More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3197 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  100 
 
 
325 aa  663  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  62.38 
 
 
314 aa  388  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  60.88 
 
 
316 aa  386  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  58.49 
 
 
310 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  58.26 
 
 
310 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  60.2 
 
 
310 aa  364  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  60.2 
 
 
310 aa  364  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  60.8 
 
 
305 aa  362  4e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  2.11757e-05 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  59.52 
 
 
310 aa  357  1e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  53.56 
 
 
292 aa  307  1e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  53.56 
 
 
309 aa  307  1e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  53.56 
 
 
292 aa  307  2e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  3.16606e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  53.56 
 
 
292 aa  307  2e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  53.56 
 
 
292 aa  307  2e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  53.56 
 
 
292 aa  307  2e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  53.56 
 
 
292 aa  307  2e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  53.56 
 
 
292 aa  307  2e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  53.58 
 
 
281 aa  304  1e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  52.9 
 
 
281 aa  301  7e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  52.9 
 
 
280 aa  301  9e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  52.56 
 
 
281 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  52.56 
 
 
281 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  52.56 
 
 
281 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  52.56 
 
 
281 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.73 
 
 
294 aa  243  4e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  36.89 
 
 
242 aa  183  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  34.24 
 
 
279 aa  127  2e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0066  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 
286 aa  109  5e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 
548 aa  91.3  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.51 
 
 
298 aa  90.1  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
356 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 
298 aa  86.7  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 
279 aa  85.5  1e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  24.9 
 
 
279 aa  84.7  2e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  34.17 
 
 
533 aa  85.1  2e-15  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 
291 aa  84  3e-15  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
359 aa  81.6  1e-14  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 
292 aa  82.4  1e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 
146 aa  81.6  2e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 
294 aa  80.5  3e-14  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 
289 aa  80.5  4e-14  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  24.76 
 
 
300 aa  80.5  4e-14  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 
1201 aa  80.1  5e-14  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  21.26 
 
 
301 aa  80.1  5e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  35.85 
 
 
530 aa  79.3  7e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  23.68 
 
 
537 aa  79.3  8e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 
313 aa  78.6  1e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 
359 aa  79  1e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 
322 aa  78.6  1e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  29.26 
 
 
306 aa  77.8  2e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 
276 aa  78.2  2e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 
301 aa  78.2  2e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.94716e-07  hitchhiker  6.11237e-05 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 
300 aa  77.8  2e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 
513 aa  78.2  2e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 
332 aa  78.2  2e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 
430 aa  77.4  3e-13  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 
302 aa  77.4  3e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 
515 aa  77  4e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 
275 aa  76.6  5e-13  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 
284 aa  76.6  5e-13  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 
506 aa  76.6  5e-13  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  1.28485e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3306  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 
275 aa  76.6  6e-13  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 
538 aa  76.3  7e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 
274 aa  76.3  7e-13  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3328  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 
275 aa  76.3  7e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  33.33 
 
 
303 aa  76.3  7e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  33.33 
 
 
303 aa  76.3  7e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  33.33 
 
 
303 aa  76.3  7e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3086  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 
275 aa  76.3  7e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.57264e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3030  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 
275 aa  76.3  7e-13  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  33.33 
 
 
303 aa  76.3  7e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  33.33 
 
 
303 aa  76.3  7e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3298  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 
275 aa  75.9  8e-13  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1984  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 
275 aa  75.9  8e-13  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  23.22 
 
 
285 aa  75.5  1e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 
273 aa  75.1  1e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.29156e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 
319 aa  75.1  1e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 
295 aa  75.5  1e-12  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 
319 aa  75.1  1e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 
415 aa  75.1  1e-12  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 
319 aa  75.1  1e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  37.04 
 
 
386 aa  74.7  2e-12  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 
409 aa  74.7  2e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 
319 aa  74.7  2e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 
259 aa  75.1  2e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 
409 aa  74.7  2e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 
296 aa  74.3  3e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 
295 aa  74.3  3e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 
339 aa  73.9  3e-12  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 
185 aa  73.9  3e-12  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
503 aa  74.3  3e-12  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 
409 aa  73.6  4e-12  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 
409 aa  73.6  4e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 
319 aa  73.6  4e-12  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 
319 aa  73.6  5e-12  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
118 aa  73.6  5e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 
440 aa  73.2  5e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
485 aa  73.6  5e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
550 aa  73.2  6e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 
409 aa  73.2  6e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>