More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2200 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  100 
 
 		 415 aa  847    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  63.34 
 
 		 421 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  63.82 
 
 		 403 aa  498  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  55.61 
 
 		 413 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  51.34 
 
 		 413 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  48.66 
 
 		 413 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  48.06 
 
 		 412 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  49.03 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  49.01 
 
 		 421 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  49.75 
 
 		 433 aa  381  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  48.12 
 
 		 429 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  47.32 
 
 		 406 aa  366  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  47.8 
 
 		 406 aa  365  1e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  45.37 
 
 		 420 aa  363  2e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  46.73 
 
 		 403 aa  363  3e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  46.75 
 
 		 404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  47.23 
 
 		 405 aa  355  6.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  46.6 
 
 		 411 aa  354  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  46.34 
 
 		 407 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  46.38 
 
 		 403 aa  342  5.999999999999999e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  47.26 
 
 		 378 aa  341  1e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  46.1 
 
 		 404 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  43.99 
 
 		 428 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  43.45 
 
 		 410 aa  340  4e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  45.48 
 
 		 407 aa  339  4e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  46.97 
 
 		 409 aa  339  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  44.23 
 
 		 445 aa  332  6e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  42.96 
 
 		 404 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  42.54 
 
 		 419 aa  321  9.999999999999999e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  44.5 
 
 		 391 aa  318  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  43.17 
 
 		 404 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  44.8 
 
 		 398 aa  317  4e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  45.04 
 
 		 404 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  42.51 
 
 		 412 aa  313  3.9999999999999997e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  42.2 
 
 		 462 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  43.96 
 
 		 403 aa  310  2e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  43.96 
 
 		 394 aa  309  5e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  42.04 
 
 		 402 aa  309  6.999999999999999e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  43.13 
 
 		 405 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  43 
 
 		 404 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  40.79 
 
 		 427 aa  300  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  42.75 
 
 		 412 aa  298  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  43.5 
 
 		 438 aa  297  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  37.59 
 
 		 404 aa  290  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  41.3 
 
 		 404 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  41.3 
 
 		 404 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  41.06 
 
 		 404 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  38.69 
 
 		 404 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  38.44 
 
 		 404 aa  285  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  38.44 
 
 		 404 aa  285  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  44.05 
 
 		 399 aa  285  8e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  39.36 
 
 		 397 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  40.68 
 
 		 404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  41.93 
 
 		 407 aa  282  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  40.53 
 
 		 404 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  41.5 
 
 		 401 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  41.99 
 
 		 412 aa  280  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  40.96 
 
 		 402 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  39.39 
 
 		 394 aa  278  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.64 
 
 		 402 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  38.96 
 
 		 404 aa  276  7e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  38.62 
 
 		 396 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  40.83 
 
 		 396 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  39.66 
 
 		 419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  38.21 
 
 		 404 aa  272  8.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  41.18 
 
 		 401 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  38.01 
 
 		 404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  38.87 
 
 		 396 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.68 
 
 		 394 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.93 
 
 		 394 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0662  phage integrase family protein  40.46 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  37.74 
 
 		 402 aa  268  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  38.94 
 
 		 418 aa  267  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  40.34 
 
 		 425 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  38.27 
 
 		 419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  39.53 
 
 		 402 aa  266  4e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  37.84 
 
 		 396 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  39.41 
 
 		 421 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  36.22 
 
 		 395 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2383  integrase family protein  41.21 
 
 		 427 aa  266  5.999999999999999e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  35.24 
 
 		 419 aa  266  7e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  38.02 
 
 		 419 aa  266  7e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  37.38 
 
 		 424 aa  265  8e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.67 
 
 		 420 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  39.16 
 
 		 418 aa  264  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  38.92 
 
 		 420 aa  264  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  37.78 
 
 		 397 aa  264  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  37.14 
 
 		 419 aa  263  4.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  38.67 
 
 		 421 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  38.31 
 
 		 411 aa  262  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  40.54 
 
 		 419 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  36.65 
 
 		 419 aa  261  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  36.93 
 
 		 409 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  36.41 
 
 		 419 aa  260  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  38.42 
 
 		 421 aa  259  9e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.18 
 
 		 421 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1514  integrase family protein  35.96 
 
 		 423 aa  258  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  37.5 
 
 		 417 aa  256  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  36.78 
 
 		 387 aa  256  5e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  38.39 
 
 		 419 aa  256  5e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>