More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3290 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3290  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 
282 aa  588  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.38752 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0428  formyltetrahydrofolate deformylase  77.3 
 
 
282 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0419  formyltetrahydrofolate deformylase  77.3 
 
 
282 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0700542  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4789  formyltetrahydrofolate deformylase  76.16 
 
 
285 aa  457  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0609  formyltetrahydrofolate deformylase  75.53 
 
 
282 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0297  formyltetrahydrofolate deformylase  75.89 
 
 
282 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.338729  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0438  formyltetrahydrofolate deformylase  75.53 
 
 
282 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0648  formyltetrahydrofolate deformylase  75.53 
 
 
282 aa  442  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101006  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1081  formyltetrahydrofolate deformylase  76.24 
 
 
307 aa  441  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0706  formyltetrahydrofolate deformylase  71.28 
 
 
282 aa  423  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2211  formyltetrahydrofolate deformylase  65.37 
 
 
288 aa  378  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308703  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2236  formyltetrahydrofolate deformylase  63.25 
 
 
288 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2074  formyltetrahydrofolate deformylase  61.84 
 
 
288 aa  362  3e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1752  formyltetrahydrofolate deformylase  61.84 
 
 
288 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1873  formyltetrahydrofolate deformylase  61.97 
 
 
288 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00824927  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2699  formyltetrahydrofolate deformylase  62.28 
 
 
294 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.622702  normal  0.252245 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2841  formyltetrahydrofolate deformylase  62.28 
 
 
294 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6111  formyltetrahydrofolate deformylase  61.94 
 
 
294 aa  358  7e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.481987  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  63.12 
 
 
287 aa  358  7e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  62.32 
 
 
289 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2792  formyltetrahydrofolate deformylase  61.59 
 
 
294 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2167  formyltetrahydrofolate deformylase  61.59 
 
 
294 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2781  formyltetrahydrofolate deformylase  61.59 
 
 
294 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  61.97 
 
 
289 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0534  formyltetrahydrofolate deformylase  61.25 
 
 
294 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232127  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0777  formyltetrahydrofolate deformylase  61.11 
 
 
293 aa  351  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0591  formyltetrahydrofolate deformylase  61.11 
 
 
293 aa  351  8e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.232311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0607  formyltetrahydrofolate deformylase  61.11 
 
 
293 aa  351  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  60.07 
 
 
283 aa  350  1e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3097  formyltetrahydrofolate deformylase  61.11 
 
 
293 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28050  formyltetrahydrofolate deformylase  60.07 
 
 
302 aa  349  2e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0961827  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2952  formyltetrahydrofolate deformylase  61.11 
 
 
293 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.855251  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0690  formyltetrahydrofolate deformylase  58.99 
 
 
286 aa  350  2e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0496  formyltetrahydrofolate deformylase  60.62 
 
 
293 aa  349  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.275042  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1524  formyltetrahydrofolate deformylase  61.11 
 
 
293 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0066  formyltetrahydrofolate deformylase  61.11 
 
 
293 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2993  formyltetrahydrofolate deformylase  60.43 
 
 
280 aa  342  2.9999999999999997e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8736  formyltetrahydrofolate deformylase  57.8 
 
 
294 aa  338  4e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.356392 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3546  formyltetrahydrofolate deformylase  58.68 
 
 
295 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.299703  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1303  formyltetrahydrofolate deformylase  58.68 
 
 
295 aa  337  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.154885 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  58.84 
 
 
284 aa  336  1.9999999999999998e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1114  formyltetrahydrofolate deformylase  56.38 
 
 
286 aa  337  1.9999999999999998e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.851375  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1188  formyltetrahydrofolate deformylase  56.38 
 
 
286 aa  335  5e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000131662 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3983  formyltetrahydrofolate deformylase  57.75 
 
 
285 aa  335  5.999999999999999e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.523347 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  57.19 
 
 
282 aa  332  3e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  55.9 
 
 
289 aa  332  5e-90  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  57.5 
 
 
283 aa  332  5e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  58.01 
 
 
282 aa  331  8e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1192  formyltetrahydrofolate deformylase  56.89 
 
 
283 aa  330  2e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1100  formyltetrahydrofolate deformylase  56.89 
 
 
283 aa  329  3e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.862849  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2508  formyltetrahydrofolate deformylase  59.43 
 
 
288 aa  329  4e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.257697  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  56.47 
 
