48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1999 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1999  hypothetical protein  100 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000468995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0441  hypothetical protein  41.72 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.946293 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0652  hypothetical protein  42.05 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0610  hypothetical protein  40.43 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4787  protein of unknown function DUF399  39.08 
 
 		 256 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0298  hypothetical protein  41.57 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1104  hypothetical protein  39.59 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0421  protein of unknown function DUF399  37.18 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.950596  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0430  hypothetical protein  45.95 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0707  hypothetical protein  45.41 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4550  hypothetical protein  35.29 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000869359  decreased coverage  0.0000000103556 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42580  iron(III) ABC transporter  34.4 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00000751196  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4686  hypothetical protein  34.87 
 
 		 294 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0433823  hitchhiker  0.00020282 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62270  hypothetical protein  36.79 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118549  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4684  hypothetical protein  33.19 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139338  unclonable  2.48633e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5421  hypothetical protein  34.39 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00114595  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0996  hypothetical protein  32.02 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000003663  unclonable  1.3879200000000002e-18 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2981  hypothetical protein  33.33 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.485349  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3179  protein of unknown function DUF399  33.46 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0322303  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3071  protein of unknown function DUF399  33.58 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0118  CjrA  29.69 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0748  hypothetical protein  33.47 
 
 		 295 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345483  decreased coverage  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4797  hypothetical protein  29.45 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000115582  unclonable  0.0000208152 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3583  hypothetical protein  29.53 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3428  putative lipoprotein  31.3 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.243183  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2390  protein of unknown function DUF399  38.5 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3469  hypothetical protein  29.22 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0511  protein of unknown function DUF399  30.69 
 
 		 322 aa  77.8  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0483  hypothetical protein  31.85 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1052  chain X  26.15 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2253  hypothetical protein  32.32 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.558397  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0457  hypothetical protein  30.59 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2977  hypothetical protein  30.28 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0600  hypothetical protein  31.12 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0170  TonB-dependent colicin lipoprotein, putative  24.67 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2937  hypothetical protein  27.62 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.302758 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3139  hypothetical protein  26.21 
 
 		 282 aa  53.9  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2756  protein of unknown function DUF399  26.72 
 
 		 292 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1815  protein of unknown function DUF399  29.17 
 
 		 280 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0316353 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0349  hypothetical protein  25 
 
 		 282 aa  46.6  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148498 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1587  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  28.44 
 
 		 395 aa  45.4  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.397404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03054  hypothetical protein  27 
 
 		 315 aa  45.8  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2447  protein of unknown function DUF399  33.33 
 
 		 561 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0548  protein of unknown function DUF399  24.89 
 
 		 282 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.79129 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0461  protein of unknown function DUF399  27.82 
 
 		 392 aa  43.9  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.978142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002904  uncharacterized iron-regulated protein  24.12 
 
 		 315 aa  43.9  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0541  PDZ/DHR/GLGF  27.46 
 
 		 462 aa  43.5  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0149292  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1114  hypothetical protein  28.5 
 
 		 285 aa  42.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>