104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2594 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  100 
 
 		 145 aa  295  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  49.3 
 
 		 146 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  49.3 
 
 		 146 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  46.1 
 
 		 144 aa  124  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  43.26 
 
 		 145 aa  122  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  44.68 
 
 		 146 aa  121  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  47.22 
 
 		 144 aa  114  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  43.36 
 
 		 144 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  44.37 
 
 		 144 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.36 
 
 		 143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  44.83 
 
 		 142 aa  100  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  43.06 
 
 		 144 aa  93.6  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  40 
 
 		 138 aa  93.6  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  39.29 
 
 		 138 aa  93.2  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  39.29 
 
 		 138 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  44.14 
 
 		 142 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  35.42 
 
 		 147 aa  90.9  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  43.75 
 
 		 142 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87.8  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  39.01 
 
 		 144 aa  87.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  40 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  40 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  40 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  43.48 
 
 		 138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  45.76 
 
 		 138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.8 
 
 		 140 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  44.92 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  34.97 
 
 		 143 aa  80.5  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  36.43 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.81 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.85 
 
 		 139 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.72 
 
 		 143 aa  73.9  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  33.58 
 
 		 154 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  35.14 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  35.14 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  35.81 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.11 
 
 		 154 aa  68.2  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  35.14 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.59 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  35.61 
 
 		 142 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  37.82 
 
 		 151 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  38.81 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  40 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  30.4 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  30.4 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.87 
 
 		 140 aa  62  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.23 
 
 		 153 aa  62  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.71 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.46 
 
 		 150 aa  60.1  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.91 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  29.92 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.31 
 
 		 156 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.31 
 
 		 156 aa  58.5  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  33.59 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  35.11 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.35 
 
 		 154 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.35 
 
 		 154 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.35 
 
 		 154 aa  57  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.69 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.69 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.69 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.69 
 
 		 167 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.41 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  32.31 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.58 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  32.31 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  33.59 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.41 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  33.59 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.32 
 
 		 146 aa  51.6  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  29.13 
 
 		 141 aa  51.2  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  29.13 
 
 		 141 aa  51.2  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  30.16 
 
 		 147 aa  50.8  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.56 
 
 		 160 aa  50.8  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  28.57 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.01 
 
 		 169 aa  48.9  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  33.9 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  32.8 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  33.9 
 
 		 149 aa  48.9  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0052  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.2 
 
 		 166 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  31.93 
 
 		 156 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.03 
 
 		 146 aa  47.4  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  33.05 
 
 		 149 aa  47.4  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  29.17 
 
 		 157 aa  47.4  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  26.77 
 
 		 157 aa  47  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.77 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1378  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.94 
 
 		 147 aa  45.1  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  29.32 
 
 		 153 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  27.01 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  27.41 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  32 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  26.32 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  31.16 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>