More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2487 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2487  GTP-binding protein HSR1-related  100 
 
 		 328 aa  661    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000110563 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1388  GTP-binding  74.5 
 
 		 316 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3396  GTP-binding  69.23 
 
 		 330 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2474  GTP-binding protein HSR1-related  67.72 
 
 		 317 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  0.279197 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1312  GTP-binding protein, HSR1-related  70.19 
 
 		 319 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3629  GTP-binding protein HSR1-related  70.34 
 
 		 320 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2758  GTP-binding protein, HSR1-related  67.71 
 
 		 329 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0145905 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2270  GTP-binding protein  72.16 
 
 		 322 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193404  hitchhiker  0.000000344964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2510  GTP-binding protein, HSR1-related  69 
 
 		 319 aa  414  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.271003  normal  0.0153931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1350  GTP-binding protein HSR1-related  68.67 
 
 		 319 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0587703  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0461  ribosomal biogenesis GTPase  43.75 
 
 		 314 aa  277  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1204  GTP-binding  46.56 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000287  50S ribosomal subunit maturation GTPase RbgA  45.32 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.146408  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1682  GTP-binding protein HSR1-related  51.07 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06087  ribosomal biogenesis GTPase  44.96 
 
 		 314 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0669  ribosomal biogenesis GTPase  45.65 
 
 		 311 aa  268  8e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.378944  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2120  GTPase  49.29 
 
 		 304 aa  266  5e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1993  ribosomal biogenesis GTPase  46.67 
 
 		 314 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0543739  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1589  ribosomal biogenesis GTPase  44.15 
 
 		 313 aa  265  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1054  ribosomal biogenesis GTPase  44.73 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2029  ribosomal biogenesis GTPase  42.52 
 
 		 312 aa  261  8e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.831437  normal  0.492608 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1703  ribosomal biogenesis GTPase  45.65 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237834  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2283  ribosomal biogenesis GTPase  43.97 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0251974 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1982  ribosomal biogenesis GTPase  43.32 
 
 		 318 aa  260  2e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.360178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2638  ribosomal biogenesis GTPase  42.86 
 
 		 312 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00454653  normal  0.052608 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1688  GTP-binding protein HSR1-related  42.94 
 
 		 341 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1752  ribosomal biogenesis GTPase  45.45 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0169  ribosomal biogenesis GTPase  43.71 
 
 		 323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000316145  normal  0.720532 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2437  ribosomal biogenesis GTPase  45.45 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.743849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2395  ribosomal biogenesis GTPase  46.18 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.806942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2186  ribosomal biogenesis GTPase  46.18 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2263  ribosomal biogenesis GTPase  46.18 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1889  ribosomal biogenesis GTPase  45.45 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1882  ribosomal biogenesis GTPase  45.45 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.140157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1855  ribosomal biogenesis GTPase  45.45 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0773  GTPases  47.62 
 
 		 280 aa  251  8.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.79834e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1349  GTP-binding  46.03 
 
 		 319 aa  251  9.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00974199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3634  ribosomal biogenesis GTPase  44.57 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.909228  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2508  ribosomal biogenesis GTPase  43.84 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2590  ribosomal biogenesis GTPase  45.09 
 
 		 313 aa  249  3e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1785  GTP-binding  45 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417498 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2306  ribosomal biogenesis GTPase  45.82 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.575224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1486  ribosomal biogenesis GTPase  44 
 
 		 313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2146  GTP-binding protein, HSR1-related  46.55 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2453  ribosomal biogenesis GTPase  42.7 
 
 		 312 aa  242  6e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.643671  normal  0.265294 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1604  GTP-binding protein, HSR1-related  47.29 
 
 		 277 aa  242  7e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452633  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2924  HSR1-related GTP-binding protein  45.82 
 
 		 299 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1301  GTP-binding protein HSR1-related  45.45 
 
 		 299 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000833299 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1095  ribosomal biogenesis GTPase  43.11 
 
 		 283 aa  235  6e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00065113  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2377  ribosomal biogenesis GTPase  43 
 
