More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3377 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3377  cytochrome c class I  100 
 
 		 106 aa  214  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 105 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  53.16 
 
 		 108 aa  86.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  46.25 
 
 		 198 aa  84.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  45 
 
 		 198 aa  84  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  50 
 
 		 98 aa  84  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  50 
 
 		 107 aa  83.6  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  49.37 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  50.63 
 
 		 116 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  48.19 
 
 		 98 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  43.75 
 
 		 195 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  44.21 
 
 		 202 aa  80.1  0.000000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  50.6 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  43.18 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  37.63 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  44.09 
 
 		 318 aa  73.9  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2081  putative cytochrome c  38.36 
 
 		 194 aa  73.9  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  39.45 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  42.27 
 
 		 107 aa  72  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  46.07 
 
 		 113 aa  72  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  46.25 
 
 		 196 aa  72  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  41.3 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  44.68 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3908  cytochrome c, class I  48.04 
 
 		 107 aa  70.9  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  43.02 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  43.02 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  43.02 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  45.71 
 
 		 102 aa  70.1  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  37.17 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  44.74 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1283  putative cytochrome c  42.05 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.558146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  39.8 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  39.76 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  39.39 
 
 		 205 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  40.21 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0751  cytochrome c, class I  41.07 
 
 		 112 aa  67.4  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  42.68 
 
 		 284 aa  67  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  40.79 
 
 		 206 aa  67  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  40.24 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  44.16 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  40.4 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  39.36 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0313  cytochrome c552  41.43 
 
 		 100 aa  65.5  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.577665  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  39.51 
 
 		 153 aa  65.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3448  putative cytochrome c  42.68 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  40.22 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5760  cytochrome c class I  43.42 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  33.93 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  40.86 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8118  cytochrome c class I  38.89 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0808523  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3308  cytochrome c class I  37.86 
 
 		 243 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0651  putative periplasmic cytochrome c  37.86 
 
 		 243 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471094  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  34.31 
 
 		 115 aa  64.7  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  43.02 
 
 		 220 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 205 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  44.78 
 
 		 200 aa  63.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  43.16 
 
 		 216 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  37.5 
 
 		 205 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 205 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  37.18 
 
 		 206 aa  63.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 207 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  40.51 
 
 		 205 aa  63.9  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 207 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  32.32 
 
 		 200 aa  63.9  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  39.76 
 
 		 104 aa  63.5  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 207 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 225 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  43.84 
 
 		 104 aa  63.5  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  40.51 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  40 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  40 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  40 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  39.05 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  50 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5765  cytochrome c4, putative  40.19 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.524274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  40 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  36.54 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  49.3 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  50 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  31.31 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  41.94 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1322  putative cytochrome c  45.12 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  42.11 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  41.03 
 
 		 226 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  40.24 
 
 		 212 aa  62  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  48.44 
 
 		 103 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2878  cytochrome c4, putative  38.68 
 
 		 238 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1355  putative cytochrome c  38.78 
 
 		 236 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  43.75 
 
 		 153 aa  61.2  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0429  cytochrome c class I  40.85 
 
 		 239 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.809488 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1349  putative cytochrome c  38.78 
 
 		 236 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.708882  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  41.77 
 
 		 205 aa  60.8  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1488  cytochrome c  38.78 
 
 		 238 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.308857  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  35.29 
 
 		 281 aa  60.8  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  38.1 
 
 		 205 aa  60.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0006  monoheme cytochrome c  39.68 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  39.76 
 
 		 201 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  41.56 
 
 		 213 aa  60.5  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  38 
 
 		 203 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  36.75 
 
 		 206 aa  60.5  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>