More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3329 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 423 aa  857    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  58.59 
 
 		 439 aa  472  1e-132  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  58.31 
 
 		 421 aa  464  1e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  53.45 
 
 		 419 aa  442  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  50.24 
 
 		 423 aa  419  1e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  48.8 
 
 		 424 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  47.95 
 
 		 424 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  49.52 
 
 		 421 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  48.02 
 
 		 422 aa  393  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  51.36 
 
 		 430 aa  392  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.77 
 
 		 421 aa  388  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  47.88 
 
 		 423 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  45.86 
 
 		 420 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  48.87 
 
 		 425 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  42.93 
 
 		 421 aa  347  3e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 		 411 aa  299  6e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 		 411 aa  299  7e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  39.85 
 
 		 522 aa  298  1e-79  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  40.83 
 
 		 413 aa  294  2e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  40.95 
 
 		 411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  40.9 
 
 		 414 aa  283  3.0000000000000004e-75  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  37.3 
 
 		 437 aa  227  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 		 428 aa  227  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  32.49 
 
 		 425 aa  212  1e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  34.24 
 
 		 439 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 		 455 aa  189  8e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  35.73 
 
 		 466 aa  186  9e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  34.58 
 
 		 464 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 		 446 aa  184  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 453 aa  184  3e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 		 436 aa  178  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  33.52 
 
 		 418 aa  176  6e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  31.53 
 
 		 419 aa  176  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  32.77 
 
 		 419 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.73 
 
 		 418 aa  169  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 412 aa  169  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  34.66 
 
 		 428 aa  159  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  29.63 
 
 		 422 aa  156  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  29.92 
 
 		 421 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 		 440 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  29.83 
 
 		 426 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  29.58 
 
 		 438 aa  145  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  33.92 
 
 		 447 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  31.63 
 
 		 434 aa  142  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 363 aa  133  6e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  31.91 
 
 		 433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  30.38 
 
 		 412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  29.29 
 
 		 412 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 		 423 aa  114  5e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 		 412 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 416 aa  106  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2264  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 514 aa  105  2e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.337461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  27.66 
 
 		 436 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 439 aa  103  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  31.44 
 
 		 419 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  31.44 
 
 		 419 aa  103  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1855  extracellular solute-binding protein family 1  27.82 
 
 		 441 aa  102  9e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  28.74 
 
 		 420 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.94 
 
 		 402 aa  99.8  7e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0013  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 511 aa  99.8  8e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.957035  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 		 449 aa  99.8  9e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 444 aa  97.8  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 419 aa  98.2  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  29.63 
 
 		 448 aa  95.9  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 513 aa  95.5  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 431 aa  95.1  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  32.81 
 
 		 437 aa  94.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  28.38 
 
 		 724 aa  93.6  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  26.2 
 
 		 416 aa  93.2  7e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  25.41 
 
 		 400 aa  91.3  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.93 
 
 		 439 aa  90.9  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  30.11 
 
 		 431 aa  90.5  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.93 
 
 		 439 aa  89.7  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9021  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.66 
 
 		 521 aa  89.7  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 439 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 439 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 412 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.63 
 
 		 496 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  27.67 
 
 		 433 aa  86.7  7e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 		 412 aa  86.7  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 446 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  27.27 
 
 		 439 aa  86.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  29.62 
 
 		 403 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 432 aa  85.1  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 464 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 436 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  25.74 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2482  extracellular solute-binding protein family 1  29.15 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0758562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  25.53 
 
 		 430 aa  82  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 430 aa  80.5  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 		 436 aa  80.5  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  27.17 
 
 		 426 aa  80.1  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 448 aa  79.7  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  29.3 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 386 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  27.09 
 
 		 440 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 		 429 aa  79.7  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>