132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3299 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3299  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 421 aa  844    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0232  extracellular solute-binding protein  59.57 
 
 		 425 aa  503  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7039  extracellular solute-binding protein  48.22 
 
 		 428 aa  383  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3847  extracellular solute-binding protein family 1  45.61 
 
 		 421 aa  342  9e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00585532  normal  0.205792 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1150  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 		 441 aa  273  6e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.344094  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15560  extracellular solute-binding protein family 1  34.6 
 
 		 418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0227  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 		 424 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.998322  normal  0.257108 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4871  extracellular solute-binding protein family 1  32.54 
 
 		 434 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.377624 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3428  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 425 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390518  normal  0.012309 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0228  extracellular solute-binding protein  30.95 
 
 		 435 aa  189  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6533  normal  0.282981 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4148  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0472509  normal  0.106363 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.61 
 
 		 439 aa  124  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  28.34 
 
 		 425 aa  82.8  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 461 aa  73.2  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0144  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 423 aa  68.9  0.0000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.07 
 
 		 431 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 453 aa  67.8  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 		 416 aa  67  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25.42 
 
 		 406 aa  67  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 		 464 aa  63.5  0.000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  22.59 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 430 aa  63.2  0.000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  21.55 
 
 		 430 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04610  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 		 431 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 		 466 aa  62  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.11 
 
 		 435 aa  62.4  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  24.79 
 
 		 421 aa  62  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.411366 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  27.96 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 		 415 aa  59.3  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 418 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  27.07 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1500  extracellular solute-binding protein  23.82 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 445 aa  58.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1492  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 		 421 aa  57.8  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 435 aa  56.6  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6192  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.3 
 
 		 431 aa  56.6  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0222852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 429 aa  56.2  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4241  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 		 422 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3842  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 		 429 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0316121  normal  0.0422385 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4883  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.68 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134037  normal  0.0630481 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 415 aa  54.3  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 424 aa  54.3  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  23.87 
 
 		 456 aa  54.3  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 410 aa  53.9  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 414 aa  53.5  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  25.06 
 
 		 403 aa  53.5  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 		 428 aa  53.1  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  24.19 
 
 		 435 aa  52.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 433 aa  52.4  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  22.62 
 
 		 431 aa  52.4  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0890  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 450 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.315589  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 420 aa  52.4  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 433 aa  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 420 aa  52.4  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0192  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.21 
 
 		 463 aa  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.245721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 431 aa  51.6  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 445 aa  51.2  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 459 aa  50.8  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 427 aa  50.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 451 aa  50.4  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 443 aa  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 443 aa  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  23.08 
 
 		 440 aa  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  23.04 
 
 		 439 aa  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0322  extracellular solute-binding protein family 1  23.19 
 
 		 435 aa  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 443 aa  49.7  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 393 aa  49.3  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  22.11 
 
 		 451 aa  49.3  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 457 aa  49.3  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4930  extracellular solute-binding protein family 1  27.45 
 
 		 419 aa  48.9  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.265943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3409  extracellular solute-binding protein  21.87 
 
 		 404 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.280364  normal  0.614723 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 420 aa  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0253  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.53 
 
 		 424 aa  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.64 
 
 		 407 aa  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0512  extracellular solute-binding protein  21.94 
 
 		 423 aa  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00024476  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  23.85 
 
 		 441 aa  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  23.26 
 
 		 435 aa  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3687  extracellular solute-binding protein family 1  31.25 
 
 		 461 aa  47.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0913  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 		 421 aa  47.8  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 		 435 aa  47.8  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 434 aa  47.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 424 aa  47.8  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  30.43 
 
 		 440 aa  47.8  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 441 aa  47.4  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1702  extracellular solute-binding protein  21.34 
 
 		 422 aa  47.4  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2164  extracellular solute-binding protein family 1  23.69 
 
 		 435 aa  47.4  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 395 aa  47.4  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  22.69 
 
 		 419 aa  47.4  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3674  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  21.57 
 
 		 404 aa  47  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5349  extracellular solute-binding protein family 1  27.55 
 
 		 406 aa  47  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.535832 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 441 aa  47  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  21.13 
 
 		 424 aa  47  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>