More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3446 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3446  peptidase M23B  100 
 
 
464 aa  930    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0198039 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3151  hypothetical protein  60.23 
 
 
460 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.696817  hitchhiker  0.00198036 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4107  peptidase M23B  53.88 
 
 
457 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0631  peptidase M23B  52.5 
 
 
454 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0610  Peptidase M23  52.29 
 
 
454 aa  418  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2644  peptidase M23B  52.91 
 
 
462 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107778  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0505  peptidase M23B  50.34 
 
 
465 aa  408  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0727  peptidase M23B  51 
 
 
465 aa  411  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5906  peptidase M23B  48.78 
 
 
464 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4046  peptidase M23B  49.07 
 
 
453 aa  388  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.42477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4673  Peptidase M23  46.61 
 
 
446 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0063  peptidase M23B  40 
 
 
448 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736446  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0554  peptidase M23B  41.45 
 
 
457 aa  269  7e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0864407  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0475  peptidase M23B  39.15 
 
 
464 aa  256  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0764227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0416  peptidase M23B  37.44 
 
 
464 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.749321  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6410  peptidase M23B  36.32 
 
 
491 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.101162  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0458  peptidase family protein  39.91 
 
 
438 aa  241  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0151813  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1236  Peptidase M23  36.93 
 
 
441 aa  237  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.747064  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2406  Peptidase M23  41.14 
 
 
517 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000297595  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0808  hypothetical protein  35.64 
 
 
468 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111068  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1070  peptidase M23B  36.99 
 
 
470 aa  224  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000663159  hitchhiker  0.00472125 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2080  Peptidase M23  45.72 
 
 
441 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0696  peptidase M23B  39.22 
 
 
459 aa  223  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000424266  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08540  hypothetical protein  35.64 
 
 
447 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000156584  decreased coverage  0.00000000118926 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2139  Peptidase M23  41.16 
 
 
490 aa  219  7.999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00671131  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4768  peptidase M23B  34.46 
 
 
472 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000282967  normal  0.90661 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0008  peptidase M23B  49.13 
 
 
417 aa  216  9e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4566  peptidase M23B  36.66 
 
 
475 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00491492  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0465  peptidase M23B  34.42 
 
 
473 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494323  normal  0.161916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0468  peptidase M23B  33.94 
 
 
473 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000910103  hitchhiker  0.00126388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0435  M24/M37 family peptidase  33.94 
 
 
475 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  0.0460462 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0910  peptidase M23B  31 
 
 
479 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.217217  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0607  peptidase, M23/M37 family  36.18 
 
 
474 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0513451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5099  peptidase M23B  34.44 
 
 
503 aa  210  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000186305  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3928  peptidase M23B  32.52 
 
 
475 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000103245  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3506  peptidase M23B  43.33 
 
 
741 aa  209  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000124744  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2030  Peptidase M23  37.71 
 
 
470 aa  208  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2472  metalloendopeptidase-like membrane protein  41.54 
 
 
441 aa  207  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000271454  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0172  Peptidase M23  43.43 
 
 
465 aa  207  4e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0593266  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46000  metallopeptidase  35.99 
 
 
480 aa  206  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.064748  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0299  Peptidase M23  45.3 
 
 
490 aa  201  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0751276  normal  0.0202035 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0002  Peptidase M23  44.36 
 
 
523 aa  201  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3784  M24/M37 family peptidase  41.31 
 
 
439 aa  199  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4726  M24/M37 family peptidase  33.65 
 
 
498 aa  197  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0877  peptidase M23B  38.13 
 
 
503 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0472829  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02939  membrane-bound metalloendopeptidase  43.59 
 
 
472 aa  196  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0352  peptidase M23B  36.01 
 
 
430 aa  195  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0849  M24/M37 family peptidase  38.44 
 
 
462 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0168749  normal  0.445111 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1087  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.88 
 
 
460 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00818194  normal  0.118313 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0823  Peptidase M23  41.98 
 
