More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1826 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  50.53 
 
 		 743 aa  669    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 723 aa  1463    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  39.43 
 
 		 720 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  42.57 
 
 		 709 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  40.54 
 
 		 736 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  40.77 
 
 		 742 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  39.72 
 
 		 706 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  39.29 
 
 		 706 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  38.42 
 
 		 726 aa  419  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  39.29 
 
 		 706 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  37.77 
 
 		 700 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  37.36 
 
 		 700 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 700 aa  419  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  38.13 
 
 		 700 aa  419  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  38.13 
 
 		 700 aa  419  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 700 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  37.77 
 
 		 700 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  39.29 
 
 		 706 aa  419  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  39.15 
 
 		 721 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  37.23 
 
 		 700 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  38.04 
 
 		 700 aa  415  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  39.1 
 
 		 712 aa  412  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  40.2 
 
 		 731 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  37.13 
 
 		 728 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  38.6 
 
 		 705 aa  405  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  39.15 
 
 		 715 aa  403  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  37.41 
 
 		 710 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  38.61 
 
 		 694 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  37.13 
 
 		 706 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  38.86 
 
 		 697 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  36.65 
 
 		 681 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  37.88 
 
 		 723 aa  363  5.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 706 aa  319  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 		 701 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 705 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 675 aa  264  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 678 aa  238  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 688 aa  233  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  29.9 
 
 		 691 aa  215  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 680 aa  177  8e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 791 aa  136  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 791 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  24.56 
 
 		 703 aa  125  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  26.44 
 
 		 797 aa  123  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 700 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 770 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  21.96 
 
 		 701 aa  112  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 681 aa  112  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 780 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.45 
 
 		 696 aa  108  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 687 aa  105  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  27.14 
 
 		 712 aa  104  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 736 aa  103  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 688 aa  102  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 742 aa  102  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 734 aa  100  7e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 698 aa  100  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  24.64 
 
 		 704 aa  99  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  24.5 
 
 		 727 aa  95.5  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 726 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 776 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 657 aa  92.4  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 776 aa  92  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  20.93 
 
 		 762 aa  91.7  5e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  24.5 
 
 		 690 aa  90.9  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 737 aa  90.1  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 774 aa  90.1  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 757 aa  87.8  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  22.52 
 
 		 692 aa  87.4  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 638 aa  85.9  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 717 aa  85.5  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 682 aa  85.5  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 715 aa  85.5  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 782 aa  85.5  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 678 aa  83.2  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.74 
 
 		 724 aa  82.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  25.85 
 
 		 757 aa  81.6  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 741 aa  81.6  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 713 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  22.88 
 
 		 788 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 769 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  24.18 
 
 		 696 aa  79.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 704 aa  79.3  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 681 aa  79.7  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  26.49 
 
 		 691 aa  79  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 700 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  23.15 
 
 		 703 aa  79.3  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  24.69 
 
 		 787 aa  79  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  24.64 
 
 		 828 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  22.92 
 
 		 713 aa  78.2  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  25.7 
 
 		 735 aa  77.8  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 706 aa  77  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 800 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 801 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 		 784 aa  75.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  21.92 
 
 		 769 aa  75.5  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 626 aa  74.3  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 730 aa  73.9  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  25.36 
 
 		 666 aa  73.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  21.33 
 
 		 656 aa  72.4  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>