More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2647 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_4104  Rh family protein/ammonium transporter  78.71 
 
 		 400 aa  639    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.254503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2647  Rh family protein/ammonium transporter  100 
 
 		 404 aa  795    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3621  Rh family protein/ammonium transporter  80.45 
 
 		 400 aa  634  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0519  Rh-like protein/ammonium transporter  79.46 
 
 		 400 aa  625  1e-178  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3703  Rh-like protein/ammonium transporter  74.5 
 
 		 400 aa  616  1e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1761  Rh family protein/ammonium transporter  74.88 
 
 		 400 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4891  Rh-like protein/ammonium transporter  79.21 
 
 		 400 aa  607  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1581  ammonium transporter family protein  75 
 
 		 433 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2869  ammonium transporter  75.69 
 
 		 395 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0457  Rh family protein/ammonium transporter  73.76 
 
 		 400 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4038  Rh-like protein/ammonium transporter  75.99 
 
 		 400 aa  598  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4750  Rh-like protein/ammonium transporter  74.75 
 
 		 400 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1085  Rh family protein/ammonium transporter  73.82 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0087  Rh family protein/ammonium transporter  75.25 
 
 		 400 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0093  Rh family protein/ammonium transporter  75.25 
 
 		 400 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.850827 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1085  Rh family protein/ammonium transporter  74.06 
 
 		 397 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1202  Rh family protein/ammonium transporter  74.06 
 
 		 397 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4310  Rh-like protein/ammonium transporter  73.57 
 
 		 397 aa  577  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1175  Rh family protein/ammonium transporter  73.82 
 
 		 397 aa  580  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103344  normal  0.265328 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0722  Rh-like protein/ammonium transporter  73.82 
 
 		 397 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1601  Rh family protein/ammonium transporter  74.94 
 
 		 395 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2101  Rh family protein/ammonium transporter  73.57 
 
 		 397 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.313167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1701  putative ammonium transporter  73.51 
 
 		 400 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2999  Rh family protein/ammonium transporter  70.41 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.49928  hitchhiker  0.000181565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2106  Rh family protein/ammonium transporter  72.18 
 
 		 402 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655034 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0312  Rh family protein/ammonium transporter  72.11 
 
 		 402 aa  554  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3633  Rh family protein/ammonium transporter  71.43 
 
 		 402 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1648  Rh family protein/ammonium transporter  71.93 
 
 		 402 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9313  normal  0.285064 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0360  ammonium transporter  67.42 
 
 		 399 aa  545  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0145815  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2100  putative transporter  73.67 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24780  putative transporter  74.68 
 
 		 460 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3615  Rh family protein/ammonium transporter  66.92 
 
 		 403 aa  533  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.283751  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0742  Rh family protein/ammonium transporter  71.94 
 
 		 400 aa  531  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1625  Rh family protein/ammonium transporter  71.93 
 
 		 402 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.160065 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3968  Rh-like protein/ammonium transporter  70.93 
 
 		 402 aa  527  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003488  ammonium transporter  69.92 
 
 		 406 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1627  Rh family protein/ammonium transporter  66.58 
 
 		 405 aa  521  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.0709779 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1594  Rh family protein/ammonium transporter  64.32 
 
 		 405 aa  519  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204728  normal  0.0779925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1922  ammonium transporter family protein  64.32 
 
 		 405 aa  519  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00667378  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0954  Rh-like protein/ammonium transporter  64.22 
 
 		 405 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000369516  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0637  Rh-like protein/ammonium transporter  65.23 
 
 		 402 aa  513  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1302  Rh family protein/ammonium transporter  65.19 
 
 		 417 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356295 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3126  Rh family protein/ammonium transporter  61.21 
 
 		 406 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1136  Rh family protein/ammonium transporter  60.96 
 
 		 406 aa  486  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2298  Rh family protein/ammonium transporter  61.14 
 
 		 406 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.198876  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3249  Rh family protein/ammonium transporter  62.38 
 
 		 400 aa  487  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.072262  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1221  ammonium transporter, putative  61.75 
 
 		 406 aa  482  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1738  Rh-like protein/ammonium transporter  62.25 
 
 		 406 aa  484  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.477019 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0580  Rh family protein/ammonium transporter  61.33 
 
 		 405 aa  482  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0443  ammonia permease  60.55 
 
 		 404 aa  462  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00193499  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  39.27 
 
 		 461 aa  249  4e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1609  ammonium transporter  37.71 
 
 		 411 aa  246  6.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1067  ammonium transporter  37.96 
 
 		 411 aa  246  8e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.796795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0880  ammonium transporter  37.47 
 
 		 411 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0728502  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1080  ammonium transporter  37.56 
 
 		 408 aa  242  1e-62  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0882  ammonium transporter  38.2 
 
 		 411 aa  240  4e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.103537  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1065  ammonium transporter  37.71 
 
 		 411 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1062  ammonium transporter  40.2 
 
 		 408 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.265606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1612  ammonium transporter  40.44 
 
 		 408 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  37.47 
 
 		 468 aa  233  6e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0885  ammonium transporter  40.44 
 
 		 408 aa  231  2e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.373792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  36.3 
 
 		 444 aa  229  8e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  35.99 
 
 		 460 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  38.14 
 
 		 441 aa  224  2e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  36.04 
 
 		 445 aa  216  5e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1482  ammonium transporter  35.92 
 
 		 403 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  34.63 
 
 		 483 aa  212  9e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  36.92 
 
 		 441 aa  209  6e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  35.85 
 
 		 458 aa  208  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  33.17 
 
 		 449 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  36.32 
 
 		 446 aa  206  7e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1479  ammonium transporter  37.09 
 
 		 384 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.946275  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  33.41 
 
 		 469 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  35.89 
 
 		 490 aa  198  2.0000000000000003e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0276  ammonium transporter  35.89 
 
 		 489 aa  196  6e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1138  ammonium transporter  36.52 
 
 		 442 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2576  ammonium transporter  33.49 
 
 		 433 aa  194  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  34.05 
 
 		 497 aa  193  4e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  35.61 
 
 		 441 aa  192  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1341  ammonium transporter  35.7 
 
 		 442 aa  192  8e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02901  ammonium transporter  35.48 
 
 		 476 aa  192  8e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  34.04 
 
 		 478 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  34.83 
 
 		 478 aa  190  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.16 
 
 		 1016 aa  189  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02861  ammonium transporter  34.44 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02851  ammonium transporter  34.44 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.64492  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  37.35 
 
 		 644 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1360  Rh family protein/ammonium transporter  32.09 
 
 		 471 aa  188  2e-46  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.11644  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02961  ammonium transporter  34.92 
 
 		 486 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  35.66 
 
 		 515 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  35.66 
 
 		 515 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0210  ammonium transporter  35.25 
 
 		 439 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0642  putative ammonium transporter  33.49 
 
 		 426 aa  187  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  33.41 
 
 		 435 aa  187  4e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  33.41 
 
 		 435 aa  187  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  36.12 
 
 		 471 aa  186  6e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3657  ammonium transporter  34.44 
 
 		 421 aa  186  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.94 
 
 		 1018 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2589  ammonium transporter  32.45 
 
 		 409 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  34.47 
 
 		 422 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>