More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3872 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  100 
 
 
188 aa  382  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  88.02 
 
 
192 aa  345  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4447  transcription antitermination protein nusG  82.76 
 
 
199 aa  303  1e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0158403  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0583  NusG antitermination factor  79.57 
 
 
203 aa  303  1e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3597  NusG antitermination factor  77.42 
 
 
202 aa  301  3e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259347  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  77.13 
 
 
197 aa  301  4e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3645  NusG antitermination factor  75.63 
 
 
198 aa  298  2e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.56368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  75.26 
 
 
196 aa  295  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  8.47824e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  7.38018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  7.649e-05  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  295  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  294  6e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  78.02 
 
 
194 aa  294  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  294  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  294  6e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  77.66 
 
 
185 aa  294  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2853  transcription antitermination protein NusG  77.13 
 
 
185 aa  293  9e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0969707  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  81.03 
 
 
194 aa  293  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  77.09 
 
 
196 aa  293  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3194  transcription antitermination protein NusG  76.5 
 
 
193 aa  291  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178337  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  76.06 
 
 
185 aa  290  7e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  76.06 
 
 
185 aa  290  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  8.22613e-07 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3339  transcription antitermination protein NusG  74.73 
 
 
193 aa  290  8e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0037  NusG antitermination factor  73.02 
 
 
190 aa  281  4e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  7.59472e-06  hitchhiker  2.26007e-11 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0307  transcription antitermination protein NusG  78.03 
 
 
177 aa  281  5e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000168566  normal  0.0486415 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  71.66 
 
 
194 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  71.66 
 
 
194 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0041  NusG antitermination factor  72.83 
 
 
190 aa  279  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  2.73158e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  76.3 
 
 
177 aa  278  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2259  NusG antitermination factor  69.68 
 
 
212 aa  273  1e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  71.68 
 
 
177 aa  265  3e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  67.82 
 
 
177 aa  254  5e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0393  transcription antitermination protein nusG  66.67 
 
 
187 aa  251  6e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772348 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  65.52 
 
 
177 aa  250  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  65.9 
 
 
177 aa  244  5e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  65.52 
 
 
177 aa  244  7e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  64.37 
 
 
177 aa  238  3e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  1.62097e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  64.37 
 
 
177 aa  238  3e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  64.16 
 
 
177 aa  235  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0744  transcription antitermination protein NusG  60.99 
 
 
186 aa  231  4e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  5.94191e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  61.49 
 
 
177 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.20697e-05  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  61.49 
 
 
177 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  2.84446e-07 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0283  NusG antitermination factor  60.69 
 
 
177 aa  228  4e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  9.12407e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04536  transcription antitermination protein NusG  59.89 
 
 
185 aa  228  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.408108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  61.49 
 
 
177 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  61.27 
 
 
177 aa  228  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.27222e-06  hitchhiker  2.38714e-06 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  60.69 
 
 
177 aa  227  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  60.69 
 
 
177 aa  227  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  60.92 
 
 
177 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  2.65262e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  60.34 
 
 
177 aa  225  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.83077e-10  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  58.62 
 
 
182 aa  225  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.18825e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  58.62 
 
 
182 aa  224  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.95897e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0267  transcription antitermination protein nusG  62.07 
 
 
179 aa  224  4e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00185967  hitchhiker  0.0014194 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1061  transcription antitermination protein NusG  59.77 
 
 
177 aa  224  5e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0756818  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
177 aa  224  8e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  59.54 
 
 
183 aa  223  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  58.05 
 
 
182 aa  223  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  59.54 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  222  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  2.36415e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2336  transcription antitermination protein NusG  63.58 
 
 
177 aa  221  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.49971e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  59.77 
 
 
177 aa  222  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  59.77 
 
 
176 aa  222  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0497  transcription termination/antitermination factor NusG  57.8 
 
 
181 aa  221  3e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  59.77 
 
 
177 aa  222  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.10912e-07  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  58.62 
 
 
177 aa  221  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  5.42135e-09  hitchhiker  1.70909e-06 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  58.96 
 
 
181 aa  220  9e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  58.96 
 
 
181 aa  220  9e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0158  transcription termination/antitermination factor NusG  58.96 
 
 
183 aa  220  9e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.71251e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  59.77 
 
 
176 aa  220  9e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  2.61776e-05  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  56.9 
 
 
176 aa  219  1e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2112  transcription antitermination protein NusG  58.24 
 
 
185 aa  220  1e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  8.34658e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2201  transcription antitermination protein NusG  57.69 
 
 
185 aa  219  2e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  2.56386e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  60.12 
 
 
180 aa  219  2e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.73451e-06  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  60.12 
 
 
183 aa  218  4e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.9225e-06  hitchhiker  4.2395e-06 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  218  4e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  218  4e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  218  4e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.75303e-08  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  59.54 
 
 
183 aa  218  5e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.38288e-08  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  218  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  218  5e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  218  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.25159e-09  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  4.7886e-15 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.26486e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  2.40769e-13 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  7e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  8.52563e-08  hitchhiker  5.86315e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  7e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.83625e-05  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  6.1444e-09  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  7e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.38759e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  7e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.71893e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  58.38 
 
 
181 aa  217  7e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  7.83565e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>