More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3413 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3413  outer membrane porin  100 
 
 		 348 aa  697    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000336209 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.35 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2566  porin  33.43 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00957532 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  33.42 
 
 		 344 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  31.14 
 
 		 374 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  32.83 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  28.3 
 
 		 388 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  28.5 
 
 		 344 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  29.83 
 
 		 362 aa  92.8  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  29.07 
 
 		 350 aa  92.4  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  29.4 
 
 		 362 aa  92.4  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  29.05 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  30.69 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  28.09 
 
 		 387 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  28.35 
 
 		 351 aa  89.4  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  29.97 
 
 		 349 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  29.66 
 
 		 384 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  28.61 
 
 		 335 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  29.92 
 
 		 352 aa  87.4  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  30.64 
 
 		 384 aa  85.9  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  29.53 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  28.13 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  29.75 
 
 		 413 aa  84  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  30.39 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  27.95 
 
 		 372 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  28.21 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  30.26 
 
 		 339 aa  82.8  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  27.32 
 
 		 360 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  27.97 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  29.89 
 
 		 381 aa  82  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  30 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0171  porin  26.55 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  28.99 
 
 		 355 aa  80.1  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  28.68 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  28.68 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  25.51 
 
 		 348 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0134  porin  28 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  30.85 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3748  porin  34.57 
 
 		 409 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4620  porin  34.57 
 
 		 409 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  32.48 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  27.58 
 
 		 394 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5684  porin  34.16 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.101118 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  28.24 
 
 		 355 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  26.65 
 
 		 426 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  27.84 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  27.84 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  28.86 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  27.84 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0152  porin Gram-negative type  27.43 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6199  porin  28.69 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.687747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  28.69 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  28.69 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  27.54 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  25.85 
 
 		 431 aa  73.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  28.73 
 
 		 376 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  30.58 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4608  porin  33.47 
 
 		 397 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5137  porin  33.07 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.918884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0404  outer membrane protein (porin)  31.75 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4097  OmpC family outer membrane porin  27.45 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  26.56 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  30.66 
 
 		 384 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1258  porin  27.89 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170456 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5024  porin  33.47 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  29.15 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  27.32 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  26.56 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  26.34 
 
 		 400 aa  70.1  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2227  porin Gram-negative type  27.7 
 
 		 387 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0459424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6299  porin Gram-negative type  26.5 
 
 		 369 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  26.64 
 
 		 396 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  28.69 
 
 		 394 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  25.38 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  27.27 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  27.06 
 
 		 394 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  32.67 
 
 		 421 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0061  OmpC family outer membrane porin  26.9 
 
 		 379 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  32.67 
 
 		 421 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  28.69 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  27.27 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  25.84 
 
 		 383 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  27.16 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3782  porin  29.79 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3151  outer membrane protein (porin)  26.46 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  28.54 
 
 		 436 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  30 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  33.06 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  31.25 
 
 		 380 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  26.76 
 
 		 362 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  27.86 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  31.97 
 
 		 430 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  28.3 
 
 		 386 aa  67  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  28.3 
 
 		 386 aa  67  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  27.58 
 
 		 356 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  28.3 
 
 		 436 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  31.97 
 
 		 430 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  28.3 
 
 		 386 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  28.3 
 
 		 386 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  28.3 
 
 		 386 aa  67  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>