More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2391 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
164 aa  330  5e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  55.48 
 
 
165 aa  154  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  38.93 
 
 
161 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  36.64 
 
 
169 aa  93.2  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  37.88 
 
 
169 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.06 
 
 
209 aa  82.4  2e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.89 
 
 
242 aa  75.1  4e-13  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.71 
 
 
251 aa  73.9  1e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.83 
 
 
219 aa  72  3e-12  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  29.14 
 
 
243 aa  71.6  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
227 aa  70.9  7e-12  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.51 
 
 
226 aa  70.9  8e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  30.34 
 
 
381 aa  69.7  1e-11  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.93 
 
 
225 aa  69.3  2e-11  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.95 
 
 
225 aa  68.6  4e-11  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  31.69 
 
 
413 aa  67  1e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  31.03 
 
 
419 aa  67  1e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.61 
 
 
225 aa  66.6  2e-10  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3151  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.62 
 
 
196 aa  65.9  2e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355427  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.88 
 
 
225 aa  65.9  2e-10  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
231 aa  65.1  4e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.48 
 
 
253 aa  63.2  1e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  29.33 
 
 
167 aa  62.4  2e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  34.07 
 
 
412 aa  63.2  2e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
249 aa  62.8  2e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
227 aa  62  3e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 
220 aa  62.4  3e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  34.51 
 
 
747 aa  62  3e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.56 
 
 
228 aa  61.6  4e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5025  cyclic nucleotide-binding  35.88 
 
 
749 aa  61.6  4e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0554599  normal  0.33022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.58 
 
 
224 aa  62  4e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.37 
 
 
141 aa  61.6  5e-09  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 
229 aa  61.2  5e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  35.25 
 
 
739 aa  61.6  5e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
225 aa  61.2  6e-09  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  30.07 
 
 
417 aa  61.2  6e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.45 
 
 
226 aa  61.2  6e-09  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.91 
 
 
1056 aa  60.8  7e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3025  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
179 aa  60.8  7e-09  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339332  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.61 
 
 
226 aa  61.2  7e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  31.54 
 
 
801 aa  60.8  9e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.37 
 
 
146 aa  59.7  1e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
225 aa  60.1  1e-08  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  30.48 
 
 
419 aa  60.5  1e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  31.09 
 
 
224 aa  59.3  2e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.71 
 
 
224 aa  59.7  2e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
228 aa  59.7  2e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
225 aa  59.7  2e-08  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.85 
 
 
155 aa  58.9  3e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  28.47 
 
 
322 aa  58.9  3e-08  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 
225 aa  58.9  3e-08  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
226 aa  58.5  4e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.52 
 
 
228 aa  58.5  4e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  26.14 
 
 
225 aa  58.5  4e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.22 
 
 
222 aa  58.5  4e-08  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.32 
 
 
225 aa  58.2  5e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  36.78 
 
 
225 aa  57.8  6e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
225 aa  57.8  6e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  9.29699e-05 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2172  cyclic nucleotide-binding protein  24.82 
 
 
164 aa  57.8  6e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.547767  normal  0.101987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 
230 aa  57.8  7e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  28.67 
 
 
167 aa  57.8  7e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  29.11 
 
 
224 aa  57.4  8e-08  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 
155 aa  56.6  1e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.7 
 
 
408 aa  57  1e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  29.2 
 
 
149 aa  57  1e-07  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  29.41 
 
 
224 aa  56.6  1e-07  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.08 
 
 
409 aa  57  1e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4798  cyclic nucleotide-binding protein  28.93 
 
 
227 aa  57  1e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  27.4 
 
 
148 aa  56.6  1e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.29 
 
 
226 aa  56.2  2e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  34.86 
 
 
367 aa  56.2  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.58 
 
 
226 aa  56.2  2e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
224 aa  56.2  2e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.44 
 
 
224 aa  56.2  2e-07  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
224 aa  55.5  3e-07  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
224 aa  55.8  3e-07  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
224 aa  55.8  3e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  28.19 
 
 
528 aa  55.5  3e-07  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
224 aa  55.5  3e-07  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
503 aa  55.5  3e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 
1075 aa  55.5  3e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  30.36 
 
 
157 aa  55.5  3e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
224 aa  55.5  3e-07  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3179  cyclic nucleotide-binding protein  31.08 
 
 
639 aa  55.5  3e-07  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.26 
 
 
225 aa  55.1  4e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.39 
 
 
224 aa  55.1  4e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.8 
 
 
242 aa  54.7  5e-07  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.03 
 
 
224 aa  54.7  5e-07  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  26.57 
 
 
154 aa  54.7  5e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.88 
 
 
220 aa  54.7  6e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  26.17 
 
 
155 aa  54.7  6e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.62 
 
 
238 aa  54.7  6e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  29.05 
 
 
286 aa  54.3  7e-07  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  31.82 
 
 
1048 aa  53.9  9e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3570  putative glutaminase  30.66 
 
 
620 aa  53.5  1e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.615084 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.26 
 
 
226 aa  53.5  1e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
230 aa  53.5  1e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  25.85 
 
 
171 aa  53.9  1e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  28.86 
 
 
308 aa  53.5  1e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 
236 aa  53.5  1e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>