149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2742 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2742  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  100 
 
 
123 aa  240  5e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3165  putative HNS-like transcription regulator protein  50.82 
 
 
118 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00480481 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0416  nucleoid protein H-NS  45.45 
 
 
114 aa  100  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0193878  hitchhiker  0.00866736 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1598  nucleoid protein H-NS  42.02 
 
 
117 aa  93.2  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.67 
 
 
102 aa  76.6  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.67 
 
 
102 aa  76.6  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  37.61 
 
 
102 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  35 
 
 
102 aa  74.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.83 
 
 
103 aa  74.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  35.83 
 
 
102 aa  72  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5155  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.67 
 
 
97 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336859  normal  0.425922 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1136  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.71 
 
 
104 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00265311  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6772  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.68 
 
 
254 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000000111168  normal  0.0541472 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5080  Ler  31.62 
 
 
123 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0343561 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1795  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.82 
 
 
114 aa  60.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.93 
 
 
121 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.167387  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4578  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.93 
 
 
121 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3984  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  31.97 
 
 
117 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49889  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3525  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 
123 aa  55.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.698098  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3806  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.94 
 
 
100 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0101066  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1370  nucleoid protein H-NS  35.48 
 
 
115 aa  54.7  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4220  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30 
 
 
135 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2867  H-NS histone family protein  34.29 
 
 
98 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0116  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.91 
 
 
100 aa  52.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0084  H-NS histone family protein  34.29 
 
 
98 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3442  H-NS histone family protein  34.29 
 
 
98 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3850  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.51 
 
 
239 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000396096  normal  0.523489 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1677  H-NS histone family protein  34.29 
 
 
98 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3862  H-NS histone family protein  34.29 
 
 
98 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3943  H-NS histone family protein  34.29 
 
 
98 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3109  H-NS histone family protein  34.29 
 
 
98 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.56 
 
 
72 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.386763  normal  0.64236 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2290  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35 
 
 
112 aa  52.4  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2975  putative H-NS-like transcription regulator  29.75 
 
 
96 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3822  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.14 
 
 
100 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000137841  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0162  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.98 
 
 
98 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121985  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0175  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.98 
 
 
98 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3351  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  37.14 
 
 
98 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.383074 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3707  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.4 
 
 
217 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.258134  hitchhiker  0.00183478 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0112  HNS-like transcriptional regulator  36.19 
 
 
100 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000994611  normal 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4886  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.4 
 
 
114 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.602991  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0231  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.5 
 
 
98 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2858  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  37.5 
 
 
98 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.259744  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0249  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.5 
 
 
98 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1144  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.82 
 
 
98 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.439674  normal  0.582774 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1065  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.82 
 
 
98 aa  50.1  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2905  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0048  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
125 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3155  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4468  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.96 
 
 
283 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4935  putative H-NS histon-like DNA-binding protein  30.51 
 
 
104 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.529231  normal  0.833407 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3404  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237819  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1636  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.741416  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3827  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3909  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2965  H-NS histone family protein  33.61 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3493  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  25.81 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.572012  normal  0.600215 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2158  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.64 
 
 
96 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.232102  normal  0.811955 
 
 
-
 
NC_003296  RS00711  putative HNS-like transcription regulator protein  31.07 
 
 
96 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000172984  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0158  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.62 
 
 
98 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2329  H-NS histone family protein  48.21 
 
 
134 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.1305  hitchhiker  0.00000000912792 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6667  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  26.13 
 
 
89 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.219261  normal  0.789361 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.19 
 
 
96 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.909068  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4285  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.66 
 
 
97 aa  47.4  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4798  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.19 
 
 
96 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272454  normal  0.166506 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4385  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.48 
 
 
105 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0118502  normal  0.891502 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3721  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.19 
 
 
96 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00112888  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0867  putative HNS-like transcription regulator protein  34 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.139885 
 
 
-
 
NC_003296  RS02004  putative HNS-like transcription regulator protein  28.3 
 
 
95 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0969964  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4990  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  29.27 
 
 
104 aa  45.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0212879  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3189  H-NS histone family protein  31.73 
 
 
98 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1142  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.48 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0002  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  30.48 
 
 
131 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0049965  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3384  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.23 
 
 
97 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0088  DNA-binding protein BprA  27.36 
 
 
101 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3224  DNA-binding protein BprA  27.36 
 
 
101 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6191  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.36 
 
 
102 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4229  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  38.71 
 
 
108 aa  44.7  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.289876  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0263  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.23 
 
 
97 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.820493 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0208  H-NS histone family protein  25.69 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00707733  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2825  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.23 
 
 
97 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0281  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.23 
 
 
97 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166699  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1064  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  26.72 
 
 
101 aa  44.3  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0126  H-NS histone family protein  25.69 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1616  H-NS histone family protein  25.69 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0190  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.23 
 
 
97 aa  44.7  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317548  hitchhiker  0.0000000190695 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6773  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.86 
 
 
112 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00017117  normal  0.0671695 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0144  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  36.36 
 
 
298 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4587  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.35 
 
 
112 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1957  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  47.37 
 
 
121 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00140882  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0195  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.4 
 
 
97 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.750004  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6382  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.93 
 
 
99 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193522  normal  0.0275568 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5922  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.36 
 
 
102 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.997127  normal  0.678214 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0209  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.4 
 
 
97 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.726678 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2135  putative DNA-binding protein  28.16 
 
 
79 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45202  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0099  H-NS histone family protein  24.77 
 
 
101 aa  43.5  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.03 
 
 
191 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7383  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.25 
 
 
254 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.160149 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2961  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.19 
 
 
104 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0570093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.27 
 
 
91 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222409  normal  0.184824 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>