83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3537 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  100 
 
 		 150 aa  307  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  57.33 
 
 		 151 aa  168  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  54.05 
 
 		 150 aa  159  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  56.06 
 
 		 136 aa  154  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  59.7 
 
 		 153 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  58.96 
 
 		 153 aa  152  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  58.94 
 
 		 150 aa  150  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  55.04 
 
 		 151 aa  147  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  55.73 
 
 		 151 aa  141  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  50.34 
 
 		 150 aa  140  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  45.33 
 
 		 149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  45.7 
 
 		 149 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  45.7 
 
 		 149 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  45.7 
 
 		 149 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  45.14 
 
 		 153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  43.33 
 
 		 149 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  43.33 
 
 		 149 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  43.33 
 
 		 149 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  45.03 
 
 		 149 aa  123  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  42.67 
 
 		 149 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  49.23 
 
 		 153 aa  122  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  42.76 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  43.71 
 
 		 147 aa  120  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  45.38 
 
 		 153 aa  118  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  42.31 
 
 		 153 aa  117  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  39.33 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  39.33 
 
 		 155 aa  97.8  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  35.95 
 
 		 151 aa  92.8  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  32.88 
 
 		 155 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  33.77 
 
 		 155 aa  84.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  32.69 
 
 		 159 aa  82.8  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  32.86 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  37.98 
 
 		 151 aa  74.7  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  28.23 
 
 		 153 aa  72.8  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  34 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  34.15 
 
 		 172 aa  72  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0107  cytochrome c prime  36.62 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  30.92 
 
 		 152 aa  68.6  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  35.76 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  27.45 
 
 		 155 aa  66.6  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  26.8 
 
 		 170 aa  66.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  32 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  29.14 
 
 		 154 aa  63.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  28.17 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  31.2 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  29.6 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  27.42 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0569  cytochrome c, class II  34.62 
 
 		 158 aa  57.4  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  26.61 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  27.42 
 
 		 152 aa  57  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  30.25 
 
 		 156 aa  57  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  31.76 
 
 		 153 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  31.08 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  26.61 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  33.33 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  29.41 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  32.11 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  24.16 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  26.83 
 
 		 152 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2256  cytochrome c, class II  30.95 
 
 		 147 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.335708  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0327  cytochrome c, class II  32.68 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.781322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  26.67 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  22.58 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  28.99 
 
 		 153 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  25.83 
 
 		 152 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  33.03 
 
 		 149 aa  47.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  33.33 
 
 		 146 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  23.91 
 
 		 159 aa  47  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  27.01 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  31.13 
 
 		 149 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  29.63 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  27.81 
 
 		 159 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  29.46 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  25 
 
 		 157 aa  44.3  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06854  hypothetical protein  28.79 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  25 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  23.33 
 
 		 149 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  27.68 
 
 		 149 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  23.39 
 
 		 166 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  31.71 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3783  putative cytochrome c-like protein  30.93 
 
 		 197 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.550568 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4059  putative cytochrome c-like protein  30.93 
 
 		 197 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4122  hypothetical protein  18.95 
 
 		 169 aa  40.4  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22167  normal  0.119493 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>