More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1755 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1755  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
647 aa  1313  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0455441 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  41.76 
 
 
3035 aa  482  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  40.52 
 
 
3560 aa  481  1e-134  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  43.53 
 
 
4489 aa  468  1e-130  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  42.31 
 
 
1094 aa  449  1e-125  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1827  TPR repeat-containing protein  37.32 
 
 
761 aa  438  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0460239  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0489  TPR repeat-containing protein  38.29 
 
 
618 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0261011  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  38.13 
 
 
1085 aa  404  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  39.45 
 
 
700 aa  392  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2139  TPR repeat-containing protein  42.7 
 
 
654 aa  388  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.43176  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0122  TPR repeat-containing protein  36.28 
 
 
660 aa  388  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142603  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0702  TPR repeat-containing protein  39.25 
 
 
667 aa  385  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274193  normal  0.091435 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0121  TPR repeat-containing protein  36.29 
 
 
732 aa  378  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.261868  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0452  TPR repeat-containing protein  40.99 
 
 
569 aa  357  3e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.384213  normal  0.0840159 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0772  TPR repeat-containing protein  38.96 
 
 
611 aa  356  9e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447572  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2288  TPR repeat-containing protein  35.63 
 
 
740 aa  354  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1104  TPR repeat-containing protein  38.05 
 
 
616 aa  343  4e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04549  tetratricopeptide repeat domain protein  38.16 
 
 
568 aa  336  8e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0451  TPR repeat-containing protein  37.22 
 
 
574 aa  335  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.871153  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1547  hypothetical protein  43.6 
 
 
459 aa  333  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 
909 aa  327  5e-88  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0732  TPR repeat-containing protein  32.3 
 
 
706 aa  325  2e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  31.67 
 
 
816 aa  324  3e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1891  hypothetical protein  45.33 
 
 
492 aa  318  2e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.591473 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  30.81 
 
 
750 aa  314  3e-84  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  32.41 
 
 
739 aa  309  1e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0720  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.52 
 
 
570 aa  307  4e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.597499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7846  hypothetical protein  42.02 
 
 
452 aa  301  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.346388 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1319  TPR repeat-containing protein  49.82 
 
 
295 aa  294  4e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  4.90816e-07  hitchhiker  8.5993e-22 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1086  hypothetical protein  36.47 
 
 
632 aa  290  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3091  hypothetical protein  34.45 
 
 
680 aa  286  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.677352  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1202  TPR repeat-containing protein  26.98 
 
 
632 aa  285  2e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3428  tetratricopeptide TPR_2  35.33 
 
 
560 aa  283  6e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0384278  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  34.61 
 
 
808 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20301  hypothetical protein  40.41 
 
 
395 aa  278  2e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.236649 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1008  TPR repeat-containing protein  36.79 
 
 
672 aa  269  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4069  TPR repeat-containing protein  39.51 
 
 
590 aa  249  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00017793  normal  0.44147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0327  hypothetical protein  38.95 
 
 
657 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.322162 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3853  O-linked acetylglucosamine transferase  34.19 
 
 
590 aa  247  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3361  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 
750 aa  244  4e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0359  hypothetical protein  37.13 
 
 
657 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224796  normal  0.0716049 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1088  hypothetical protein  34.31 
 
 
566 aa  238  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.01 
 
 
589 aa  232  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1509  TPR domain-containing protein  27.9 
 
 
699 aa  230  7e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000367862  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1160  hypothetical protein  37.4 
 
 
630 aa  228  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795058  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  33.27 
 
 
585 aa  228  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2997  TPR repeat-containing protein  30.82 
 
 
708 aa  223  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0127987 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1162  hypothetical protein  35.19 
 
 
633 aa  220  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.51 
 
 
589 aa  219  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  28.59 
 
 
968 aa  216  1e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2410  hypothetical protein  34.4 
 
 
624 aa  211  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.361804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1161  hypothetical protein  34.01 
 
 
637 aa  210  7e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.143311  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3368  Tetratricopeptide domain protein  30.41 
 
 
596 aa  208  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  30.74 
 
 
789 aa  207  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3369  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.31 
 
 
667 aa  207  6e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0774784  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2579  hypothetical protein  29.32 
 
 
588 aa  206  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385383  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 
828 aa  205  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  29.11 
 
 
713 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  27.66 
 
 
708 aa  204  4e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3824  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.56 
 
 
1106 aa  203  8e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.138221 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2996  TPR repeat-containing protein  27.93 
 
 
626 aa  198  2e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637966  normal  0.0209641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0863  TPR repeat-containing protein  27.65 
 
 
647 aa  197  4e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.399235 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  28.89 
 
 
1106 aa  197  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0933  TPR repeat-containing protein  32.81 
 
 
738 aa  196  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.450791  normal  0.93664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5619  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  27.8 
 
 
739 aa  195  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.474452 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  28.18 
 
 
718 aa  193  9e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2822  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.7 
 
 
529 aa  192  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2411  hypothetical protein  35.48 
 
 
582 aa  192  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100681  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0161  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
598 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3338  TPR repeat-containing protein  28.25 
 
 
595 aa  192  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.257374 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0934  TPR repeat-containing protein  33.25 
 
 
739 aa  191  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.897718 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2093  TPR repeat-containing protein  26.49 
 
 
1714 aa  190  6e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3331  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 
633 aa  187  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.332967  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2855  hypothetical protein  29.53 
 
 
937 aa  185  2e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0153  TPR repeat-containing protein  28.39 
 
 
754 aa  185  2e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.372833  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0148  TPR repeat-containing protein  28.26 
 
 
619 aa  185  2e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4439  Tetratricopeptide TPR_4  30.22 
 
 
715 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 
828 aa  183  8e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 
828 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27710  glycosyl transferase,TPR repeat protein  27.47 
 
 
1221 aa  183  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  28.39 
 
 
754 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0346  TPR repeat-containing protein  29.38 
 
 
739 aa  180  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110262  normal  0.110805 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0461  TPR repeat-containing protein  28.67 
 
 
627 aa  179  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.999909  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0785  TPR repeat-containing protein  30.31 
 
 
796 aa  179  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.225465  hitchhiker  0.00421983 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0293  TPR repeat-containing protein  27.83 
 
 
789 aa  178  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00265  UDP-N-acetylglucosaminyltransferase (AFU_orthologue; AFUA_1G03380)  30.57 
 
 
1596 aa  178  3e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0115382 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0164  TPR repeat-containing protein  29.56 
 
 
833 aa  177  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.863115  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  28.89 
 
 
833 aa  175  2e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  26.56 
 
 
742 aa  175  2e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  27.12 
 
 
732 aa  176  2e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0051  TPR repeat-containing protein  30.83 
 
 
633 aa  172  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3835  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.18 
 
 
790 aa  172  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304839  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  26.89 
 
 
824 aa  171  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0094  TPR domain-containing protein  26.54 
 
 
821 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.822931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3955  TPR repeat-containing protein  26.62 
 
 
776 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3451  TPR domain-containing protein  26.62 
 
 
776 aa  167  7e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0799942  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1668  TPR domain-containing protein  26.62 
 
 
776 aa  167  7e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.329119  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3873  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 
776 aa  167  7e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.661818  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3099  TPR domain-containing protein  26.62 
 
 
776 aa  167  7e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2876  TPR domain-containing protein  26.62 
 
 
821 aa  167  8e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>