More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2422 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  66.47 
 
 
707 aa  917    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4551  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  67.53 
 
 
684 aa  942    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  100 
 
 
698 aa  1405    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0299  hypothetical protein  62.64 
 
 
375 aa  423  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4553  hypothetical protein  61.11 
 
 
341 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0300  hypothetical protein  64.09 
 
 
337 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.367492 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3807  hypothetical protein  62.1 
 
 
341 aa  409  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.477496 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  56.98 
 
 
394 aa  389  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3577  hypothetical protein  54.9 
 
 
359 aa  375  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353102  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1269  hypothetical protein  56.41 
 
 
361 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2873  protein of unknown function DUF453  53.3 
 
 
350 aa  368  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0200218  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0796  hypothetical protein  53.3 
 
 
350 aa  368  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.872175  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0792  hypothetical protein  53.3 
 
 
350 aa  369  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.533425  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0823  hypothetical protein  53.01 
 
 
350 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.581704  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0873  hypothetical protein  53.3 
 
 
350 aa  368  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2893  hypothetical protein  53.3 
 
 
350 aa  368  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.210089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3163  hypothetical protein  54.78 
 
 
359 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2588  hypothetical protein  53.01 
 
 
350 aa  364  2e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1574  hypothetical protein  55.81 
 
 
359 aa  364  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2055  hypothetical protein  55.52 
 
 
359 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3685  hypothetical protein  55.52 
 
 
370 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  49.58 
 
 
353 aa  356  7.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  49.16 
 
 
370 aa  330  8e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  51.27 
 
 
351 aa  326  1e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0878  hypothetical protein  47.83 
 
 
372 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.393363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0988  hypothetical protein  46.72 
 
 
387 aa  319  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.375128  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  49.72 
 
 
363 aa  318  2e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5177  protein of unknown function DUF453  46.8 
 
 
372 aa  318  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.841395  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1879  hypothetical protein  41.48 
 
 
357 aa  311  2.9999999999999997e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  45.26 
 
 
389 aa  308  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  47.35 
 
 
370 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3706  hypothetical protein  47.37 
 
 
382 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0396378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  46.8 
 
 
361 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  45.13 
 
 
363 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  47.08 
 
 
361 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3209  hypothetical protein  45.11 
 
 
369 aa  302  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  46.4 
 
 
362 aa  295  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  46.39 
 
 
360 aa  295  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4451  hypothetical protein  44.54 
 
 
388 aa  293  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  45.85 
 
 
352 aa  293  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  43.85 
 
 
365 aa  291  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  45.45 
 
 
331 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  47.65 
 
 
330 aa  287  5e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  47.65 
 
 
330 aa  287  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  46.84 
 
 
330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  48.66 
 
 
339 aa  283  6.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3250  hypothetical protein  48.99 
 
 
330 aa  280  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.268792 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  44.23 
 
 
395 aa  280  6e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4025  protein of unknown function DUF453  43.18 
 
 
367 aa  277  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  0.0966594 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3547  hypothetical protein  48.88 
 
 
330 aa  273  8.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4279  hypothetical protein  46.31 
 
 
356 aa  271  4e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877893  normal  0.56539 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5284  hypothetical protein  48.99 
 
 
330 aa  269  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145464  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  45.15 
 
 
335 aa  268  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  41.54 
 
 
333 aa  267  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0560  twin-arginine translocation pathway signal  45.34 
 
 
325 aa  266  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  44.97 
 
 
330 aa  266  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  46.51 
 
 
328 aa  266  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  44.97 
 
 
330 aa  266  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  45.3 
 
 
330 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  47 
 
 
328 aa  265  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  44.85 
 
 
327 aa  263  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1691  hypothetical protein  46.33 
 
 
331 aa  262  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1868  hypothetical protein  46.98 
 
 
330 aa  262  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  45.3 
 
 
327 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0483  hypothetical protein  41.72 
 
 
334 aa  261  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4081  hypothetical protein  43.79 
 
 
335 aa  261  4e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1885  hypothetical protein  45.45 
 
 
323 aa  260  7e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  39.53 
 
 
344 aa  259  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1326  hypothetical protein  40.13 
 
 
312 aa  259  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.12583  hitchhiker  7.14872e-17 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2876  hypothetical protein  41.99 
 
 
328 aa  259  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.364701  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  41.59 
 
 
356 aa  259  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  43.65 
 
 
332 aa  259  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3901  hypothetical protein  45.78 
 
 
325 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  41.87 
 
 
331 aa  259  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1270  hypothetical protein  41.49 
 
 
323 aa  258  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1625  hypothetical protein  44.82 
 
 
325 aa  258  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.354122  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2249  hypothetical protein  44.48 
 
 
325 aa  258  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.570594 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1912  hypothetical protein  45.7 
 
 
335 aa  257  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2293  hypothetical protein  44.16 
 
 
320 aa  257  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000010806  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3624  hypothetical protein  41.64 
 
 
330 aa  257  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.210677  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3809  hypothetical protein  42.19 
 
 
310 aa  257  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  43.4 
 
 
329 aa  256  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0969  putative lipoprotein  44.41 
 
 
322 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  45.51 
 
 
324 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4278  hypothetical protein  46.1 
 
 
332 aa  256  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239022  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5741  hypothetical protein  41.86 
 
 
339 aa  256  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2429  hypothetical protein  41.28 
 
 
326 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  45.15 
 
 
324 aa  255  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4611  hypothetical protein  43.62 
 
 
332 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214044  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1106  hypothetical protein  43.96 
 
 
326 aa  254  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3671  extra-cytoplasmic solute receptor  45.35 
 
 
334 aa  254  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  44.23 
 
 
326 aa  253  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2869  hypothetical protein  42.42 
 
 
329 aa  254  6e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  42.28 
 
 
328 aa  253  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2356  hypothetical protein  42.76 
 
 
329 aa  253  6e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.632454  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  40.58 
 
 
325 aa  253  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1726  hypothetical protein  42.36 
 
 
337 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.183123  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  46.18 
 
 
335 aa  252  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  42.17 
 
 
328 aa  252  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2597  hypothetical protein  42.72 
 
 
331 aa  252  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0909173  normal  0.221055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>