More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3707 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 437 aa  848    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  62.47 
 
 		 442 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  58.06 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.46 
 
 		 466 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  55.23 
 
 		 466 aa  396  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  53.64 
 
 		 430 aa  365  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  49.88 
 
 		 433 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.98 
 
 		 428 aa  329  5.0000000000000004e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  46.91 
 
 		 434 aa  316  7e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  42.54 
 
 		 429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  46.19 
 
 		 471 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  38.68 
 
 		 432 aa  281  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.92 
 
 		 430 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.78 
 
 		 429 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.87 
 
 		 430 aa  256  7e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  34.76 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  41.36 
 
 		 425 aa  234  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  41.36 
 
 		 418 aa  234  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.17 
 
 		 404 aa  226  8e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  40.62 
 
 		 418 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.97 
 
 		 465 aa  215  9.999999999999999e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  36.34 
 
 		 402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  38.32 
 
 		 489 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.49 
 
 		 419 aa  212  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  33.89 
 
 		 412 aa  209  8e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.16 
 
 		 409 aa  207  3e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.16 
 
 		 419 aa  201  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.31 
 
 		 419 aa  199  7e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.3 
 
 		 416 aa  196  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 390 aa  194  2e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  35.26 
 
 		 413 aa  195  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.32 
 
 		 430 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  33.04 
 
 		 455 aa  193  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.91 
 
 		 395 aa  188  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  35.15 
 
 		 403 aa  188  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.83 
 
 		 424 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  32.64 
 
 		 444 aa  186  7e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  32.65 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  35.91 
 
 		 429 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  33.42 
 
 		 405 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  30.2 
 
 		 449 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  34.16 
 
 		 394 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 		 493 aa  166  5.9999999999999996e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  28.08 
 
 		 446 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  29.37 
 
 		 390 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  28.1 
 
 		 394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.4 
 
 		 387 aa  126  9e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  29.23 
 
 		 408 aa  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 464 aa  125  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 409 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  28.92 
 
 		 408 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  29.37 
 
 		 414 aa  124  4e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 		 384 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  30.82 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  30.82 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  28.98 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  30.49 
 
 		 370 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  26.5 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 410 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.92 
 
 		 399 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  27.52 
 
 		 415 aa  117  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.53 
 
 		 398 aa  116  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 416 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 		 410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 416 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  30.82 
 
 		 569 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 394 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 		 416 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4285  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 		 458 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.07 
 
 		 438 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 		 448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  30.47 
 
 		 426 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  30.7 
 
 		 393 aa  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4154  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 458 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 		 453 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.78 
 
 		 458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 406 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.27 
 
 		 392 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 406 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  29.18 
 
 		 385 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  30.52 
 
 		 397 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  29.22 
 
 		 399 aa  109  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 		 414 aa  108  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  27.86 
 
 		 393 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  30.95 
 
 		 348 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  29.49 
 
 		 372 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 		 371 aa  107  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  29.49 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  29.49 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>