 
 
 		 1034 aa  476  1e-133  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  29.23 
 
 		 1053 aa  479  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1476  acriflavin resistance protein  34.69 
 
 		 1028 aa  474  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30053  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0122  acriflavin resistance protein  30.63 
 
 		 1073 aa  475  1e-132  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00495446  hitchhiker  0.00000000019698 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2783  acriflavin resistance protein  35 
 
 		 1045 aa  472  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0544081  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  28.92 
 
 		 1058 aa  468  9.999999999999999e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>