76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1941 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1941  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  100 
 
 
371 aa  718    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.368246 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0739  hypothetical protein  54.47 
 
 
371 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.359729  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2671  hypothetical protein  51.21 
 
 
371 aa  378  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00350575  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1987  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  55.37 
 
 
374 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0799  YeeE/YedE  52.02 
 
 
373 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236196  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0732  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  52.85 
 
 
371 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.90241  normal  0.157208 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0688  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  52.57 
 
 
371 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1028  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  49.32 
 
 
373 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0811  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  48.23 
 
 
373 aa  359  5e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.865482  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4041  YeeE/YedE  49.6 
 
 
367 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0777  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  49.44 
 
 
368 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226768  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1485  putative transmembrane protein  50 
 
 
374 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.552146 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3776  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  44.2 
 
 
373 aa  263  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2440  putative transmembrane protein  42.9 
 
 
373 aa  211  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.746191  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2201  transmembrane protein  35.37 
 
 
420 aa  205  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000866574 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4152  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  40.65 
 
 
347 aa  195  9e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0839918  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1667  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  35.31 
 
 
423 aa  195  9e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.432658  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2224  hypothetical protein  35.66 
 
 
421 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2872  hypothetical protein  36.86 
 
 
357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.418737  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0571  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.84 
 
 
423 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.484751  normal  0.560137 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0151  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  38.44 
 
 
345 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1966  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  36.62 
 
 
421 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629772  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2696  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  34.26 
 
 
360 aa  170  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3665  YeeE/YedE family membrane protein  34.23 
 
 
352 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318075  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4970  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  37.06 
 
 
351 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.317851  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1528  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  38.1 
 
 
368 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1268  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  33.33 
 
 
368 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4968  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32.94 
 
 
400 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4379  hypothetical protein  33.13 
 
 
400 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.204255  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4381  hypothetical protein  38.21 
 
 
351 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4263  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  33.53 
 
 
400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409839  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3923  hypothetical protein  33.82 
 
 
348 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.554926 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2813  hypothetical protein  33.63 
 
 
362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.106511 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4145  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.88 
 
 
349 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689999  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4955  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.3 
 
 
370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3126  YeeE/YedE  30.03 
 
 
361 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3774  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  29.97 
 
 
374 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4250  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  30.12 
 
 
363 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.778498  normal  0.233136 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4366  hypothetical protein  30.65 
 
 
363 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3681  putative membrane protein of unknown function with YeeE/YedE motives  28.87 
 
 
366 aa  97.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241689  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3909  hypothetical protein  28.45 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.192183 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0511  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.12 
 
 
330 aa  84.3  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000413537  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4161  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  27.79 
 
 
360 aa  84  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1097  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.41 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1823  transporter component  25.93 
 
 
343 aa  69.3  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00974172  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2101  inner membrane protein YeeE  26.11 
 
 
344 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00550  predicted transporter component  28.57 
 
 
385 aa  66.6  0.0000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01916  predicted inner membrane protein  26.46 
 
 
352 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2151  YeeE/YedE family membrane protein  25.85 
 
 
352 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01902  hypothetical protein  26.46 
 
 
352 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2946  membrane protein, YeeE/YedE family  25.54 
 
 
352 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000897604 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1627  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  24.85 
 
 
352 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.275433 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1759  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  28.19 
 
 
332 aa  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000112803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1047  YeeE/YedE family membrane protein  26.46 
 
 
352 aa  63.2  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.588627  normal  0.12651 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1644  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  24.69 
 
 
334 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1601  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  33.33 
 
 
416 aa  62.4  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000382495  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1287  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  37.17 
 
 
364 aa  61.6  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.298807 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2082  hypothetical protein  22.16 
 
 
359 aa  61.2  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000100553  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2119  hypothetical protein  22.16 
 
 
359 aa  61.2  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0187465  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1055  hypothetical protein  36.97 
 
 
371 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.523045  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4319  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  27.25 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0355318  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0449  hypothetical protein  27.17 
 
 
394 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04720  YeeE/YedE family protein (DUF395)  25.29 
 
 
359 aa  50.8  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1260  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.33 
 
 
402 aa  51.2  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1170  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36.73 
 
 
368 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100634  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0063  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  28.7 
 
 
471 aa  47.4  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2304  YeeE/YedE family membrane protein  28.7 
 
 
349 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3453  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  23.43 
 
 
371 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3168  hypothetical protein  30.97 
 
 
365 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0717  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36 
 
 
215 aa  45.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1696  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26 
 
 
185 aa  44.3  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000839516 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04350  YeeE/YedE family protein (DUF395)  23.54 
 
 
355 aa  44.3  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217444 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22780  YeeE/YedE family protein (DUF395)  28.57 
 
 
375 aa  44.3  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1478  putative inner membrane protein  27.5 
 
 
414 aa  43.5  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0829  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  29.47 
 
 
409 aa  43.1  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.100315  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0372  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  25.45 
 
 
415 aa  42.7  0.01  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>