69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3203 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2001  L-arabinose isomerase  61.77 
 
 		 500 aa  659    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2327  L-arabinose isomerase  59.56 
 
 		 501 aa  636    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.305098  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2027  L-arabinose isomerase  60.56 
 
 		 501 aa  648    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.929629  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2151  L-arabinose isomerase  60.36 
 
 		 503 aa  636    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2259  L-arabinose isomerase  61.97 
 
 		 500 aa  659    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1914  L-arabinose isomerase  61.37 
 
 		 502 aa  647    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2243  L-arabinose isomerase  60.76 
 
 		 501 aa  649    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000390243 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1887  L-arabinose isomerase  61.77 
 
 		 500 aa  659    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.45012  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3203  L-arabinose isomerase  100 
 
 		 497 aa  1021    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0609  L-arabinose isomerase  57.06 
 
 		 500 aa  612  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal  0.159934 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3537  L-arabinose isomerase  56.85 
 
 		 500 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00064  L-arabinose isomerase  56.65 
 
 		 500 aa  610  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0064  L-arabinose isomerase  56.65 
 
 		 500 aa  610  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203815  normal  0.780498 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0066  L-arabinose isomerase  56.65 
 
 		 500 aa  610  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0064  L-arabinose isomerase  56.65 
 
 		 500 aa  610  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0849875  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0067  L-arabinose isomerase  56.85 
 
 		 500 aa  610  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3595  L-arabinose isomerase  56.65 
 
 		 500 aa  610  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176548 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00063  hypothetical protein  56.65 
 
 		 500 aa  610  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0054  L-arabinose isomerase  56.45 
 
 		 500 aa  606  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0106  L-arabinose isomerase  56.45 
 
 		 500 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0113  L-arabinose isomerase  56.25 
 
 		 500 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.198158 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0108  L-arabinose isomerase  56.05 
 
 		 500 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0113  L-arabinose isomerase  55.85 
 
 		 500 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0109  L-arabinose isomerase  56.05 
 
 		 500 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.309204 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2734  L-arabinose isomerase  56.53 
 
 		 496 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3996  L-arabinose isomerase  53.97 
 
 		 501 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0451143  normal  0.502282 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0326  L-arabinose isomerase  57.52 
 
 		 500 aa  582  1.0000000000000001e-165  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1238  L-arabinose isomerase  52.44 
 
 		 496 aa  572  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.112661 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1121  L-arabinose isomerase  55.83 
 
 		 502 aa  563  1.0000000000000001e-159  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0672  L-arabinose isomerase  53.36 
 
 		 496 aa  558  1e-158  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0648  L-arabinose isomerase  53.36 
 
 		 496 aa  560  1e-158  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0388449  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1154  L-arabinose isomerase  54.53 
 
 		 495 aa  554  1e-156  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.77803  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2397  L-arabinose isomerase  52.24 
 
 		 496 aa  553  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3664  L-arabinose isomerase  55.33 
 
 		 501 aa  553  1e-156  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0774  L-arabinose isomerase  53.97 
 
 		 500 aa  550  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.031491  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1382  L-arabinose isomerase  55.46 
 
 		 504 aa  548  1e-154  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  0.788134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1979  L-arabinose isomerase  53.67 
 
 		 500 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173872  normal  0.0652997 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1995  L-arabinose isomerase  53.67 
 
 		 500 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00575721  unclonable  0.000026783 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2897  L-arabinose isomerase  52.85 
 
 		 494 aa  540  9.999999999999999e-153  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.629446  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2066  L-arabinose isomerase  53.06 
 
 		 505 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000180583  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2066  L-arabinose isomerase  53.47 
 
 		 500 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000205701  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6217  L-arabinose isomerase  54.18 
 
 		 493 aa  537  1e-151  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2140  L-arabinose isomerase  52.86 
 
 		 500 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.47731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2731  L-arabinose isomerase  50.81 
 
 		 496 aa  532  1e-150  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.746734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06960  L-arabinose isomerase  53.06 
 
 		 502 aa  527  1e-148  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2753  L-arabinose isomerase  51.52 
 
 		 502 aa  523  1e-147  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0767064  decreased coverage  0.00000377093 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1863  L-arabinose isomerase  52.12 
 
 		 502 aa  523  1e-147  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0873  L-arabinose isomerase  51.78 
 
 		 501 aa  520  1e-146  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0382  L-arabinose isomerase  51.61 
 
 		 502 aa  520  1e-146  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0244  L-arabinose isomerase  53.67 
 
 		 501 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0498  L-arabinose isomerase  50.61 
 
 		 502 aa  512  1e-144  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.730829  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3272  L-arabinose isomerase  51.84 
 
 		 515 aa  506  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0251873 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29550  L-arabinose isomerase  51.97 
 
 		 502 aa  502  1e-141  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0403  L-arabinose isomerase  52.32 
 
 		 503 aa  493  9.999999999999999e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0224  L-arabinose isomerase  51.63 
 
 		 511 aa  491  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0381  L-arabinose isomerase  51.22 
 
 		 506 aa  489  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4713  L-arabinose isomerase  51.02 
 
 		 497 aa  485  1e-136  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1018  L-arabinose isomerase  47.63 
 
 		 505 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0852  L-arabinose isomerase  44.14 
 
 		 474 aa  426  1e-118  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0011775  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0482  L-arabinose isomerase  43.28 
 
 		 473 aa  419  1e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0751  L-arabinose isomerase  28.99 
 
 		 478 aa  152  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.148644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2888  L-arabinose isomerase  28.57 
 
 		 452 aa  138  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1033  L-arabinose isomerase  23.74 
 
 		 465 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000049306  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2038  putative L-arabinose isomerase protein  23.12 
 
 		 470 aa  53.5  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.787291  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3280  putative L-arabinose isomerase protein  21.96 
 
 		 478 aa  53.9  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.226314  normal  0.533045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0430  putative L-arabinose isomerase protein  22.06 
 
 		 475 aa  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4382  L-fucose isomerase-like protein  22.1 
 
 		 498 aa  48.5  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00643603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3096  putative L-arabinose isomerase protein  21.15 
 
 		 541 aa  47.8  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.695467 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2430  putative L-arabinose isomerase protein  23.77 
 
 		 493 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>