67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1808 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1808  TIR protein  100 
 
 
500 aa  1009    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211372 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2208  serine/threonine protein kinase  35.49 
 
 
877 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4264  Toll-interleukin receptor  32.89 
 
 
627 aa  240  4e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1168  TIR protein  33.46 
 
 
520 aa  238  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3077  toll-interleukin receptor  26.71 
 
 
623 aa  186  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.783629 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2972  hypothetical protein  32.84 
 
 
537 aa  174  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1512  TIR protein  25.99 
 
 
638 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00867702 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  28.67 
 
 
547 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4253  serine/threonine protein kinase  30.59 
 
 
662 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.340258  normal  0.0204039 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3967  hypothetical protein  30.29 
 
 
446 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.286064 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  26.98 
 
 
648 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4407  hypothetical protein  28.28 
 
 
475 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.684073 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1625  hypothetical protein  27.46 
 
 
466 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.236851 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4814  hypothetical protein  27.22 
 
 
534 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.592191  normal  0.650141 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5745  hypothetical protein  27.52 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5742  hypothetical protein  29.36 
 
 
470 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3808  hypothetical protein  29.38 
 
 
456 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2158  hypothetical protein  29.08 
 
 
456 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.621981 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2114  hypothetical protein  29.08 
 
 
456 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3060  hypothetical protein  27.05 
 
 
405 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3861  hypothetical protein  26.46 
 
 
450 aa  121  3e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.124994 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4878  hypothetical protein  26.32 
 
 
457 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1449  hypothetical protein  26.63 
 
 
456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1420  hypothetical protein  26.63 
 
 
456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0227  hypothetical protein  23.66 
 
 
438 aa  103  8e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1814  hypothetical protein  25.24 
 
 
511 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.191783  hitchhiker  0.000537026 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0813  hypothetical protein  24.91 
 
 
491 aa  97.8  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1624  WD-40 repeat-containing protein  28.51 
 
 
1176 aa  93.2  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.228401 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0228  putative Chase2 sensor protein  24.21 
 
 
787 aa  91.3  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.433927 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4408  WD-40 repeat protein  27.53 
 
 
1177 aa  90.1  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.760311 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  25.63 
 
 
1477 aa  88.2  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2507  putative Chase2 sensor protein  23.28 
 
 
902 aa  87  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.476468  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3607  putative Chase2 sensor protein  22.77 
 
 
902 aa  86.7  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  26.01 
 
 
2077 aa  86.7  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  25.84 
 
 
1367 aa  84  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5741  serine/threonine protein kinase  24.35 
 
 
1914 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  24.42 
 
 
1161 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4022  hypothetical protein  26.27 
 
 
854 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.864107  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  24.42 
 
 
1161 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3968  serine/threonine protein kinase  24.63 
 
 
1908 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.221286 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3059  putative Chase2 sensor protein  24.65 
 
 
781 aa  80.5  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.321518 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  24.4 
 
 
1214 aa  80.1  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  23.24 
 
 
1164 aa  77  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  23.26 
 
 
1163 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3863  serine/threonine protein kinase  26 
 
 
1932 aa  74.7  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.16281 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4983  WD-40 repeat-containing protein  22.6 
 
 
891 aa  73.9  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.709938 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5743  TPR repeat-containing protein  25.61 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1353  TPR repeat-containing protein  22.19 
 
 
864 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4252  WD-40 repeat protein  22.99 
 
 
1209 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23422  hitchhiker  0.00156947 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1813  WD repeat-containing protein  22.25 
 
 
376 aa  61.6  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0550116  hitchhiker  0.000537026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1847  hypothetical protein  23.39 
 
 
870 aa  60.8  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.277811  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  24.69 
 
 
1190 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4289  hypothetical protein  30.66 
 
 
137 aa  57  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6381  hypothetical protein  34.86 
 
 
414 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.381566 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  35.48 
 
 
1348 aa  51.6  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1507  putative signal transduction protein with Nacht domain protein  29.2 
 
 
825 aa  50.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204604 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3804  TIR protein  29.77 
 
 
374 aa  48.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.213149  normal  0.0124229 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  34.94 
 
 
1656 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2657  hypothetical protein  31.86 
 
 
143 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.812499  normal  0.815839 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2479  protein of unknown function DUF323  27.59 
 
 
398 aa  45.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  33.73 
 
 
1363 aa  44.3  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2233  protein of unknown function DUF323  27.01 
 
 
398 aa  43.9  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00201731  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2378  WD-40 repeat protein  26.28 
 
 
1016 aa  44.3  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2429  WD-40 repeat protein  26.28 
 
 
1016 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2703  putative signal transduction protein with Nacht domain  32.53 
 
 
880 aa  43.9  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3400  putative signal transduction protein with Nacht domain  32.53 
 
 
880 aa  43.9  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1446  hypothetical protein  31.68 
 
 
117 aa  43.5  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.712743  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>