265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3484 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3484  porin  100 
 
 		 357 aa  717    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  27.5 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  27.59 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  24.66 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  27.15 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  28.1 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  27.25 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  25.93 
 
 		 366 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  25.38 
 
 		 365 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  26.49 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  26.49 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  25.71 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  26.22 
 
 		 342 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  25.12 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  28.23 
 
 		 353 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  26.25 
 
 		 346 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  27.11 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  26.38 
 
 		 362 aa  70.1  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  24.52 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  26.74 
 
 		 352 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  25.39 
 
 		 374 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  25 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  24.17 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  26.69 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  33.82 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  25.26 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  31.02 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  32.91 
 
 		 354 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  25.27 
 
 		 371 aa  66.6  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  24.93 
 
 		 348 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  32.91 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  31.38 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  25.21 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  24.57 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  34.97 
 
 		 396 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  29.86 
 
 		 338 aa  62.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  28.95 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  24.13 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  26.67 
 
 		 340 aa  62  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  26.39 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  24.74 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  24.66 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.93 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  29.88 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  24.56 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  40.34 
 
 		 375 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.65 
 
 		 336 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  25.38 
 
 		 356 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  27.64 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  24.55 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  25.07 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  23.74 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.43 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  38.1 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  34.97 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  30 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  23.76 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  24.75 
 
 		 359 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3529  porin  27.93 
 
 		 376 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327335 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  31.5 
 
 		 345 aa  57  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  31.07 
 
 		 413 aa  57  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  33.56 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  35.09 
 
 		 373 aa  56.2  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  26.33 
 
 		 411 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  28.99 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  26.36 
 
 		 349 aa  55.8  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  26.48 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  33.88 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  28.99 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1817  putative outer membrane porin  27.12 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356492  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1106  putative outer membrane porin  27.12 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0815  putative outer membrane porin  27.12 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2079  putative outer membrane porin  27.12 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0299  OmpC family outer membrane porin  36.67 
 
 		 391 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90902  normal  0.882508 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  25.44 
 
 		 384 aa  54.7  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  37.07 
 
 		 373 aa  54.3  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  28.62 
 
 		 389 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  28.18 
 
 		 391 aa  53.9  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3623  porin  27.8 
 
 		 372 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  27.13 
 
 		 367 aa  53.9  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01269  hypothetical protein  31.82 
 
 		 373 aa  53.9  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  24.19 
 
 		 340 aa  53.5  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3897  porin  28.32 
 
 		 372 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.239452 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  25.08 
 
 		 361 aa  53.1  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  33.33 
 
 		 394 aa  53.1  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  40 
 
 		 316 aa  53.1  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  39.8 
 
 		 321 aa  52.8  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  27.07 
 
 		 349 aa  52.8  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0120  porin  32.82 
 
 		 424 aa  52.4  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.993505  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  25 
 
 		 359 aa  52.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1789  outer membrane porin  26.41 
 
 		 399 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  30.24 
 
 		 387 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004186  membrane protein  30.46 
 
 		 373 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.920547  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  25.27 
 
 		 354 aa  52.8  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  26.61 
 
 		 374 aa  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  22.39 
 
 		 365 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  32.79 
 
 		 314 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  29.79 
 
 		 338 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  22.06 
 
 		 308 aa  51.6  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0357  outer membrane porin  25.97 
 
 		 391 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>