122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3337 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3337  hypothetical protein  100 
 
 
272 aa  531  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2218  hypothetical protein  88.89 
 
 
270 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0491928  normal  0.970799 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0812  protein of unknown function DUF124  73.43 
 
 
267 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1656  hypothetical protein  66.93 
 
 
266 aa  354  1e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3113  hypothetical protein  66.92 
 
 
327 aa  347  1e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0564  protein of unknown function DUF124  67.19 
 
 
264 aa  342  4e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1146  protein of unknown function DUF124  61.94 
 
 
261 aa  326  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000000459152  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0049  hypothetical protein  61.57 
 
 
263 aa  323  3e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4702  hypothetical protein  63.41 
 
 
260 aa  320  9.999999999999999e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00413063  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08951  hypothetical protein  62.64 
 
 
267 aa  321  9.999999999999999e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4991  hypothetical protein  63.41 
 
 
260 aa  319  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.012605  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0247  hypothetical protein  63.01 
 
 
260 aa  318  5e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00113613  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4615  hypothetical protein  63.41 
 
 
263 aa  317  1e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000211636  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0692  hypothetical protein  58.8 
 
 
267 aa  317  1e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4593  hypothetical protein  63.41 
 
 
260 aa  317  2e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00756177  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0036  protein of unknown function DUF124  61.81 
 
 
338 aa  317  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0214903  hitchhiker  0.0000202128 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4973  hypothetical protein  63.41 
 
 
260 aa  317  2e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5020  hypothetical protein  63.01 
 
 
260 aa  316  3e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5002  hypothetical protein  63.01 
 
 
260 aa  316  3e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1709  hypothetical protein  61.83 
 
 
277 aa  311  6.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.109729  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3272  hypothetical protein  64.56 
 
 
275 aa  306  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03595  hypothetical protein  64.73 
 
 
336 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0814  hypothetical protein  60.92 
 
 
291 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0947  hypothetical protein  61.02 
 
 
244 aa  299  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1108  hypothetical protein  57.09 
 
 
262 aa  295  6e-79  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1571  hypothetical protein  58.96 
 
 
264 aa  291  8e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.005738  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0312  hypothetical protein  60.71 
 
 
265 aa  286  2e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0318  hypothetical protein  60.32 
 
 
265 aa  286  2.9999999999999996e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0683  hypothetical protein  55.51 
 
 
259 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0422401  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2361  hypothetical protein  56.18 
 
 
264 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000120346  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2289  hypothetical protein  56.18 
 
 
264 aa  278  9e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000396788  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1734  protein of unknown function DUF124  56.18 
 
 
264 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.929674  hitchhiker  0.00192382 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4755  hypothetical protein  65.09 
 
 
226 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.122726  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5116  hypothetical protein  65.09 
 
 
226 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.197425  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2479  hypothetical protein  56.18 
 
 
264 aa  277  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00285287  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1673  hypothetical protein  56.18 
 
 
264 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.095515  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2651  hypothetical protein  55.78 
 
 
264 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.203413  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2726  hypothetical protein  55.78 
 
 
264 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260895  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2324  hypothetical protein  55.08 
 
 
262 aa  275  7e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.42555  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1966  hypothetical protein  56.57 
 
 
264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2160  hypothetical protein  56.05 
 
 
264 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2613  hypothetical protein  54.98 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000175451  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4264  protein of unknown function DUF124  52.53 
 
 
259 aa  273  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.191522 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4893  protein of unknown function DUF124  51.75 
 
 
259 aa  271  8.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3366  hypothetical protein  56.85 
 
 
248 aa  267  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113587  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3109  hypothetical protein  58.92 
 
 
242 aa  265  8e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39350  hypothetical protein  55.23 
 
 
248 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.805149  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1442  hypothetical protein  58.16 
 
 
248 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.441094  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16590  hypothetical protein  57.74 
 
 
248 aa  258  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2602  protein of unknown function DUF124  55.24 
 
 
256 aa  257  1e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0969  hypothetical protein  55.09 
 