 
294 aa  327  9e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  56.47 
 
 
294 aa  327  9e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0748  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
291 aa  327  1.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.811069  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1458  formyltetrahydrofolate deformylase  56.27 
 
 
294 aa  325  7e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0411  formyltetrahydrofolate deformylase  57.09 
 
 
295 aa  323  2e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.789305  normal  0.762078 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2356  formyltetrahydrofolate deformylase  59.07 
 
 
285 aa  323  3e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4206  formyltetrahydrofolate deformylase  54.48 
 
 
294 aa  321  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4496  formyltetrahydrofolate deformylase  53.76 
 
 
294 aa  321  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6579  formyltetrahydrofolate deformylase  53.41 
 
 
294 aa  321  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  normal  0.0500835 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5642  formyltetrahydrofolate deformylase  54.51 
 
 
294 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60464  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2376  formyltetrahydrofolate deformylase  55.04 
 
 
293 aa  319  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3310  formyltetrahydrofolate deformylase  53.76 
 
 
294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6011  formyltetrahydrofolate deformylase  53.76 
 
 
294 aa  318  5e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2830  formyltetrahydrofolate deformylase  53.41 
 
 
294 aa  318  7e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.694192  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03765  formyltetrahydrofolate deformylase  59.32 
 
 
263 aa  318  9e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2873  formyltetrahydrofolate deformylase  54.06 
 
 
282 aa  316  3e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.571166  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3853  formyltetrahydrofolate deformylase  56.45 
 
 
287 aa  315  5e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.565594  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6004  formyltetrahydrofolate deformylase  52.88 
 
 
293 aa  313  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.91162  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2891  formyltetrahydrofolate deformylase  54.39 
 
 
283 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.954133  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0909  formyltetrahydrofolate deformylase  54.84 
 
 
294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0852  formyltetrahydrofolate deformylase  54.84 
 
 
294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0643  formyltetrahydrofolate deformylase  55.75 
 
 
284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5200  formyltetrahydrofolate deformylase  53.19 
 
 
281 aa  311  7.999999999999999e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.569737 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3621  formyltetrahydrofolate deformylase  53.17 
 
 
284 aa  310  2e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.155921  normal  0.0233728 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  54.23 
 
 
284 aa  310  2e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3717  formyltetrahydrofolate deformylase  54.04 
 
 
309 aa  309  2.9999999999999997e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3590  formyltetrahydrofolate deformylase  53 
 
 
298 aa  309  4e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3699  formyltetrahydrofolate deformylase  53.66 
 
 
303 aa  308  5e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1628  formyltetrahydrofolate deformylase  52.14 
 
 
298 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0459247  normal  0.542854 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4704  formyltetrahydrofolate deformylase  51.75 
 
 
289 aa  305  6e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452468  normal  0.348836 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0556  formyltetrahydrofolate deformylase  55.36 
 
 
297 aa  305  6e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2094  formyltetrahydrofolate deformylase  52.16 
 
 
298 aa  305  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.0344586 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  52.16 
 
 
294 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1145  formyltetrahydrofolate deformylase  53.93 
 
 
287 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857181  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  52.11 
 
 
294 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  52.11 
 
 
294 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0189  formyltetrahydrofolate deformylase  51.06 
 
 
284 aa  298  8e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00979575 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04640  formyltetrahydrofolate deformylase  52.3 
 
 
301 aa  296  3e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.432525  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2106  formyltetrahydrofolate deformylase  54.06 
 
 
288 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.815168  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18880  formyltetrahydrofolate deformylase  52.82 
 
 
282 aa  296  3e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.0052951  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2111  formyltetrahydrofolate deformylase  54.64 
 
 
301 aa  295  4e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229424  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3457  formyltetrahydrofolate deformylase  53.38 
 
 
284 aa  295  6e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2862  formyltetrahydrofolate deformylase  52.8 
 
 
284 aa  295  6e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.413616  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1883  formyltetrahydrofolate deformylase  54.61 
 
 
291 aa  295  7e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3620  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 
292 aa  293  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  52.82 
 
 
290 aa  293  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3470  formyltetrahydrofolate deformylase  51.41 
 
 
288 aa  292  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1153  formyltetrahydrofolate deformylase  51.6 
 
 
284 aa  290  1e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.677496  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3462  formyltetrahydrofolate deformylase  51.97 
 
 
306 aa  289  4e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>