More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3500 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 		 213 aa  437  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  70.37 
 
 		 232 aa  278  4e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  67.55 
 
 		 230 aa  271  5.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  67.68 
 
 		 211 aa  270  8.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  68.21 
 
 		 211 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  63.37 
 
 		 204 aa  267  8e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  67.55 
 
 		 213 aa  266  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  67.55 
 
 		 210 aa  267  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  65.96 
 
 		 207 aa  259  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  63.49 
 
 		 225 aa  259  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  61.17 
 
 		 216 aa  243  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  56.15 
 
 		 194 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  51.06 
 
 		 192 aa  207  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3122  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 201 aa  204  6e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.984207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0090  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 201 aa  204  6e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.971877  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  52.38 
 
 		 213 aa  201  5e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0591  peptidyl-tRNA hydrolase  53.19 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  53 
 
 		 200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.258134  normal  0.0303401 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1922  peptidyl-tRNA hydrolase  53.85 
 
 		 196 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4135  peptidyl-tRNA hydrolase  52.5 
 
 		 200 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0393  peptidyl-tRNA hydrolase  54.55 
 
 		 217 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.602694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0818  peptidyl-tRNA hydrolase  56.38 
 
 		 195 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000832673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0248  peptidyl-tRNA hydrolase  54.55 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0275  peptidyl-tRNA hydrolase  54.55 
 
 		 200 aa  194  7e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.613029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0313  peptidyl-tRNA hydrolase  53 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1627  peptidyl-tRNA hydrolase  51.79 
 
 		 196 aa  192  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.660591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02582  peptidyl-tRNA hydrolase  51.06 
 
 		 193 aa  192  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00538326  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2572  peptidyl-tRNA hydrolase  54.79 
 
 		 195 aa  192  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102375  normal  0.060871 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0472  peptidyl-tRNA hydrolase  53.3 
 
 		 201 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41540  peptidyl-tRNA hydrolase  54.5 
 
 		 194 aa  191  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3468  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 194 aa  191  9e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000174641  normal  0.19866 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1007  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149931  normal  0.240982 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1072  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0876072  normal  0.0565044 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2853  peptidyl-tRNA hydrolase  54.79 
 
 		 195 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000370002  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2815  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 199 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490887  normal  0.867617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6134  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 199 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.014975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2190  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 199 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0999239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2804  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 199 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1011  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 195 aa  189  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00579564  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1058  peptidyl-tRNA hydrolase  49.2 
 
 		 187 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0054523  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2920  peptidyl-tRNA hydrolase  54.79 
 
 		 195 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000374558  normal  0.0910923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2722  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 199 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.016718  normal  0.312318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2864  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 199 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00616861  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0567  peptidyl-tRNA hydrolase  52.79 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00595812  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0751  peptidyl-tRNA hydrolase  52.79 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.497669  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0511  peptidyl-tRNA hydrolase  52.28 
 
 		 199 aa  188  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1500  peptidyl-tRNA hydrolase  52.79 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.494558  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2928  peptidyl-tRNA hydrolase  52.79 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  52.79 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0716  peptidyl-tRNA hydrolase  55.32 
 
 		 195 aa  188  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0115669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2570  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 194 aa  187  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3693  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 194 aa  187  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000643435  normal  0.128415 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1184  peptidyl-tRNA hydrolase  53.72 
 
 		 195 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0516  peptidyl-tRNA hydrolase  47.31 
 
 		 193 aa  187  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  55.32 
 
 		 195 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00539535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1109  peptidyl-tRNA hydrolase  55.32 
 
 		 195 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00116388  hitchhiker  0.000000000970821 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3436  peptidyl-tRNA hydrolase  55.32 
 
 		 195 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0164133  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3300  peptidyl-tRNA hydrolase  55.32 
 
 		 195 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000155581  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3606  peptidyl-tRNA hydrolase  52.66 
 
 		 194 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00295121  normal  0.0514505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4463  peptidyl-tRNA hydrolase  54.5 
 
 		 194 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1053  peptidyl-tRNA hydrolase  53.44 
 
 		 196 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.114072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0720  peptidyl-tRNA hydrolase  54.5 
 
 		 194 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3134  peptidyl-tRNA hydrolase  52.66 
 
 		 208 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000686708  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0754  peptidyl-tRNA hydrolase  54.5 
 
 		 194 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1984  peptidyl-tRNA hydrolase  51.06 
 
 		 196 aa  185  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0267905 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0183  peptidyl-tRNA hydrolase  47.06 
 
 		 193 aa  185  5e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0764  peptidyl-tRNA hydrolase  53.97 
 
 		 194 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0389  peptidyl-tRNA hydrolase  52.08 
 
 		 202 aa  184  7e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0179253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2186  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 206 aa  184  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3732  peptidyl-tRNA hydrolase  54.21 
 
 		 192 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.292366 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2467  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.988822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2074  peptidyl-tRNA hydrolase  54.26 
 
 		 196 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0225311  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0340  peptidyl-tRNA hydrolase  52.04 
 
 		 199 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0170  peptidyl-tRNA hydrolase  45.99 
 
 		 193 aa  182  3e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00869457 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4755  peptidyl-tRNA hydrolase  54.5 
 
 		 194 aa  182  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215279  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0529  Aminoacyl-tRNA hydrolase  51.6 
 
 		 193 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2064  peptidyl-tRNA hydrolase  55.32 
 
 		 195 aa  181  6e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.460375  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01245  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 196 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0909  aminoacyl-tRNA hydrolase  52.38 
 
 		 197 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.238467 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2413  peptidyl-tRNA hydrolase  53.72 
 
 		 195 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.943472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61790  peptidyl-tRNA hydrolase  52.91 
 
 		 194 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172217  normal  0.0107656 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1761  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 		 196 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000319671  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2120  peptidyl-tRNA hydrolase  52.88 
 
 		 195 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0277037  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0287  peptidyl-tRNA hydrolase  49.49 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5322  peptidyl-tRNA hydrolase  52.38 
 
 		 194 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2344  peptidyl-tRNA hydrolase  51.6 
 
 		 194 aa  175  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0504  peptidyl-tRNA hydrolase  49.47 
 
 		 194 aa  175  4e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01179  peptidyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2443  Aminoacyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0491513  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004208  peptidyl-tRNA hydrolase  49.47 
 
 		 196 aa  174  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000331987  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2422  peptidyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0426078 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1351  peptidyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0179847  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01189  hypothetical protein  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1938  peptidyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11289  normal  0.097849 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1685  peptidyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000354095  normal  0.435145 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1309  peptidyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3629  peptidyl-tRNA hydrolase  49.19 
 
 		 226 aa  174  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2107  peptidyl-tRNA hydrolase  47.59 
 
 		 207 aa  173  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0023185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1850  peptidyl-tRNA hydrolase  53.19 
 
 		 195 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.239028  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0987  peptidyl-tRNA hydrolase  50.27 
 
 		 194 aa  173  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>