More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1968 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_3496  acriflavin resistance protein  37.16 
 
 		 1026 aa  706    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  44.2 
 
 		 1048 aa  817    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0945  multidrug efflux protein  41.83 
 
 		 1014 aa  758    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.58 
 
 		 1034 aa  797    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2782  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.29 
 
 		 1036 aa  706    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0804863  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0906  multidrug efflux protein  41.63 
 
 		 1014 aa  755    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216177  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2065  acriflavin resistance protein  39.22 
 
 		 1027 aa  695    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.824615  normal  0.45428 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1581  RND HAE1/HME family protein  40.14 
 
 		 1036 aa  696    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  54.68 
 
 		 1024 aa  1104    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3476  acriflavin resistance protein  41.64 
 
 		 1028 aa  773    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.247927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0891  RND efflux transporter  40.1 
 
 		 1029 aa  715    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.668261  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  38.12 
 
 		 1047 aa  688    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4944  multidrug efflux protein  42.31 
 
 		 1018 aa  778    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.978867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3926  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.49 
 
 		 1029 aa  758    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0277  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  39.37 
 
 		 1043 aa  642    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0517386  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  55.79 
 
 		 1022 aa  1149    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_004310  BR1088  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  42.23 
 
 		 1029 aa  776    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.53 
 
 		 1031 aa  791    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.42 
 
 		 1046 aa  691    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0291  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  39.37 
 
 		 1043 aa  640    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0768  acriflavin resistance protein  40.4 
 
 		 1032 aa  703    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1045  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40.14 
 
 		 1033 aa  678    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0786  hypothetical protein  39.8 
 
 		 1015 aa  744    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0767  acriflavin resistance plasma membrane protein  38.16 
 
 		 1022 aa  712    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.450822  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0757  hypothetical protein  40 
 
 		 1015 aa  747    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3269  putative multidrug resistance protein  39.64 
 
 		 1023 aa  734    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  70.51 
 
 		 1064 aa  1478    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0032  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40.14 
 
 		 1033 aa  678    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  37.08 
 
 		 1033 aa  665    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0778  acriflavin resistance protein  68.29 
 
 		 1040 aa  1338    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2283  acriflavin resistance protein  41.34 
 
 		 1031 aa  743    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.212799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  37.99 
 
 		 1057 aa  671    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0079  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40.14 
 
 		 1036 aa  696    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0201  acriflavin resistance protein  37.74 
 
 		 1028 aa  690    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0707  acriflavin resistance protein  39.65 
 
 		 1025 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  42.05 
 
 		 1009 aa  776    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0175  acriflavin resistance protein  43.26 
 
 		 1046 aa  771    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2803  RND family multidrug/cation transporter  40.81 
 
 		 1025 aa  711    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2244  AcrB/AcrD/AcrF cation/multidrug efflux pump  40.82 
 
 		 1030 aa  719    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1155  acriflavin resistance protein  39.92 
 
 		 1025 aa  695    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2940  acriflavin resistance protein  39.63 
 
 		 1032 aa  711    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00284054  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2000  acriflavin resistance protein  39.55 
 
 		 1028 aa  692    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1202  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40.14 
 
 		 1033 aa  678    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  38.33 
 
 		 1036 aa  704    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1988  acriflavin resistance protein  39.15 
 
 		 1011 aa  686    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2094  acriflavin resistance protein  43.32 
 
 		 1037 aa  796    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3699  acriflavin resistance protein  42.01 
 
 		 1029 aa  757    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.459748  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1287  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  39.94 
 
 		 1036 aa  698    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  43.03 
 
 		 1031 aa  794    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2236  acriflavin resistance protein  39.15 
 
 		 1047 aa  694    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  42.91 
 
 		 1031 aa  798    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3649  acriflavin resistance protein  41.35 
 
 		 1035 aa  724    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1118  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.39 
 
 		 1043 aa  677    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0778165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1651  acriflavin resistance protein  40.64 
 
 		 1026 aa  727    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3678  acriflavin resistance protein  39 
 
 		 1027 aa  688    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3372  acriflavin resistance protein  39.75 
 
 		 1021 aa  683    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  42.12 
 
 		 1042 aa  790    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  38.03 
 
 		 1046 aa  687    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0528  acriflavin resistance protein  38.72 
 
 		 1026 aa  695    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  42.73 
 
 		 1031 aa  795    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2737  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  39.22 
 
 		 1026 aa  689    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.917561 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  70.51 
 
 		 1051 aa  1469    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1738  acriflavin resistance protein  46.9 
 
 		 1038 aa  805    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3170  acriflavin resistance protein  38.12 
 
 		 1047 aa  688    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1738  acriflavin resistance protein  42.04 
 
 		 1031 aa  774    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0173564  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1810  acriflavin resistance protein  41.27 
 
 		 1034 aa  746    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2847  RND family multidrug efflux protein  41.49 
 
 		 1032 aa  754    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3139  acriflavin resistance protein  40.28 
 
 		 1012 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.389349  normal  0.483157 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  41.63 
 
 		 1017 aa  770    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1439  acriflavin resistance protein  43.19 
 
 		 1035 aa  758    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100841  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2699  acriflavin resistance protein  40.58 
 
 		 1029 aa  733    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.984927  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1497  RND HAE1/HME family protein  40.14 
 
 		 1036 aa  696    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1024  acriflavin resistance protein  39.57 
 
 		 1037 aa  691    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.197282 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2173  acriflavin resistance protein  42.33 
 
 		 1029 aa  768    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.310659  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  40.95 
 
 		 1036 aa  734    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2618  acriflavin resistance protein  41.37 
 
 		 1024 aa  741    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0519656  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2796  acriflavin resistance protein  37.97 
 
 		 1040 aa  637    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  38.48 
 
 		 1026 aa  722    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2658  multidrug efflux membrane fusion protein  39.24 
 
 		 1030 aa  718    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0615  cation/multidrug efflux protein  40.12 
 
 		 1038 aa  678    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  41.79 
 
 		 1068 aa  778    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  38.71 
 
 		 1051 aa  699    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  42.73 
 
 		 1031 aa  795    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0382  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40.14 
 
 		 1033 aa  678    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  38.71 
 
 		 1051 aa  696    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  42.83 
 
 		 1031 aa  796    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1496  acriflavin resistance protein  40.81 
 
 		 1025 aa  712    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.431205 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  45.23 
 
 		 1036 aa  804    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  37.8 
 
 		 1034 aa  712    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  40.73 
 
 		 1040 aa  731    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09520  RND efflux transporter  40.1 
 
 		 1029 aa  713    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.652607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56890  multidrug efflux protein  42.83 
 
 		 1018 aa  786    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2033  acriflavin resistance protein  38.42 
 
 		 1044 aa  647    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  58.17 
 
 		 1024 aa  1129    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  39.73 
 
 		 1042 aa  704    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  42.91 
 
 		 1031 aa  799    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2552  putative multidrug resistance protein  40.59 
 
 		 1036 aa  757    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000475921  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2270  acriflavin resistance protein  39.76 
 
 		 1049 aa  658    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446759  normal  0.133949 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0371  acriflavin resistance protein  40.43 
 
 		 1029 aa  740    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  38.71 
 
 		 1051 aa  699    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>