More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3955 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3955  phosphoglycerate mutase  100 
 
 
240 aa  481  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0124021 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4091  phosphoglycerate mutase  58.41 
 
 
227 aa  254  8e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4233  phosphoglycerate mutase  63 
 
 
213 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555446  normal  0.270297 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0330  phosphoglycerate mutase  58.41 
 
 
233 aa  250  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0514  phosphoglycerate mutase  63 
 
 
224 aa  246  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0972  Phosphoglycerate mutase  56.8 
 
 
215 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0502  Phosphoglycerate mutase  57.82 
 
 
214 aa  239  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.309871  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1238  phosphoglycerate mutase  59.41 
 
 
213 aa  239  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754918  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0491  phosphoglycerate mutase  57.82 
 
 
214 aa  239  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.407616  normal  0.0732779 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1461  phosphoglycerate mutase  58.5 
 
 
212 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0816  phosphoglycerate mutase  56.5 
 
 
212 aa  226  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0389  Phosphoglycerate mutase  50.49 
 
 
226 aa  204  8e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0252032  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0374  Phosphoglycerate mutase  50.49 
 
 
226 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  52.5 
 
 
224 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.104537 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0499  putative phosphoglycerate mutase 2 protein  49.28 
 
 
227 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725562  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0579  phosphoglycerate mutase  50.72 
 
 
220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763016  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0605  phosphoglycerate mutase  50.24 
 
 
220 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.338062  normal  0.808152 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3771  phosphoglycerate mutase  49.52 
 
 
220 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0202  phosphoglycerate mutase  50.48 
 
 
221 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0685  phosphoglycerate mutase  50.48 
 
 
221 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2350  phosphoglycerate mutase, putative  50.48 
 
 
229 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0263  putative phosphoglycerate mutase  50.48 
 
 
220 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947461  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1125  putative phosphoglycerate mutase  50.48 
 
 
220 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2529  putative phosphoglycerate mutase  50.48 
 
 
220 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3410  phosphoglycerate mutase 2  50.48 
 
 
229 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3369  phosphoglycerate mutase family protein  50.72 
 
 
220 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3404  phosphoglycerate mutase family protein  50.48 
 
 
220 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0652  phosphoglycerate mutase  49.52 
 
 
221 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288396  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2558  phosphoglycerate mutase  50 
 
 
223 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56106  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1243  phosphoglycerate mutase, putative  51.71 
 
 
229 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0613  phosphoglycerate mutase  49.51 
 
 
223 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.496101 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2698  phosphoglycerate mutase  51.94 
 
 
220 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.32804  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0479  phosphoglycerate mutase  53 
 
 
229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364165  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3348  Phosphoglycerate mutase  48.54 
 
 
223 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27148  hitchhiker  0.000518506 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1555  Phosphoglycerate mutase  45.45 
 
 
224 aa  169  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3812  phosphoglycerate mutase  42 
 
 
224 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.234713 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0602  phosphoglycerate mutase  41.75 
 
 
218 aa  151  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.690788  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4362  Phosphoglycerate mutase  46.31 
 
 
230 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1484  phosphoglycerate mutase  40.87 
 
 
230 aa  143  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2437  Phosphoglycerate mutase  43.6 
 
 
218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0172272 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  38.12 
 
 
213 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  40.3 
 
 
205 aa  135  8e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2039  phosphoglycerate mutase  39.22 
 
 
214 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0562  phosphoglycerate mutase  43.01 
 
 
185 aa  131  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0434916 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  41.55 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1067  phosphoglycerate mutase  39.2 
 
 
202 aa  125  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000059372  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  33 
 
 
209 aa  115  6e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1105  phosphoglycerate mutase  37.5 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  33.66 
 
 
208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3375  Phosphoglycerate mutase  35.32 
 
 
213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3578  Phosphoglycerate mutase  37.21 
 
 
225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100767 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3445  phosphoglycerate mutase  37.62 
 
