More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3437 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  100 
 
 		 354 aa  699    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  85.31 
 
 		 354 aa  576  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  75.14 
 
 		 358 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  74.58 
 
 		 358 aa  533  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  74.58 
 
 		 358 aa  528  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  75.42 
 
 		 358 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  79.94 
 
 		 354 aa  528  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  72.88 
 
 		 354 aa  525  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  74.3 
 
 		 358 aa  526  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  73.18 
 
 		 358 aa  521  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  64.8 
 
 		 358 aa  456  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  65.08 
 
 		 358 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  63.97 
 
 		 358 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  63.41 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  62.43 
 
 		 362 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  59.05 
 
 		 358 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  58.61 
 
 		 368 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  55.46 
 
 		 384 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  55.56 
 
 		 358 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.56 
 
 		 358 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  55.28 
 
 		 358 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  56.67 
 
 		 358 aa  371  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  56.62 
 
 		 355 aa  362  7.0000000000000005e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  54.62 
 
 		 355 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.52 
 
 		 355 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  48.1 
 
 		 351 aa  298  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  55.21 
 
 		 355 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 354 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  52.4 
 
 		 354 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  50.32 
 
 		 350 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.74 
 
 		 365 aa  269  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  51.2 
 
 		 352 aa  269  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  53.24 
 
 		 329 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  50 
 
 		 347 aa  268  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  50 
 
 		 347 aa  265  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  50 
 
 		 347 aa  261  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.27 
 
 		 351 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 357 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 344 aa  233  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  42 
 
 		 355 aa  212  7.999999999999999e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  40.67 
 
 		 352 aa  206  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  40.46 
 
 		 349 aa  206  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 349 aa  202  5e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 352 aa  202  6e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 357 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  40 
 
 		 357 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 357 aa  196  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.45 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 346 aa  193  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 356 aa  192  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  40.11 
 
 		 357 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  38.07 
 
 		 345 aa  189  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  38.1 
 
 		 357 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  42.35 
 
 		 356 aa  180  4e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 357 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.94 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  41.84 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  36.94 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  36.39 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 350 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  38.84 
 
 		 357 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  35.18 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 562 aa  159  8e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 358 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 357 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 360 aa  142  8e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0567  putative branched-chain amino acid transport system permease  81.82 
 
 		 88 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.906507  normal  0.0208068 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 358 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 328 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 381 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 571 aa  131  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.97 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.09 
 
 		 325 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 300 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  35 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 401 aa  123  5e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  33.55 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 324 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.4 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  30.59 
 
 		 606 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 318 aa  116  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  32.64 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>