More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3096 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  100 
 
 		 577 aa  1154    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  52.48 
 
 		 585 aa  510  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  46.88 
 
 		 554 aa  422  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  44.25 
 
 		 614 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  43.76 
 
 		 537 aa  366  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  39.22 
 
 		 546 aa  337  3.9999999999999995e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  38.52 
 
 		 530 aa  333  3e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  39.69 
 
 		 544 aa  331  2e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  39.15 
 
 		 543 aa  332  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.12 
 
 		 567 aa  326  7e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.88 
 
 		 556 aa  323  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  39.4 
 
 		 572 aa  321  1.9999999999999998e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.03 
 
 		 558 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  37.76 
 
 		 549 aa  320  6e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  38.22 
 
 		 561 aa  317  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  38.78 
 
 		 559 aa  316  9e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.64 
 
 		 556 aa  316  9e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.41 
 
 		 562 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.1 
 
 		 563 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38 
 
 		 561 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38 
 
 		 561 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38 
 
 		 561 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.43 
 
 		 559 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.62 
 
 		 559 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  37.07 
 
 		 560 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.17 
 
 		 559 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.17 
 
 		 559 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.6 
 
 		 550 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  35.56 
 
 		 538 aa  299  8e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  33.15 
 
 		 569 aa  286  5e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  35.33 
 
 		 609 aa  283  8.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  30.12 
 
 		 625 aa  196  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  27.12 
 
 		 512 aa  191  2e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  25.86 
 
 		 506 aa  186  1.0000000000000001e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.44 
 
 		 508 aa  177  7e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  28.14 
 
 		 539 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  26.88 
 
 		 546 aa  171  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  30.84 
 
 		 547 aa  171  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  28.13 
 
 		 581 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.93 
 
 		 506 aa  164  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  27.96 
 
 		 594 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.39 
 
 		 830 aa  159  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  24.45 
 
 		 569 aa  158  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  25.37 
 
 		 541 aa  155  2e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  23.48 
 
 		 470 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  23.81 
 
 		 470 aa  155  2.9999999999999998e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.91 
 
 		 463 aa  151  3e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  24.77 
 
 		 563 aa  151  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  22.24 
 
 		 470 aa  148  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  29.52 
 
 		 738 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  30.29 
 
 		 696 aa  127  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  30.22 
 
 		 805 aa  127  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  26.52 
 
 		 915 aa  127  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  30.21 
 
 		 660 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  31.61 
 
 		 751 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  31.06 
 
 		 781 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  30.72 
 
 		 781 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  32.34 
 
 		 716 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.28 
 
 		 574 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  30.54 
 
 		 733 aa  117  7.999999999999999e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 		 710 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  30.06 
 
 		 686 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  30.06 
 
 		 686 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  30.06 
 
 		 686 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  30.06 
 
 		 686 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  30.06 
 
 		 686 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  32.28 
 
 		 810 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  30.75 
 
 		 740 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  28.61 
 
 		 658 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  30.23 
 
 		 747 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  30.07 
 
 		 819 aa  115  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.12 
 
 		 641 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  31.88 
 
 		 745 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  28.12 
 
 		 672 aa  114  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  30.45 
 
 		 686 aa  113  7.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  32.56 
 
 		 705 aa  113  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  28.01 
 
 		 675 aa  113  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  31.23 
 
 		 706 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  29.02 
 
 		 807 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  29.69 
 
 		 696 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31 
 
 		 736 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.94 
 
 		 702 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  29.69 
 
 		 696 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  31.03 
 
 		 715 aa  112  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  29.65 
 
 		 787 aa  112  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  29.25 
 
 		 803 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  31.3 
 
 		 705 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  27.75 
 
 		 681 aa  110  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  26.07 
 
 		 527 aa  109  1e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  32.03 
 
 		 640 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  31.99 
 
 		 704 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  29.48 
 
 		 793 aa  109  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  30.36 
 
 		 750 aa  110  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  32.65 
 
 		 776 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  31.55 
 
 		 714 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  32.08 
 
 		 763 aa  108  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  30.48 
 
 		 714 aa  108  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  31.88 
 
 		 703 aa  108  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  31.76 
 
 		 715 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 		 635 aa  107  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>