282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3816 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  100 
 
 		 266 aa  525  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  46.67 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  46.29 
 
 		 242 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  44.54 
 
 		 242 aa  156  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  40.59 
 
 		 255 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1671  ComF family protein  44.54 
 
 		 244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4395  ComF family protein  44.34 
 
 		 238 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.136408  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  40.38 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  41.54 
 
 		 246 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  40.08 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  42.56 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  39.73 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  39.66 
 
 		 261 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  39.91 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  45.88 
 
 		 238 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  39.29 
 
 		 240 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  41.62 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  42.05 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  37.61 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  39.91 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.5 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  39.22 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  40 
 
 		 222 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  39.69 
 
 		 244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  36.77 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.21 
 
 		 246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  37.55 
 
 		 271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  39.49 
 
 		 230 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  39.38 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  37.17 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  38.29 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  35.17 
 
 		 247 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  31.39 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  40 
 
 		 262 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  31.39 
 
 		 234 aa  123  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  43.65 
 
 		 268 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  39.21 
 
 		 243 aa  122  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  39.15 
 
 		 233 aa  122  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  37.33 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  38.43 
 
 		 255 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  44.56 
 
 		 237 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  38.63 
 
 		 238 aa  116  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3458  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  28 
 
 		 250 aa  115  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  36.21 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  39.91 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.09 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  29.17 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  34.96 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  34.96 
 
 		 227 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  34.96 
 
 		 227 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  34.69 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  35.8 
 
 		 204 aa  111  1.0000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  38.89 
 
 		 228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  33.95 
 
 		 242 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  35.65 
 
 		 233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  34.16 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  36.56 
 
 		 241 aa  110  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  33.63 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  34.52 
 
 		 231 aa  109  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.33 
 
 		 227 aa  108  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  35.18 
 
 		 241 aa  108  7.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  33.63 
 
 		 227 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  33.63 
 
 		 227 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  33.63 
 
 		 227 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  34.07 
 
 		 227 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  36.61 
 
 		 240 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  33.63 
 
 		 227 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  33.63 
 
 		 248 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  32.42 
 
 		 233 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  33.92 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  33.19 
 
 		 227 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  33.19 
 
 		 227 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  32.42 
 
 		 233 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  29.74 
 
 		 232 aa  101  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  37.89 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  33.03 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  31.16 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0669  ComF family protein  38.84 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0504  putative competence protein  38.84 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0486  putative competence protein  38.84 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1419  ComF family protein  38.84 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0173  ComF family protein  38.84 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3200  ComF family protein  38.84 
 
 		 242 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2846  ComF family protein  38.84 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  35.23 
 
 		 258 aa  99.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  32.59 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.5 
 
 		 251 aa  99  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  30.66 
 
 		 249 aa  99  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  32.89 
 
 		 268 aa  98.6  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  32.59 
 
 		 268 aa  98.6  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  34.01 
 
 		 237 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  34.01 
 
 		 263 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  32.44 
 
 		 252 aa  98.2  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  37.56 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  36.2 
 
 		 241 aa  96.7  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  26.8 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  39.46 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  32.31 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  35.9 
 
 		 217 aa  94.7  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>