More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2383 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2383  integrase family protein  100 
 
 
427 aa  874    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  54.2 
 
 
404 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  49.1 
 
 
404 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  49.36 
 
 
438 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  47.69 
 
 
404 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  47.69 
 
 
404 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  47.44 
 
 
404 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  48.2 
 
 
391 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  47.3 
 
 
404 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  45.13 
 
 
404 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  43.96 
 
 
406 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  45.66 
 
 
413 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  44.02 
 
 
402 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  45.01 
 
 
401 aa  282  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  39.22 
 
 
409 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  43.65 
 
 
407 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  39.65 
 
 
410 aa  276  5e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  42.25 
 
 
394 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  36.86 
 
 
404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  43.15 
 
 
402 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  41.48 
 
 
420 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  41.79 
 
 
400 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  42.31 
 
 
404 aa  272  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  37.79 
 
 
394 aa  272  9e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  37.79 
 
 
394 aa  272  9e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  38.56 
 
 
396 aa  272  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  38.92 
 
 
396 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  38.4 
 
 
417 aa  268  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  42.25 
 
 
401 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  41.13 
 
 
403 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  41.48 
 
 
421 aa  267  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  44.7 
 
 
419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  44.7 
 
 
419 aa  266  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  42.42 
 
 
407 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  36.1 
 
 
404 aa  266  7e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  37.66 
 
 
404 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  41.69 
 
 
421 aa  265  1e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  41.41 
 
 
445 aa  264  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  37.4 
 
 
404 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  42.93 
 
 
406 aa  263  3e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  38.14 
 
 
402 aa  263  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  39.64 
 
 
396 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  41.28 
 
 
405 aa  262  8e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  40.43 
 
 
367 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  39.27 
 
 
394 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  37.64 
 
 
387 aa  260  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.01 
 
 
402 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  36.87 
 
 
404 aa  259  8e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  36.87 
 
 
404 aa  259  8e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  36.87 
 
 
404 aa  258  1e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  41.21 
 
 
415 aa  258  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  42.44 
 
 
429 aa  258  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  40.61 
 
 
410 aa  256  5e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  41.24 
 
 
403 aa  256  5e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  41.75 
 
 
428 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  39.8 
 
 
412 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  39.23 
 
 
407 aa  252  8.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  42 
 
 
425 aa  252  8.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  40.26 
 
 
414 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.81 
 
 
394 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  41.75 
 
 
425 aa  251  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  36.6 
 
 
397 aa  251  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  42.42 
 
 
419 aa  251  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  38.92 
 
 
396 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  37.89 
 
 
395 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.27 
 
 
394 aa  249  6e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  39.65 
 
 
412 aa  247  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  40.55 
 
 
418 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  41.09 
 
 
433 aa  245  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  37.63 
 
 
413 aa  244  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  40.55 
 
 
418 aa  244  3e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  35.57 
 
 
387 aa  244  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  35.68 
 
 
389 aa  243  3.9999999999999997e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  39.65 
 
 
421 aa  243  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.64 
 
 
420 aa  243  7e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  38.29 
 
 
424 aa  242  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  40.55 
 
 
428 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.64 
 
 
422 aa  242  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2191  Phage integrase  41.16 
 
 
418 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  38.89 
 
 
420 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  36.99 
 
 
401 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  38.54 
 
 
419 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  39.14 
 
 
411 aa  240  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  35.31 
 
 
391 aa  240  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  38.94 
 
 
419 aa  240  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  38.64 
 
 
421 aa  239  5e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  37.94 
 
 
420 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  39.14 
 
 
421 aa  239  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  37.5 
 
 
389 aa  239  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  38.54 
 
 
419 aa  239  9e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  38.54 
 
 
419 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  37.37 
 
 
414 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  39.49 
 
 
404 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  40.11 
 
 
378 aa  238  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  37.5 
 
 
412 aa  237  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  39.25 
 
 
419 aa  237  3e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  40.46 
 
 
402 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  38.79 
 
 
419 aa  236  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  37.37 
 
 
421 aa  236  6e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1632  phage integrase  36.46 
 
 
413 aa  236  6e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.986406  hitchhiker  0.00880856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>