More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3706 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3706  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
498 aa  957    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0175295 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.95 
 
 
475 aa  340  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.83 
 
 
477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  42.47 
 
 
479 aa  295  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  42.97 
 
 
520 aa  290  3e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.04 
 
 
489 aa  281  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.94 
 
 
475 aa  278  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.94 
 
 
475 aa  278  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.74 
 
 
486 aa  270  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.87 
 
 
493 aa  266  5e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  37.58 
 
 
503 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.33 
 
 
497 aa  257  4e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.48 
 
 
502 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.24 
 
 
483 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.49 
 
 
494 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2152  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.6 
 
 
503 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  33.67 
 
 
512 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42 
 
 
483 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.13 
 
 
482 aa  223  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  30.43 
 
 
569 aa  223  9e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.04 
 
 
525 aa  219  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
509 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.91 
 
 
500 aa  218  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  32.6 
 
 
479 aa  216  9e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.02 
 
 
479 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.73 
 
 
491 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.73 
 
 
492 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.14 
 
 
541 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.93 
 
 
473 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.21 
 
 
465 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.93 
 
 
471 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.93 
 
 
471 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.69 
 
 
471 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  34.89 
 
 
465 aa  207  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6346  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.95 
 
 
491 aa  206  7e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.94 
 
 
473 aa  206  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32 
 
 
520 aa  205  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.33 
 
 
504 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.85 
 
 
518 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.12 
 
 
471 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.73 
 
 
526 aa  202  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 
519 aa  200  5e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  30.72 
 
 
479 aa  200  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.45 
 
 
461 aa  200  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.97 
 
 
483 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.63 
 
 
479 aa  199  9e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.75 
 
 
501 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.04 
 
 
482 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.63 
 
 
489 aa  198  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.97 
 
 
482 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.07 
 
 
470 aa  198  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.33 
 
 
546 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.67 
 
 
462 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.71 
 
 
532 aa  197  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.41 
 
 
504 aa  196  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.5 
 
 
513 aa  193  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.88 
 
 
515 aa  193  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.08 
 
 
560 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  29.14 
 
 
518 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  30.37 
 
 
558 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.8 
 
 
495 aa  190  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.9 
 
 
512 aa  190  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
496 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
496 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.91 
 
 
538 aa  190  5e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
493 aa  190  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.67 
 
 
491 aa  190  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.64 
 
 
487 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.86 
 
 
561 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.8 
 
 
495 aa  189  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.64 
 
 
561 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.72 
 
 
482 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.69 
 
 
499 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.61 
 
 
488 aa  188  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.94 
 
 
470 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
511 aa  187  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.67 
 
 
591 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.83 
 
 
484 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.86 
 
 
504 aa  187  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.92 
 
 
507 aa  187  5e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  31.82 
 
 
470 aa  186  7e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 
483 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.2 
 
 
533 aa  186  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2638  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.13 
 
 
505 aa  186  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.544022  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
558 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.77 
 
 
459 aa  186  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1627  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.79 
 
 
538 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.13 
 
 
519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.64 
 
 
509 aa  184  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.14 
 
 
503 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.14 
 
 
503 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.14 
 
 
503 aa  183  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
489 aa  183  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.79 
 
 
482 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.81 
 
 
537 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6853  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.79 
 
 
491 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  34.89 
 
 
472 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.51 
 
 
483 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.19 
 
 
511 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.24 
 
 
576 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>