157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3536 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3536  cytochrome B561  100 
 
 
219 aa  430  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  55.35 
 
 
228 aa  232  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0599  cytochrome B561  56.67 
 
 
221 aa  226  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0268  cytochrome B561  56.74 
 
 
227 aa  222  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1276  cytochrome B561  61.57 
 
 
225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0290  cytochrome B561  60.1 
 
 
222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000341868 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0285  cytochrome B561  59.59 
 
 
222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0260456  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0403  cytochrome B561  55.25 
 
 
252 aa  184  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  48.91 
 
 
226 aa  174  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  48.63 
 
 
226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  48.09 
 
 
226 aa  162  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0326  cytochrome B561  46.49 
 
 
227 aa  157  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3282  cytochrome B561  46.93 
 
 
231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00209273  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  46.15 
 
 
199 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  46.15 
 
 
199 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  36.74 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49100  Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  46.15 
 
 
232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627972  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  35.51 
 
 
228 aa  129  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  45.6 
 
 
198 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  44.51 
 
 
200 aa  128  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  36.11 
 
 
265 aa  123  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  37.62 
 
 
221 aa  123  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2745  cytochrome B561  40.28 
 
 
231 aa  122  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  38.59 
 
 
222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  35.9 
 
 
222 aa  119  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  42.86 
 
 
193 aa  118  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  37.5 
 
 
230 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000118155  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  41.85 
 
 
236 aa  118  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  39.25 
 
 
230 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  37.5 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000179659  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  37.5 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000994109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  37.5 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046168  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  33.96 
 
 
229 aa  115  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  38.25 
 
 
230 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0461  cytochrome b561  35.26 
 
 
213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  39.34 
 
 
241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  38.32 
 
 
231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2690  cytochrome B561  41.98 
 
 
221 aa  108  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117812  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0590  cytochrome B561  44.1 
 
 
266 aa  108  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1204  cytochrome B561  37.02 
 
 
229 aa  106  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000144641  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1133  cytochrome B561  36.46 
 
 
229 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000490304  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1134  cytochrome B561  36.46 
 
 
229 aa  105  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156363  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  36.32 
 
 
219 aa  102  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2558  cytochrome B561  36.07 
 
 
224 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.952608  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3421  b-type cytochrome, putative  35.87 
 
 
230 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  36.08 
 
 
241 aa  99.8  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  36.27 
 
 
243 aa  99  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0900  b-type cytochrome, putative  36.67 
 
 
222 aa  97.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.983268  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3010  cytochrome B561  39.34 
 
 
236 aa  95.1  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  33.87 
 
 
387 aa  92.8  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  30.73 
 
 
212 aa  91.3  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  30.92 
 
 
229 aa  89.4  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  37.7 
 
 
363 aa  88.6  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  32.27 
 
 
219 aa  88.6  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2200  cytochrome c' family protein  40.17 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3588  cytochrome B561  35.84 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  37.7 
 
 
363 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  32.79 
 
 
237 aa  85.1  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  28.49 
 
 
202 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  37.61 
 
 
349 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  38.14 
 
 
245 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  32.43 
 
 
195 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  37.3 
 
 
242 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  37.29 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  30.48 
 
 
218 aa  80.5  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  27.47 
 
 
202 aa  80.1  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  32.07 
 
 
182 aa  77  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  33.33 
 
 
192 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  34.96 
 
 
195 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  34.96 
 
 
195 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  34.96 
 
 
195 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  34.96 
 
 
195 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000458311 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  31.38 
 
 
179 aa  72  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  28.93 
 
 
198 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  34.96 
 
 
195 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  30.41 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  34.59 
 
 
190 aa  69.7  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  30.46 
 
 
198 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  34.59 
 
 
190 aa  68.6  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  27.47 
 
 
187 aa  68.2  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  26.21 
 
 
222 aa  67.8  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2317  cytochrome B561  23.4 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0816161  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2387  cytochrome B561  23.4 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.549561  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  30.41 
 
 
198 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  25.43 
 
 
247 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0316  cytochrome B561  29.67 
 
 
191 aa  65.1  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  30.48 
 
 
181 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  28.26 
 
 
184 aa  63.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  27.96 
 
 
214 aa  63.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4949  cytochrome B561  35.14 
 
 
207 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  30.16 
 
 
210 aa  62.8  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1211  cytochrome B561  36.56 
 
 
178 aa  62.8  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  39.58 
 
 
181 aa  62.4  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  29.79 
 
 
181 aa  62  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1933  cytochrome B561  36.56 
 
 
185 aa  61.6  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2814  cytochrome B561  38.78 
 
 
201 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395552  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  32.86 
 
 
203 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2510  cytochrome B561  24.02 
 
 
248 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  24.44 
 
 
175 aa  60.1  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10120  cytochrome b561 family protein  33.96 
 
 
175 aa  60.8  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>