77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2712 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  100 
 
 		 303 aa  587  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  59.29 
 
 		 290 aa  268  8e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  56.86 
 
 		 279 aa  262  4e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  46.71 
 
 		 304 aa  255  8e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  50.19 
 
 		 309 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  54.65 
 
 		 306 aa  252  7e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  46.4 
 
 		 282 aa  252  7e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  49.25 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  49.06 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  58.37 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  50 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  49.03 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  47.84 
 
 		 302 aa  248  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  47.48 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  48.57 
 
 		 311 aa  240  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  50.8 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  49.61 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  53.63 
 
 		 337 aa  228  9e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  46.99 
 
 		 288 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  46.5 
 
 		 292 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  48.12 
 
 		 281 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  44.75 
 
 		 279 aa  223  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  50.97 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  42.41 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  48.46 
 
 		 282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  50 
 
 		 326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  48.61 
 
 		 375 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  44.61 
 
 		 270 aa  212  7e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  43.8 
 
 		 291 aa  212  7e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  41.74 
 
 		 272 aa  209  5e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  42.15 
 
 		 282 aa  209  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  42.46 
 
 		 284 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  43.33 
 
 		 295 aa  203  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  43.46 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  37.4 
 
 		 282 aa  199  3.9999999999999996e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  36.58 
 
 		 312 aa  199  5e-50  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  37.02 
 
 		 282 aa  196  4.0000000000000005e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  41.25 
 
 		 279 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  36.64 
 
 		 282 aa  196  5.000000000000001e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  37.41 
 
 		 281 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.36 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  39.67 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  34.65 
 
 		 275 aa  181  2e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  38.11 
 
 		 272 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  36.72 
 
 		 269 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  37.55 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  37.25 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  33.85 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 		 437 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 437 aa  55.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 437 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.97 
 
 		 825 aa  53.5  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27.66 
 
 		 864 aa  52.8  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 		 412 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  26.74 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  41.11 
 
 		 845 aa  50.8  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  28.28 
 
 		 847 aa  49.3  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.54 
 
 		 601 aa  49.7  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.6 
 
 		 588 aa  49.3  0.00009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.33 
 
 		 522 aa  48.5  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  28.68 
 
 		 871 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  39.74 
 
 		 831 aa  46.2  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 520 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 520 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 598 aa  45.8  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 520 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  31.13 
 
 		 361 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  40.26 
 
 		 828 aa  45.1  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.28 
 
 		 550 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  28.89 
 
 		 546 aa  44.7  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  29.27 
 
 		 872 aa  44.3  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  46.55 
 
 		 816 aa  43.5  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.07 
 
 		 583 aa  43.9  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  28.24 
 
 		 901 aa  43.5  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  30.66 
 
 		 882 aa  42.7  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.06 
 
 		 592 aa  42.7  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  29.02 
 
 		 321 aa  42.7  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>