More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3201 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  62.09 
 
 		 566 aa  706    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  67.33 
 
 		 561 aa  733    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  62.45 
 
 		 566 aa  707    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  65.7 
 
 		 567 aa  718    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  61.66 
 
 		 569 aa  700    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  62.27 
 
 		 566 aa  707    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  62.03 
 
 		 569 aa  702    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  100 
 
 		 564 aa  1147    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  66.25 
 
 		 561 aa  748    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  62.09 
 
 		 566 aa  706    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  61.84 
 
 		 569 aa  702    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  65.7 
 
 		 567 aa  719    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  66.37 
 
 		 566 aa  749    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  62.27 
 
 		 566 aa  708    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  61.84 
 
 		 569 aa  700    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  62.45 
 
 		 566 aa  708    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  62.03 
 
 		 566 aa  706    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  65.23 
 
 		 563 aa  728    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  62.27 
 
 		 566 aa  706    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  65.52 
 
 		 567 aa  718    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  62.09 
 
 		 566 aa  706    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  62.03 
 
 		 569 aa  701    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  67.15 
 
 		 561 aa  763    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  62.75 
 
 		 569 aa  708    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  53.32 
 
 		 544 aa  565  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  52.5 
 
 		 554 aa  561  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  51.27 
 
 		 557 aa  543  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  51.09 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  51.09 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  50.81 
 
 		 547 aa  538  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  50.91 
 
 		 557 aa  531  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  51.83 
 
 		 555 aa  530  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  49.64 
 
 		 557 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  48.27 
 
 		 557 aa  528  1e-148  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  46.13 
 
 		 563 aa  485  1e-136  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  42.11 
 
 		 570 aa  425  1e-118  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  43.83 
 
 		 562 aa  403  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  41.86 
 
 		 553 aa  380  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  35.2 
 
 		 562 aa  290  7e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  36.06 
 
 		 585 aa  287  4e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  35.82 
 
 		 577 aa  281  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  34.48 
 
 		 564 aa  274  4.0000000000000004e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  36.09 
 
 		 554 aa  268  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  34.16 
 
 		 564 aa  267  5e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  32.91 
 
 		 556 aa  265  2e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  38.08 
 
 		 572 aa  256  7e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  32.44 
 
 		 517 aa  249  1e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  35.43 
 
 		 579 aa  249  1e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  34.95 
 
 		 556 aa  246  9e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  35.74 
 
 		 551 aa  246  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  36.73 
 
 		 564 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  35.65 
 
 		 556 aa  245  1.9999999999999999e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  34.13 
 
 		 529 aa  241  2.9999999999999997e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  34.62 
 
 		 567 aa  240  5.999999999999999e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  29.42 
 
 		 536 aa  237  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  34.75 
 
 		 598 aa  228  3e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  28.26 
 
 		 546 aa  223  9e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  28.26 
 
 		 546 aa  223  9e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  26.77 
 
 		 501 aa  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  27.92 
 
 		 497 aa  120  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  27.03 
 
 		 502 aa  120  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  28.62 
 
 		 544 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  27.91 
 
 		 542 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  27.91 
 
 		 526 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  26.67 
 
 		 538 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  28.09 
 
 		 544 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  27.22 
 
 		 543 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  27.49 
 
 		 534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  27.29 
 
 		 534 aa  114  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  28.21 
 
 		 528 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  26.3 
 
 		 547 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  27.31 
 
 		 547 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  27.99 
 
 		 523 aa  106  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  27.96 
 
 		 545 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  25.67 
 
 		 545 aa  98.2  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  25.67 
 
 		 545 aa  98.2  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  25.67 
 
 		 545 aa  97.4  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  27.83 
 
 		 527 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  25.53 
 
 		 545 aa  95.9  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  27.24 
 
 		 525 aa  95.1  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4175  carbohydrate kinase, FGGY  28.37 
 
 		 480 aa  94.7  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.929603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0920  putative sugar kinase (ribulo-/ribitol kinase)  27.31 
 
 		 549 aa  94.7  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  25.97 
 
 		 544 aa  92.8  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  27.08 
 
 		 526 aa  92  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  25.8 
 
 		 543 aa  92.8  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  25.67 
 
 		 524 aa  92.4  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  27.85 
 
 		 527 aa  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  26.52 
 
 		 540 aa  87.4  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  26.22 
 
 		 544 aa  87.4  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  25.45 
 
 		 529 aa  85.9  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  24.78 
 
 		 510 aa  83.2  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  27.51 
 
 		 528 aa  83.2  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  23.58 
 
 		 500 aa  83.2  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0894  glycerol kinase  24.16 
 
 		 538 aa  80.5  0.00000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2625  carbohydrate kinase, FGGY  27.96 
 
 		 505 aa  80.5  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  24.9 
 
 		 482 aa  79.7  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  21.45 
 
 		 512 aa  79  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3774  carbohydrate kinase, FGGY  28.29 
 
 		 493 aa  78.6  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.497194  normal  0.119028 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0502  xylulokinase  24.42 
 
 		 496 aa  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0394254  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  21.98 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>