 
223 aa  112  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0141958 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  42.77 
 
 
440 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2893  phosphoglycerate mutase  46.25 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.209877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2989  Phosphoglycerate mutase  32.65 
 
 
217 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.30555e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1204  phosphoglycerate mutase  43.04 
 
 
207 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1230  phosphoglycerate mutase  41.14 
 
 
207 aa  108  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1422  phosphoglycerate mutase family protein  42.41 
 
 
207 aa  107  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.314707  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2249  Phosphoglycerate mutase  47.4 
 
 
234 aa  107  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5474  Phosphoglycerate mutase  42.76 
 
 
198 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0398  Phosphoglycerate mutase  37.13 
 
 
209 aa  106  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.95004  normal  0.481126 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0628  phosphoglycerate mutase  33.83 
 
 
200 aa  105  5e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021297  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0911  Phosphoglycerate mutase  34.65 
 
 
214 aa  105  6e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2324  phosphoglycerate mutase  34.33 
 
 
213 aa  105  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0703569 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2169  putative phosphoglycerate mutase  43.67 
 
 
208 aa  104  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.376393  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1599  phosphoglycerate mutase  35.71 
 
 
223 aa  104  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  38.38 
 
 
222 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  38.38 
 
 
222 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4242  phosphoglycerate mutase  39.47 
 
 
447 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0580  Phosphoglycerate mutase  34.31 
 
 
221 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1699  phosphoglycerate mutase  33.83 
 
 
213 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.812426  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_597  phosphoglycerate mutase family  33 
 
 
200 aa  103  2e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000681703  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1600  phosphoglycerate mutase  33.5 
 
 
209 aa  102  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0485  phosphoglycerate mutase  36.84 
 
 
445 aa  102  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.081071 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3274  Phosphoglycerate mutase  34.65 
 
 
370 aa  102  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000275954  hitchhiker  0.000874495 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3480  phosphoglycerate mutase  34.29 
 
 
215 aa  102  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3598  phosphoglycerate mutase  34.95 
 
 
207 aa  102  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.593139  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3610  phosphoglycerate mutase  34.29 
 
 
215 aa  102  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1226  Phosphoglycerate mutase  41.89 
 
 
195 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.129631  normal  0.708444 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0813  phosphoglycerate mutase  34.29 
 
 
215 aa  102  5e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0659  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  32.5 
 
 
200 aa  100  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0693  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  32.5 
 
 
200 aa  100  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2812  phosphoglycerate mutase  44.72 
 
 
251 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1847  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  35.29 
 
 
442 aa  99.8  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0233931  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0515  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  32.39 
 
 
442 aa  99.8  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.85164  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0074  Phosphoglycerate mutase  34.95 
 
 
210 aa  99.4  5e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.107325  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05721  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  34.39 
 
 
442 aa  99.4  5e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1900  phosphoglycerate mutase  33.15 
 
 
188 aa  99  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0528  phosphoglycerate mutase  35.07 
 
 
216 aa  99  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2980  phosphoglycerate mutase  41.05 
 
 
205 aa  99  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3618  bifunctional RNase H/acid phosphatase  40.99 
 
 
369 aa  98.6  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.324125  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05791  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  30.11 
 
 
442 aa  98.6  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.840151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0678  phosphoglycerate mutase  34.76 
 
 
215 aa  98.6  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0308276  normal  0.53852 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2516  Phosphoglycerate mutase  35 
 
 
448 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2273  Phosphoglycerate mutase  33 
 
 
208 aa  97.8  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3374  Phosphoglycerate mutase  38.8 
 
 
189 aa  97.8  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.822383  normal  0.0226984 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3590  Phosphoglycerate mutase  35 
 
 
448 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0571749  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1597  Phosphoglycerate mutase  31.09 
 
 
206 aa  98.2  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05711  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  32.39 
 
 
442 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05411  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  32.95 
 
 
442 aa  97.8  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>