More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2537 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2537  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 
318 aa  643    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000289542 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2807  2-nitropropane dioxygenase, NPD  84.13 
 
 
318 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2296  2-nitropropane dioxygenase NPD  83.81 
 
 
318 aa  518  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1226  2-nitropropane dioxygenase, NPD  79.23 
 
 
318 aa  520  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2171  2-nitropropane dioxygenase, NPD  82.86 
 
 
317 aa  508  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00656202  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2394  2-nitropropane dioxygenase NPD  83.71 
 
 
319 aa  509  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1299  putative transmembrane protein  78.37 
 
 
321 aa  484  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.230458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2090  2-nitropropane dioxygenase, NPD  83.28 
 
 
338 aa  487  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58265  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1960  2-nitropropane dioxygenase, NPD  78.91 
 
 
321 aa  484  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3140  2-nitropropane dioxygenase, NPD  78.73 
 
 
317 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0244863  normal  0.0100241 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3371  2-nitropropane dioxygenase NPD  74.45 
 
 
320 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0115  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.88 
 
 
336 aa  441  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4046  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.72 
 
 
322 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0713  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.61 
 
 
322 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141203  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3628  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.18 
 
 
335 aa  437  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5259  2-nitropropane dioxygenase NPD  67.6 
 
 
329 aa  431  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000246639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0960  putative dioxygenase  69.5 
 
 
322 aa  431  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.67 
 
 
323 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972482  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0260  2-nitropropane dioxygenase, NPD  74.1 
 
 
318 aa  430  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0164  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.5 
 
 
319 aa  424  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.128222 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0831  2-nitropropane dioxygenase family protein  69.59 
 
 
322 aa  422  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  69.65 
 
 
331 aa  421  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.255645  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0779  2-nitropropane dioxygenase family protein  69.91 
 
 
357 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5592  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.52 
 
 
332 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5189  2-nitropropane dioxygenase NPD  66.67 
 
 
322 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75587  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0425  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.51 
 
 
333 aa  418  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4817  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.44 
 
 
334 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05452  putative transmembrane protein  71.07 
 
 
335 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.111761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3740  2-nitropropane dioxygenase NPD  70.44 
 
 
334 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0866  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.98 
 
 
323 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3674  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.66 
 
 
329 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.25 
 
 
323 aa  410  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4276  putative 2-nitropropane dioxygenase  60.19 
 
 
319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0174  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.25 
 
 
319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111735  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2707  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.37 
 
 
315 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1056  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.35 
 
 
320 aa  406  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0838635  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0500  hypothetical protein  69.81 
 
 
321 aa  403  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  61.51 
 
 
315 aa  398  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00157568  hitchhiker  0.00722114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0432  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.56 
 
 
319 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2876  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.5 
 
 
319 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3013  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.5 
 
 
319 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0157  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.06 
 
 
319 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0536  putative 2-nitropropane dioxygenase  60.69 
 
 
319 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0704915  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0345  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  60.69 
 
 
319 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0357  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  60.69 
 
 
319 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2961  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.19 
 
 
336 aa  381  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2986  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.06 
 
 
319 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6315  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.75 
 
 
319 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0307  hypothetical protein  60.06 
 
 
319 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2351  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.75 
 
 
319 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2965  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.75 
 
 
319 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  61.27 
 
 
325 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0096  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.2 
 
 
327 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.396522  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0268  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.06 
 
 
325 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0103  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.62 
 
 
327 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0824  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.28 
 
 
335 aa  363  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.846459  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2812  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.55 
 
 
312 aa  360  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.33568  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6087  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.86 
 
 
333 aa  359  4e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0255  hypothetical protein  60.88 
 
 
327 aa  355  7.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.622864  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5349  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.54 
 
 
322 aa  342  5e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0822687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1057  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.62 
 
 
342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.833539  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0958  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.92 
 
 
324 aa  330  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2823  2-nitropropane dioxygenase, NPD  62.93 
 
 
295 aa  325  7e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0467554  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0316  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.57 
 
 
320 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3014  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.79 
 
 
321 aa  302  6.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4072  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.13 
 
 
324 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08460  hypothetical protein  49.53 
 
 
322 aa  269  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000270862 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1749  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.26 
 
 
308 aa  265  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.596881  normal  0.0608079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0460  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.74 
 
 
318 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0985437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3935  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.12 
 
 
320 aa  263  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42160  2-nitropropane dioxygenase-like dioxygenase  41.83 
 
 
325 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0716882  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0430  hypothetical protein  48.72 
 
 
318 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0463  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.43 
 
 
318 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575132 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0801  hypothetical protein  47.63 
 
 
322 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3091  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.83 
 
 
307 aa  256  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.171108 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3243  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.09 
 
 
334 aa  256  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000431294  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1252  2-nitropropane dioxygenase-like protein  48.09 
 
 
313 aa  255  5e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.77 
 
 
313 aa  255  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4773  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.25 
 
 
318 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.95 
 
 
322 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0145126  normal  0.697248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5104  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.63 
 
 
322 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2689  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.13 
 
 
313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.484502  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6742  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.53 
 
 
326 aa  239  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000550244  normal  0.521787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4177  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.65 
 
 
320 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0974  hypothetical protein  39.1 
 
 
322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.461491 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3496  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40 
 
 
321 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0438  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.19 
 
 
307 aa  230  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0148802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1870  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.03 
 
 
318 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.224001 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0347  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.16 
 
 
313 aa  209  5e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.827843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1586  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.18 
 
 
331 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0857  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.67 
 
 
306 aa  176  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1695  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.33 
 
 
333 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  26.89 
 
 
326 aa  84  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  25.61 
 
 
361 aa  81.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.07 
 
 
360 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.13 
 
 
312 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.33 
 
 
313 aa  77  0.0000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  30.06 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.57 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.35 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>