More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2977 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  100 
 
 		 429 aa  866    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  56.43 
 
 		 428 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  54.31 
 
 		 433 aa  425  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  53.21 
 
 		 404 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  53.96 
 
 		 413 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  50.48 
 
 		 404 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  49.88 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  49.88 
 
 		 421 aa  402  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  51.67 
 
 		 404 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  46.82 
 
 		 420 aa  388  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  48.33 
 
 		 406 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  50.24 
 
 		 407 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  46.12 
 
 		 462 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  49.52 
 
 		 406 aa  381  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  49.29 
 
 		 405 aa  378  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  47.99 
 
 		 403 aa  378  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  47.48 
 
 		 411 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  48.58 
 
 		 404 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  48.7 
 
 		 445 aa  361  1e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  48.12 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  46.75 
 
 		 403 aa  361  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  46.37 
 
 		 407 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  47.28 
 
 		 409 aa  355  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  46.12 
 
 		 421 aa  353  4e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  45.61 
 
 		 410 aa  352  8e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  45.39 
 
 		 412 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  46.7 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  45.45 
 
 		 419 aa  346  4e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  45.19 
 
 		 413 aa  346  4e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  45 
 
 		 413 aa  343  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  44.91 
 
 		 427 aa  340  2e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  46.23 
 
 		 394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  43.88 
 
 		 402 aa  336  5e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  45.37 
 
 		 403 aa  332  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  45 
 
 		 412 aa  328  1.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  46.56 
 
 		 425 aa  326  5e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  43.68 
 
 		 412 aa  322  7e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  43.68 
 
 		 398 aa  319  5e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  43.9 
 
 		 391 aa  318  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  39.71 
 
 		 404 aa  318  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  40.81 
 
 		 404 aa  317  2e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  40.57 
 
 		 404 aa  317  4e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  40.57 
 
 		 404 aa  317  4e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  42.2 
 
 		 396 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  43.03 
 
 		 394 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  42.75 
 
 		 402 aa  310  4e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  39.51 
 
 		 395 aa  308  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  39.47 
 
 		 404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  39.76 
 
 		 402 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  43.74 
 
 		 404 aa  307  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  39.47 
 
 		 404 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  40.24 
 
 		 417 aa  302  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  40.05 
 
 		 396 aa  301  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  38.74 
 
 		 404 aa  301  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  39.32 
 
 		 394 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  39.32 
 
 		 394 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  42.12 
 
 		 405 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  40.9 
 
 		 402 aa  298  1e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  40.05 
 
 		 410 aa  297  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  40.87 
 
 		 412 aa  296  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.2 
 
 		 420 aa  296  4e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  40.29 
 
 		 397 aa  296  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  43.65 
 
 		 403 aa  296  7e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  41.2 
 
 		 420 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  42.26 
 
 		 389 aa  295  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  42.93 
 
 		 401 aa  292  9e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  40.19 
 
 		 396 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  40.72 
 
 		 421 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.71 
 
 		 394 aa  289  8e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.95 
 
 		 394 aa  289  9e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  38.82 
 
 		 409 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.24 
 
 		 421 aa  287  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  41.01 
 
 		 419 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  42.63 
 
 		 367 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  42.52 
 
 		 401 aa  287  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  41.26 
 
 		 419 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  40.33 
 
 		 404 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  40.33 
 
 		 404 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  41.26 
 
 		 419 aa  286  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  38.33 
 
 		 397 aa  286  5.999999999999999e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0662  phage integrase family protein  40.78 
 
 		 417 aa  286  7e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  42.69 
 
 		 402 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  40.38 
 
 		 402 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.35 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  40.53 
 
 		 419 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  40.09 
 
 		 404 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  40.24 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  40 
 
 		 419 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  38.77 
 
 		 387 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  37.91 
 
 		 419 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  40.33 
 
 		 404 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  39.76 
 
 		 424 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  40 
 
 		 419 aa  281  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  40.86 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  40.24 
 
 		 419 aa  280  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  37.11 
 
 		 421 aa  278  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  38.07 
 
 		 421 aa  277  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  38.31 
 
 		 419 aa  276  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  39.05 
 
 		 419 aa  276  6e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  37.35 
 
 		 391 aa  275  8e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>