 		 307 aa  235  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2490  ribosomal biogenesis GTPase  42.71 
 
 		 287 aa  233  5e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000101626  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3661  ribosomal biogenesis GTPase  42.14 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000313796  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3579  ribosomal biogenesis GTPase  42 
 
 		 296 aa  229  7e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000271121  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3880  ribosomal biogenesis GTPase  41.67 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000579568  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3689  ribosomal biogenesis GTPase  42 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0162209  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3597  ribosomal biogenesis GTPase  42 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00124948  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3976  ribosomal biogenesis GTPase  42 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000127206  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3851  ribosomal biogenesis GTPase  42 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.126e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3885  ribosomal biogenesis GTPase  41.67 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000521697  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1307  ribosomal biogenesis GTPase  41.33 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615833  unclonable  1.55704e-25 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1988  ribosomal biogenesis GTPase  44.48 
 
 		 288 aa  226  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0763  GTP-binding protein YlqF  41.11 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000221052  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3936  ribosomal biogenesis GTPase  41.96 
 
 		 296 aa  225  9e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000467955  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0716  GTP1/OBG protein  41.2 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00781144  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1203  GTP-binding protein HSR1-related  42.76 
 
 		 283 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000139155  normal  0.179888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1554  GTP-binding protein  41.09 
 
 		 281 aa  221  9e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1227  GTP-binding protein HSR1-related  45.45 
 
 		 279 aa  219  7e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1707  GTP-binding protein, HSR1-related  40.5 
 
 		 277 aa  216  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.12169  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02636  ribosomal biogenesis GTPase  40.07 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2048  GTP-binding protein, HSR1-related  40.71 
 
 		 284 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000391161  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07360  GTP-binding protein HSR1-related  38.35 
 
 		 282 aa  206  6e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000017476  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1409  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  43.07 
 
 		 271 aa  204  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.421311  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  42.18 
 
 		 292 aa  202  8e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3753  GTP1/OBG protein  40.86 
 
 		 276 aa  197  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336118  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2401  GTP-binding protein HSR1-related  38.46 
 
 		 292 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00457359  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0663  GTP-binding protein, HSR1-related  40.36 
 
 		 284 aa  191  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.011457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1679  ribosomal biogenesis GTPase  39.16 
 
 		 281 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.607688  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1961  ribosomal biogenesis GTPase  39.22 
 
 		 281 aa  188  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.648804  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1293  GTP-binding protein HSR1-related  33.33 
 
 		 280 aa  186  4e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000027879  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0973  GTP-binding protein HSR1-related protein  36.2 
 
 		 282 aa  185  8e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000015477  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1490  GTP-binding protein  37.37 
 
 		 278 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000659617  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0913  GTPase  36.07 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773459 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0186  GTP-binding protein HSR1-related protein  37.5 
 
 		 285 aa  177  3e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0776  GTP-binding protein YlqF  35.69 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.119569  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1013  ribosomal biogenesis GTPase  35.46 
 
 		 283 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.132908  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0919  ribosomal biogenesis GTPase  35.61 
 
 		 284 aa  172  5e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.294572  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0811  ribosomal biogenesis GTPase  33.56 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00749287  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1302  ribosomal biogenesis GTPase  33.93 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00764479  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1327  ribosomal biogenesis GTPase  33.93 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.575844  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0764  GTP-binding protein YlqF  35.48 
 
 		 284 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1416  ribosomal biogenesis GTPase  36.84 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00443588  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl538  GTPase  31.91 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000607031  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0705  GTP-binding protein HSR1-related protein  32.17 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0663  ribosomal biogenesis GTPase  31.14 
 
 		 279 aa  153  5e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.5554  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0973  GTP-binding protein YlqF  38.13 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000216329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1018  GTPase  29.45 
 
 		 282 aa  146  6e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.447609  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0838  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  32.4 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4128  ribosomal biogenesis GTPase  33.57 
 
 		 281 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4089  ribosomal biogenesis GTPase  33.57 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0543  GTPase family protein  29.68 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>