More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2476 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  100 
 
 
241 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  62.95 
 
 
227 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  61.4 
 
 
240 aa  281  7.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  60.96 
 
 
240 aa  278  8e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.96 
 
 
240 aa  278  8e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  60.96 
 
 
240 aa  278  8e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  278  8e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  278  8e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.96 
 
 
240 aa  276  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.89 
 
 
239 aa  276  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.53 
 
 
240 aa  275  4e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.53 
 
 
240 aa  275  5e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.53 
 
 
240 aa  275  5e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.37 
 
 
239 aa  274  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.37 
 
 
239 aa  274  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.37 
 
 
239 aa  274  9e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  61.88 
 
 
243 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  61.54 
 
 
222 aa  269  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  59.73 
 
 
227 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.89 
 
 
243 aa  269  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.37 
 
 
219 aa  268  5e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.37 
 
 
219 aa  268  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  59.74 
 
 
247 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  59.64 
 
 
242 aa  268  7e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  59.28 
 
 
219 aa  267  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  61.99 
 
 
226 aa  267  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  59.19 
 
 
242 aa  266  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  58.3 
 
 
224 aa  261  4.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  59.82 
 
 
227 aa  261  8.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  56.11 
 
 
225 aa  256  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  52.7 
 
 
227 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  49.78 
 
 
232 aa  248  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  57.83 
 
 
247 aa  244  6e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  51.54 
 
 
230 aa  245  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 
226 aa  242  5e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  54.75 
 
 
222 aa  238  5e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 
223 aa  238  8e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.54 
 
 
229 aa  237  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 
230 aa  237  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  52.44 
 
 
226 aa  236  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 
221 aa  234  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.56 
 
 
223 aa  234  9e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  50.89 
 
 
221 aa  231  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  51.09 
 
 
234 aa  228  6e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 
230 aa  227  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  55.75 
 
 
232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  52.74 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.12 
 
 
230 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 
236 aa  201  8e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 
231 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 
231 aa  199  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 
231 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.11 
 
 
234 aa  195  7e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 
227 aa  194  1e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 
225 aa  193  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1569  DNA-binding response regulator ResD  46.19 
 
 
250 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45334e-32 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1601  DNA-binding response regulator ResD  46.19 
 
 
250 aa  192  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.953648  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1386  DNA-binding response regulator ResD  46.19 
 
 
238 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1359  response regulator  46.19 
 
 
238 aa  192  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0319788  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1358  response regulator  46.19 
 
 
238 aa  192  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1497  DNA-binding response regulator ResD  46.19 
 
 
238 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.862661  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 
242 aa  192  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  46.19 
 
 
250 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 
230 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  45.23 
 
 
238 aa  192  4e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  45.73 
 
 
238 aa  192  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  45.73 
 
 
238 aa  192  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 
231 aa  192  5e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1276  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.5 
 
 
242 aa  192  5e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.114994 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 
227 aa  192  5e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 
237 aa  191  8e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  44.87 
 
 
238 aa  190  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 
230 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  49.55 
 
 
229 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 
227 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1775  two component transcriptional regulator  46.35 
 
 
243 aa  190  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 
228 aa  190  2e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 
227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 
231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.33 
 
 
240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  45.7 
 
 
227 aa  189  4e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4670  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.41 
 
 
234 aa  188  7e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 
222 aa  188  9e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  46.4 
 
 
227 aa  187  9e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  46.9 
 
 
226 aa  187  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 
242 aa  187  9e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 
227 aa  187  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 
227 aa  186  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 
230 aa  186  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.26 
 
 
235 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 
231 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  44.35 
 
 
223 aa  186  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 
228 aa  186  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 
225 aa  185  5e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  48.65 
 
 
229 aa  185  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>