More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2656 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  100 
 
 		 269 aa  538  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  66.79 
 
 		 303 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  66.41 
 
 		 292 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  64.89 
 
 		 283 aa  354  1e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  60.31 
 
 		 271 aa  332  3e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  60.38 
 
 		 269 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  60.23 
 
 		 269 aa  301  7.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  60.23 
 
 		 288 aa  301  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  59.46 
 
 		 288 aa  298  6e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  61.18 
 
 		 264 aa  296  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  59.46 
 
 		 274 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  57.48 
 
 		 263 aa  289  3e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  59.07 
 
 		 288 aa  281  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  58.73 
 
 		 258 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  58.33 
 
 		 264 aa  276  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  58.33 
 
 		 264 aa  275  6e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2790  periplasmic binding protein  57.14 
 
 		 259 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.578873 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  32.83 
 
 		 351 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.4 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  32.43 
 
 		 478 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 341 aa  106  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  32.06 
 
 		 483 aa  106  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 315 aa  105  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  30.68 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 270 aa  102  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 328 aa  102  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.86 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  30.33 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 269 aa  99.4  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 318 aa  98.6  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 318 aa  98.2  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 261 aa  98.6  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 339 aa  97.1  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  28.63 
 
 		 270 aa  96.3  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.22 
 
 		 338 aa  94.4  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  26.15 
 
 		 331 aa  93.2  4e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  30.83 
 
 		 517 aa  92  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 296 aa  91.3  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.09 
 
 		 338 aa  90.1  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.09 
 
 		 338 aa  90.1  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.45 
 
 		 356 aa  89.7  4e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 337 aa  89.7  4e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  26.89 
 
 		 299 aa  89  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.11 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 379 aa  88.2  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.34 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 289 aa  86.3  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 317 aa  85.5  8e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  27.6 
 
 		 255 aa  85.5  9e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  32.44 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  30.49 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 338 aa  82  0.000000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.69 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0657  periplasmic binding protein  30.23 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.713656  normal  0.916099 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  30.31 
 
 		 382 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  24.03 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  23.85 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  34.97 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  24.43 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.83 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.43 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2093  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  33.33 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.839257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  26.2 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.35 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  27.64 
 
 		 332 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  24.59 
 
 		 335 aa  79  0.00000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  27.13 
 
 		 311 aa  78.6  0.00000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  32.47 
 
 		 264 aa  78.6  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  26.19 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.64 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.8 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  25 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.94 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.94 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  29.92 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.89 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.94 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.94 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>