More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2959 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  100 
 
 
625 aa  1273  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  45.11 
 
 
612 aa  495  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  46.85 
 
 
593 aa  494  1e-138  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  44.01 
 
 
601 aa  489  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  44.55 
 
 
619 aa  484  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  45.84 
 
 
619 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  43.65 
 
 
615 aa  475  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  42.17 
 
 
632 aa  468  1e-130  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  42.35 
 
 
610 aa  455  1e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  41.96 
 
 
607 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  39.32 
 
 
616 aa  406  1e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  33.05 
 
 
616 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  33.49 
 
 
613 aa  358  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  37.23 
 
 
615 aa  309  1e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  38.41 
 
 
314 aa  199  1e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.71 
 
 
607 aa  156  9e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  26.27 
 
 
593 aa  150  1e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  25.86 
 
 
588 aa  142  2e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  27.78 
 
 
819 aa  110  8e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  1.8035e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  27.82 
 
 
815 aa  104  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  8.61607e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  24.13 
 
 
568 aa  100  6e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  29.77 
 
 
712 aa  100  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  25.8 
 
 
579 aa  99  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  32.71 
 
 
662 aa  99  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  32.05 
 
 
711 aa  98.2  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  32.3 
 
 
708 aa  97.1  9e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.59 
 
 
737 aa  97.1  9e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  30.2 
 
 
704 aa  91.7  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.2 
 
 
704 aa  91.7  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  30.2 
 
 
704 aa  91.7  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  29.43 
 
 
705 aa  90.9  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  26.79 
 
 
690 aa  87  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  30.3 
 
 
714 aa  86.3  1e-15  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  28.79 
 
 
696 aa  85.9  2e-15  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 
716 aa  85.5  3e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  32.46 
 
 
508 aa  85.1  3e-15  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  30.57 
 
 
673 aa  84.7  5e-15  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  30.83 
 
 
737 aa  82  3e-14  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  31.13 
 
 
703 aa  80.5  8e-14  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  31.13 
 
 
703 aa  80.5  8e-14  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  29.19 
 
 
734 aa  79.3  2e-13  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  29.84 
 
 
685 aa  78.2  4e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  29.48 
 
 
603 aa  78.2  4e-13  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  28.08 
 
 
696 aa  76.6  1e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  29.3 
 
 
679 aa  76.6  1e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  29.88 
 
 
705 aa  75.9  2e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  28.68 
 
 
687 aa  75.9  2e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  29.89 
 
 
699 aa  75.1  3e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  20.31 
 
 
827 aa  75.5  3e-12  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 
752 aa  74.3  5e-12  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  20.94 
 
 
634 aa  73.9  7e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  28.17 
 
 
697 aa  73.9  8e-12  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  29.64 
 
 
710 aa  73.6  1e-11  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  28.11 
 
 
706 aa  72.8  2e-11  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  29.19 
 
 
821 aa  72  3e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  25.29 
 
 
1136 aa  72  3e-11  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  25.13 
 
 
388 aa  71.6  4e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  28.32 
 
 
631 aa  71.6  4e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 
695 aa  71.2  5e-11  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  3.85426e-05  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  27.42 
 
 
574 aa  70.9  6e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  30.15 
 
 
712 aa  68.9  2e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  27.65 
 
 
659 aa  68.9  3e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  23 
 
 
606 aa  66.6  1e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  27.71 
 
 
717 aa  65.9  2e-09  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  23.05 
 
 
617 aa  66.2  2e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0110  superfamily I DNA and RNA helicase  31.22 
 
 
401 aa  66.2  2e-09  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.285644  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  24.13 
 
 
563 aa  65.1  3e-09  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  24.13 
 
 
563 aa  65.1  3e-09  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  28.46 
 
 
462 aa  65.5  3e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.56586e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  29.03 
 
 
759 aa  63.9  8e-09  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0845  hypothetical protein  28.37 
 
 
544 aa  63.5  1e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0545753  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  24.08 
 
 
559 aa  63.2  1e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  4.38453e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3670  pentapeptide repeat protein  22.55 
 
 
830 aa  62.4  2e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.414516  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  23.63 
 
 
549 aa  63.2  2e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  22.85 
 
 
830 aa  62.8  2e-08  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  43.16 
 
 
671 aa  60.8  6e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 
809 aa  60.8  7e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  23.17 
 
 
550 aa  59.3  2e-07  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0621  DNA helicase  30.19 
 
 
1715 aa  57.8  5e-07  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  26.6 
 
 
617 aa  58.2  5e-07  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  25.61 
 
 
551 aa  57.4  7e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  24.3 
 
 
755 aa  57.4  8e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  26.13 
 
 
706 aa  57.4  8e-07  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  51.56 
 
 
653 aa  57.4  9e-07  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  26.34 
 
 
655 aa  56.6  1e-06  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  29.39 
 
 
663 aa  57  1e-06  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  48.39 
 
 
764 aa  56.2  2e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  25.77 
 
 
557 aa  55.8  2e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.11 
 
 
710 aa  56.2  2e-06  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  30.16 
 
 
554 aa  56.2  2e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  46.03 
 
 
657 aa  56.2  2e-06  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  29.74 
 
 
558 aa  55.5  3e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0969  hypothetical protein  21.54 
 
 
726 aa  55.5  3e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  45.16 
 
 
749 aa  55.5  3e-06  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 
1066 aa  55.5  3e-06  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  50 
 
 
731 aa  55.5  3e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.51 
 
 
798 aa  55.1  4e-06  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  27.71 
 
 
712 aa  54.7  5e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  34.69 
 
 
678 aa  54.7  5e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  45.21 
 
 
573 aa  54.7  5e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>