211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1942 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1942  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 283 aa  561  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  56.8 
 
 		 263 aa  273  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  48.12 
 
 		 253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  45.88 
 
 		 249 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  46.24 
 
 		 253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  46.27 
 
 		 268 aa  219  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  44 
 
 		 259 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  46.46 
 
 		 261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  46.46 
 
 		 261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  46.4 
 
 		 265 aa  213  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  42.31 
 
 		 260 aa  212  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  36.92 
 
 		 249 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  36.96 
 
 		 249 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  36.15 
 
 		 252 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  35.9 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  36.4 
 
 		 252 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  34.39 
 
 		 274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  36 
 
 		 249 aa  161  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  36.8 
 
 		 234 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  36.8 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  36.8 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  36.8 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  36.8 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  36.8 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  36.8 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  34.92 
 
 		 249 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  34.92 
 
 		 249 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 261 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  34.92 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  34.92 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  34.92 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  34.92 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  34.43 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  34.52 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  33.46 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  32.16 
 
 		 243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  31.27 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  29.11 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  29.74 
 
 		 274 aa  99.8  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  26.9 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  28.57 
 
 		 285 aa  92.4  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  28.14 
 
 		 271 aa  92  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  29.77 
 
 		 257 aa  89.4  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  30.45 
 
 		 248 aa  89  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  26.61 
 
 		 263 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  27.71 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  33.83 
 
 		 270 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  25.09 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  32.14 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  31.45 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  33.93 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  29.15 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  33.33 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  33.33 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  32.52 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  29.95 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610917  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  32.26 
 
 		 274 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  30.58 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  32.52 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  34.48 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  33.05 
 
 		 269 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  32.26 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  32.52 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  24.74 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  32.31 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  33.94 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  32.31 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  30.63 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  32.23 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  30.94 
 
 		 268 aa  73.9  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  29.51 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  29.19 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  30.58 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  29.51 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  29.51 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  27.11 
 
 		 271 aa  72  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 242 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  25.76 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000257088  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  24.1 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  25.71 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  30.23 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  26.21 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000911459  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  24.64 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  26.21 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000201827  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  26.21 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000756054  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  29.03 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  26.21 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  32.2 
 
 		 487 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  26.15 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  26.16 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  29.03 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000582291  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  29.03 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000167584  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  29.27 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  25.24 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  30.16 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  34.51 
 
 		 222 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  29.03 
 
 		 249 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>