More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3253 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3253  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 397 aa  757    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  67.85 
 
 		 406 aa  468  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1673  secretion protein HlyD  56.6 
 
 		 396 aa  412  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.801945 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3623  secretion protein HlyD  65.32 
 
 		 398 aa  404  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0728465  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  57.69 
 
 		 396 aa  384  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.08 
 
 		 384 aa  333  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2685  RND family efflux transporter MFP subunit  50.75 
 
 		 383 aa  332  6e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.133522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1361  RND efflux membrane protein  51.65 
 
 		 383 aa  332  9e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3851  RND family efflux transporter MFP subunit  50.75 
 
 		 383 aa  331  1e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1919  RND family efflux transporter MFP subunit  50.75 
 
 		 383 aa  331  1e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3834  RND family efflux transporter MFP subunit  50.75 
 
 		 383 aa  331  1e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1251  RND family efflux transporter MFP subunit  50.5 
 
 		 383 aa  330  2e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0652431  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  51.79 
 
 		 397 aa  325  8.000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0145  RND family efflux transporter MFP subunit  46.72 
 
 		 383 aa  311  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.64 
 
 		 398 aa  310  4e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0997151  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.82 
 
 		 378 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0357289  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1925  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.86 
 
 		 396 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.588537  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0871  secretion protein HlyD  48.79 
 
 		 406 aa  302  6.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.75327  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1834  RND family efflux transporter MFP subunit  48.87 
 
 		 383 aa  295  6e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.41663  normal  0.322468 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.62 
 
 		 383 aa  293  4e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  44.27 
 
 		 383 aa  292  9e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  46.03 
 
 		 398 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  32.47 
 
 		 389 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.97 
 
 		 390 aa  159  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  35.01 
 
 		 389 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 390 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1362  secretion protein HlyD  29.23 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.27807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.61 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 418 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  32.19 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  31.99 
 
 		 523 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0382  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.410142  normal  0.745706 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  29.67 
 
 		 368 aa  97.1  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  28.13 
 
 		 451 aa  93.6  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  31.49 
 
 		 390 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  32.88 
 
 		 416 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 		 376 aa  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 408 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 424 aa  91.3  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  30.91 
 
 		 405 aa  90.1  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.46 
 
 		 369 aa  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 369 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 357 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 369 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  28.86 
 
 		 408 aa  87.8  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 369 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 380 aa  86.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  32.13 
 
 		 387 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 377 aa  86.3  8e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  28.61 
 
 		 364 aa  86.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  31.34 
 
 		 367 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 		 397 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  31.04 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.34 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  33.69 
 
 		 418 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  25.64 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  25.64 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  27.22 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  31.04 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.64 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  25.64 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  25.64 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  30.5 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  25.64 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  25.64 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  25.64 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  31.72 
 
 		 396 aa  80.5  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  29.78 
 
 		 358 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 372 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  25.64 
 
 		 371 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  23.24 
 
 		 381 aa  80.1  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  26.2 
 
 		 461 aa  80.1  0.00000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  31.79 
 
 		 378 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.69 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1169  membrane-fusion protein  24.61 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0146013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25.33 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  30.63 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 448 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  25.07 
 
 		 372 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  25.07 
 
 		 372 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  25.27 
 
 		 417 aa  77  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.47 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.78 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  28.92 
 
 		 363 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  25.07 
 
 		 372 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  26.3 
 
 		 478 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 478 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3881  HlyD family secretion protein  31.15 
 
 		 346 aa  75.5  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266197  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  30.36 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  27.34 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2717  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.78 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 402 aa  75.1  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>