 
429 aa  191  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000176405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2568  putative membrane associated peptidase  31.25 
 
 
436 aa  189  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102631  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0437  peptidase M23B  34.72 
 
 
513 aa  189  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000637591  normal  0.0934933 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0627  hypothetical protein  31.61 
 
 
477 aa  188  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01618  Peptidase, M23/M37 family protein  34.42 
 
 
441 aa  187  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2881  peptidase M23B  34.91 
 
 
466 aa  187  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000532238  hitchhiker  0.00000791404 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0610  hypothetical protein  37.4 
 
 
477 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0513  peptidase M23B  39.85 
 
 
439 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.842896  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3059  peptidase M23B  34.59 
 
 
466 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000244164  normal  0.0231551 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0124  peptidase M23  42.31 
 
 
471 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000771684  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0159  hypothetical protein  36.76 
 
 
433 aa  183  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000424474  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1227  peptidase M23B  38.06 
 
 
437 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0141  metallopeptidase  41.88 
 
 
471 aa  182  1e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2963  peptidase M23B  35.71 
 
 
491 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00002101  normal  0.0112469 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0994  peptidase M23B  39.84 
 
 
470 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000818534  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1368  peptidase M23  37.74 
 
 
434 aa  181  2e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2972  peptidase M23B  36.18 
 
 
512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000246824  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1127  peptidase M23B  30.93 
 
 
468 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000608337  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2732  Peptidase M23  37.72 
 
 
440 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2638  Peptidase M23  37.72 
 
 
440 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.388995  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1213  peptidase M23B  35.66 
 
 
468 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0214324  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1103  peptidase M23B  35.12 
 
 
475 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.123313 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2811  peptidase M23B  39.03 
 
 
472 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000654378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3144  Peptidase M23  34.9 
 
 
468 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0015226  normal  0.847017 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1169  peptidase M23B  34.55 
 
 
468 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000504545  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1314  M24/M37 family peptidase  34.07 
 
 
482 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0770  peptidase M23B  37.63 
 
 
533 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1021  peptidase M23B  35.74 
 
 
491 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000137565  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1246  peptidase M23B  34.9 
 
 
468 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00321659  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1211  peptidase M23B  36.13 
 
 
475 aa  176  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0168861  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1220  peptidase, M23/M37 family  40.17 
 
 
385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000900007  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1597  Peptidase M23  41.95 
 
 
435 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2540  peptidase M23B  37.77 
 
 
429 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.169428  normal  0.74545 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1754  peptidase M23B  36.86 
 
 
569 aa  173  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.598264 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002595  membrane protein  37.98 
 
 
353 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000185495  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1920  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  34.71 
 
 
452 aa  172  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0283385  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0270  M23 peptidase domain-containing protein  34.71 
 
 
423 aa  171  3e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00486213  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1350  M24/M37 family peptidase  36.6 
 
 
386 aa  168  2e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03413  hypothetical protein  36.58 
 
 
429 aa  168  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0732  peptidase M23B  37.6 
 
 
406 aa  167  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1228  M24/M37 family peptidase  36.6 
 
 
386 aa  167  5e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00112662  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0514  M24/M37 family peptidase  36.6 
 
 
386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000380878  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4765  peptidase M23B  38.64 
 
 
420 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1596  peptidase M23B  38.64 
 
 
400 aa  160  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559907  normal  0.338058 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2136  Peptidase M23  32.89 
 
 
437 aa  159  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1618  peptidase M23B  38.64 
 
 
412 aa  159  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278524  normal  0.127445 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0656  peptidase M23B  37.31 
 
 
490 aa  158  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.45264  normal  0.700073 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1541  peptidase M23  38.64 
 
 
425 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.759696  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1980  Peptidase M23  35.54 
 
 
460 aa  157  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00339871  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1620  peptidase M23B  39.66 
 
 
421 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0370  peptidase M23B  34.66 
 
 
402 aa  156  8e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.890076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>