More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3097 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0879  type II secretion system protein E  65.8 
 
 
569 aa  771    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3360  type II secretion system protein E  56.94 
 
 
585 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3097  type II secretion system protein E  100 
 
 
578 aa  1157    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0752  pilus assembly pathway ATPase PilB  57.87 
 
 
577 aa  625  1e-178  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.440841  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  54.29 
 
 
574 aa  598  1e-169  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0756  type II secretion system protein E  52.11 
 
 
589 aa  580  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0388  MshA biogenesis protein MshE  51.73 
 
 
594 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000356112  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3765  type II secretion system protein E  51.39 
 
 
577 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.238087  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00254  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshE (pilus type IV)  51.39 
 
 
570 aa  574  1.0000000000000001e-162  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0173  type II secretion system protein E  51.66 
 
 
637 aa  568  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4573  MSHA biogenesis protein MshE  51.13 
 
 
570 aa  559  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4414  type II secretion system protein E  49.65 
 
 
585 aa  556  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0327101  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3748  type II secretion system protein E  49.65 
 
 
586 aa  557  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.307926  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0547  type II secretion system protein E  50.17 
 
 
584 aa  558  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0392  type II secretion system protein E  50.35 
 
 
586 aa  554  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1138  type II secretory pathway, ATPase  49.57 
 
 
582 aa  551  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4109  MSHA biogenesis protein MshE  49.04 
 
 
586 aa  545  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0457  MSHA biogenesis protein MshE  50.09 
 
 
587 aa  548  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0326  type II secretion system protein E  51.85 
 
 
612 aa  544  1e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.038954  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3344  type II secretion system protein E  49.48 
 
 
586 aa  542  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0160309  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0563  type II secretion system protein E  49.22 
 
 
586 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3832  type II secretion system protein E  49.22 
 
 
586 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0461846  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3660  type II secretion system protein E  48.95 
 
 
586 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3483  type II secretion system protein E  48.95 
 
 
586 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0469  type II secretion system protein E  48.95 
 
 
586 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002371  MSHA biogenesis protein MshE  50.35 
 
 
574 aa  536  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46391  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03695  hypothetical protein  49.74 
 
 
574 aa  535  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0511  type II secretion system protein E  49.04 
 
 
586 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0508  type II secretion system protein E  49.04 
 
 
586 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.344725  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0487  type II secretion system protein E  49.22 
 
 
586 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2823  MSHA biogenesis protein MshE  49.82 
 
 
575 aa  520  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  40.56 
 
 
558 aa  441  9.999999999999999e-123  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1156  type II secretion system protein E  41.84 
 
 
591 aa  434  1e-120  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  41.61 
 
 
558 aa  432  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  42.11 
 
 
553 aa  429  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  40.35 
 
 
871 aa  427  1e-118  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  40.71 
 
 
553 aa  421  1e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  39.47 
 
 
568 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.47 
 
 
568 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  39.58 
 
 
568 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  41.88 
 
 
571 aa  417  9.999999999999999e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2272  secretion system protein E  38.75 
 
 
563 aa  414  1e-114  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  43.74 
 
 
521 aa  410  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  41.78 
 
 
559 aa  410  1e-113  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  39.15 
 
 
566 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  43.87 
 
 
520 aa  411  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  38.37 
 
 
562 aa  412  1e-113  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  37.74 
 
 
787 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.31 
 
 
568 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  40.49 
 
 
554 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.07 
 
 
568 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3365  type II secretion system protein E  43.89 
 
 
520 aa  402  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.219755  normal  0.0138681 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  39.58 
 
 
553 aa  405  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  38.15 
 
 
570 aa  403  1e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000626903  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  42.15 
 
 
568 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  39.69 
 
 
573 aa  404  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.93 
 
 
568 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  38.89 
 
 
571 aa  400  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  38.78 
 
 
555 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.86 
 
 
568 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.91 
 
 
568 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.7 
 
 
563 aa  401  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  40.81 
 
 
557 aa  398  1e-109  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  38.94 
 
 
556 aa  398  1e-109  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  38.91 
 
 
565 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.98 
 
 
568 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  40.91 
 
 
557 aa  399  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  40.59 
 
 
561 aa  392  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  40 
 
 
561 aa  392  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1792  type II secretion system protein E  40.49 
 
 
573 aa  395  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.608065 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0042  type II secretion system protein E  40.46 
 
 
568 aa  394  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  39.29 
 
 
570 aa  389  1e-107  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  38.26 
 
 
564 aa  390  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2090  type II secretion system protein E  41.57 
 
 
573 aa  391  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1028  type II secretion system protein E  40.35 
 
 
568 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328232 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.08 
 
 
568 aa  391  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  38.99 
 
 
577 aa  390  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0688  general secretory pathway protein E  40.83 
 
 
578 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0831226 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  39.86 
 
 
553 aa  390  1e-107  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.58 
 
 
571 aa  391  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0328  general secretion pathway protein E  41.95 
 
 
514 aa  384  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  37.02 
 
 
561 aa  382  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  40.53 
 
 
564 aa  382  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0426  type II secretion system protein E  38.7 
 
 
577 aa  379  1e-104  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0285266  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  41.94 
 
 
599 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  37.33 
 
 
567 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  41.94 
 
 
599 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  43.35 
 
 
520 aa  379  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
NC_002620  TC0860  general secretion pathway protein E  44.09 
 
 
500 aa  377  1e-103  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  38.49 
 
 
573 aa  377  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  41.02 
 
 
578 aa  378  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  41.59 
 
 
599 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  38.03 
 
 
569 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  42.97 
 
 
520 aa  375  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  38.49 
 
 
573 aa  374  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3579  glycoside hydrolase family protein  43.23 
 
 
503 aa  372  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.666057 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  38.41 
 
 
563 aa  372  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  36.43 
 
 
558 aa  372  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1731  type II secretion system protein E  35.58 
 
 
561 aa  370  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0239334 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.68 
 
 
569 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>