 
262 aa  256  4e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1826  hypothetical protein  53.81 
 
 
253 aa  248  7e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.768491  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0972  hypothetical protein  47.46 
 
 
251 aa  237  1e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1909  protein of unknown function DUF124  53.45 
 
 
234 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000612078 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0253  hypothetical protein  49.35 
 
 
233 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.485303  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3626  protein of unknown function DUF124  44.68 
 
 
316 aa  188  9e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.56616  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1861  hypothetical protein  44.26 
 
 
228 aa  187  1e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_5132  predicted protein  38.46 
 
 
225 aa  181  1e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0355992  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4353  hypothetical protein  43.4 
 
 
340 aa  180  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2078  protein of unknown function DUF124  43.33 
 
 
229 aa  176  3e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1202  hypothetical protein  47.39 
 
 
253 aa  168  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4068  hypothetical protein  47.39 
 
 
253 aa  167  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3709  hypothetical protein  45.96 
 
 
319 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0906247  hitchhiker  0.000000182656 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3221  hypothetical protein  46.52 
 
 
269 aa  166  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.71448  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3851  predicted protein  38.16 
 
 
218 aa  165  8e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1941  protein of unknown function DUF124  36.8 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2565  protein of unknown function DUF124  37.5 
 
 
232 aa  145  9e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0845  hypothetical protein  41.1 
 
 
224 aa  143  3e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.42306  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45622  predicted protein  35.47 
 
 
305 aa  135  8e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.885288  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0893  hypothetical protein  32.08 
 
 
230 aa  135  9e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1587  protein of unknown function DUF124  36.73 
 
 
254 aa  132  6e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.215755  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0472  hypothetical protein  33.48 
 
 
238 aa  119  6e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000159087  normal  0.0186431 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45623  predicted protein  32.02 
 
 
259 aa  119  7e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1337  hypothetical protein  33.33 
 
 
224 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.983597  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1525  protein of unknown function DUF124  31.25 
 
 
247 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0869599  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2433  hypothetical protein  31.25 
 
 
247 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.428414  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1430  protein of unknown function DUF124  31.25 
 
 
247 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.166696  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0457  hypothetical protein  32.46 
 
 
220 aa  105  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1446  hypothetical protein  33.75 
 
 
246 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39292  predicted protein  29.24 
 
 
243 aa  103  4e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.240986  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0898  hypothetical protein  30.67 
 
 
224 aa  102  6e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00114056  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1244  hypothetical protein  32.48 
 
 
231 aa  100  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.156362  normal  0.0947193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1500  hypothetical protein  35.41 
 
 
231 aa  100  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0203519  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0322  protein of unknown function DUF124  31.98 
 
 
235 aa  99  8e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.038985  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45624  predicted protein  28.11 
 
 
298 aa  96.3  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.322694  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1074  protein of unknown function DUF124  29.02 
 
 
223 aa  94  2e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.306573  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0551  hypothetical protein  31.12 
 
 
225 aa  91.7  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000146225  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2257  protein of unknown function DUF124  31.84 
 
 
240 aa  90.5  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.518189  normal  0.805361 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0344  hypothetical protein  30.48 
 
 
227 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1496  hypothetical protein  30.86 
 
 
221 aa  90.1  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.96996  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0565  hypothetical protein  31.12 
 
 
225 aa  90.5  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000124544  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0982  hypothetical protein  32.34 
 
 
222 aa  89  8e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3312  protein of unknown function DUF124  34.44 
 
 
263 aa  89  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.134776 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1044  protein of unknown function DUF124  31.43 
 
 
228 aa  85.9  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0268  hypothetical protein  32.34 
 
 
222 aa  85.5  9e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.151971  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0459  hypothetical protein  31.43 
 
 
349 aa  82  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0067  protein of unknown function DUF124  31.11 
 
 
220 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.226937  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0069  protein of unknown function DUF124  31.11 
 
 
220 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1646  hypothetical protein  30.21 
 
 
222 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.158074  normal  0.97381 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0505  hypothetical protein  31.58 
 
 
233 aa  76.6  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.375429  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>