257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3229 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 875 aa  1782    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  38.91 
 
 		 798 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  38.91 
 
 		 798 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 		 798 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 		 798 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 		 798 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  38.79 
 
 		 798 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  38.91 
 
 		 798 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  38.65 
 
 		 814 aa  477  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  36.22 
 
 		 838 aa  479  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  38.74 
 
 		 798 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  34.93 
 
 		 882 aa  431  1e-119  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  33.81 
 
 		 836 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 812 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 866 aa  216  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 793 aa  180  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 835 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 786 aa  144  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  22.44 
 
 		 959 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 754 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  24.48 
 
 		 864 aa  135  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 757 aa  134  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 753 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  23.95 
 
 		 756 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  27.2 
 
 		 831 aa  128  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 761 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 798 aa  126  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 923 aa  124  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 879 aa  117  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 870 aa  107  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 815 aa  107  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 767 aa  69.7  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  27.78 
 
 		 638 aa  68.2  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  29.93 
 
 		 613 aa  66.2  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  32.78 
 
 		 740 aa  63.9  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  28.76 
 
 		 673 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 763 aa  62  0.00000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 737 aa  60.1  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 773 aa  60.1  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  31.48 
 
 		 705 aa  58.2  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  28.02 
 
 		 661 aa  57.4  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 781 aa  57  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  30.26 
 
 		 733 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  29.05 
 
 		 646 aa  56.6  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  28.77 
 
 		 680 aa  57  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 792 aa  55.8  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0909  ferrioxamine B receptor  30.14 
 
 		 716 aa  55.8  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  30.27 
 
 		 791 aa  55.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  34.78 
 
 		 675 aa  55.5  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  30.27 
 
 		 791 aa  55.8  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  29.5 
 
 		 617 aa  55.1  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 716 aa  54.7  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6718  ferrichrome receptor precursor protein  34.85 
 
 		 719 aa  54.7  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0249127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 698 aa  54.7  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 707 aa  54.7  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  35.16 
 
 		 779 aa  54.3  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 820 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.96 
 
 		 634 aa  53.9  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 700 aa  53.9  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  28.49 
 
 		 665 aa  53.1  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  26.07 
 
 		 639 aa  53.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2005  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 724 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.22147  normal  0.931942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 753 aa  53.5  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2282  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 724 aa  52.8  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4532  TonB-dependent receptor plug  29.38 
 
 		 1053 aa  52.8  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.171577  normal  0.0460383 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.15 
 
 		 695 aa  52.4  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  26.69 
 
 		 618 aa  52.4  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  30.83 
 
 		 659 aa  52  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  24.32 
 
 		 713 aa  52.4  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 637 aa  52.4  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 794 aa  52.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  33.08 
 
 		 729 aa  52  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 593 aa  52  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  33.08 
 
 		 729 aa  52  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 730 aa  52  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  29.17 
 
 		 704 aa  51.6  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 783 aa  51.6  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1111  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30 
 
 		 754 aa  51.6  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  28.43 
 
 		 706 aa  51.2  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  29.61 
 
 		 615 aa  51.2  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 702 aa  51.2  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  30.66 
 
 		 634 aa  51.2  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  27.22 
 
 		 712 aa  51.2  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3315  TonB-dependent receptor plug  28.06 
 
 		 650 aa  51.2  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  24.67 
 
 		 628 aa  51.2  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.86 
 
 		 713 aa  50.4  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 740 aa  50.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3417  TonB dependent outer membrane ferrichrome-iron receptor  29.73 
 
 		 715 aa  50.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3241  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 780 aa  50.8  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188368  normal  0.014911 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 692 aa  50.4  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 713 aa  50.4  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0363  TonB-dependent receptor plug  32.57 
 
 		 649 aa  50.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 708 aa  50.4  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3964  outer membrane receptor FepA  25.82 
 
 		 746 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.364367  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 780 aa  50.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3062  TonB-dependent siderophore receptor  29.73 
 
 		 715 aa  50.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173013 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2342  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 693 aa  50.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000105633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  29.93 
 
 		 671 aa  50.1  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  23.86 
 
 		 703 aa  50.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  27.14 
 
 		 711 aa  50.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>